Обвиненная в убийстве, Бреннан скрывается от ФБР с помощью своего отца, Макса. Бут и команда Джефферсона убеждены, что злой гений технологий Кристофер Пелант манипулирует ключевыми доказательствами по делу, чтобы точно представить Бреннан в качестве главного подозреваемого. Но анонимный источник приводит команду к останкам методиста средней школы, который может иметь ключевое значение для доказательства невиновности Бреннан.

Команда Джефферсона расследует убийство сильного адвоката по бракоразводным процессам с большим количеством врагов. Интрига продолжает усиливаться, когда команда обнаруживает, что жена и помощник поверенного скрывали решающие доказательства, которые могли помочь расследовать дело. Между тем, Бреннан пытается вновь приспособиться к обычной жизни после бега, а напряжение между ней и Бутом только усиливается, так как вынужденный трехмесячный разрыв имеет негативные последствия.

В гараже одного из отелей происходит взрыв. Команда Джефферсона исследует останки, найденные на месте преступления, чтобы сопоставить их жертве. Расследование усложняется, когда они обнаруживают, что человек, которого они считали мертвым на самом деле жив. Тем временем Свитсу дают временного партнера, специального агента ФБР Оливию Спарлинг.

Команда Джефферсона расследует смерть Джареда Дрю, сотрудника животной выставки, и в ходе расследования его смерти они попадают в мир незаконной торговли животными. Между тем, Бреннан полагает, что из нее вышел бы отличный кандидат в президенты. А Свитс и Дейзи наконец-то решили перевести отношения на новый уровень и начать жить вместе.

Команда Джефферсона расследует смерть женщины, чье тело было изуродовано и выброшено в мусорный бак в черте города. Все указывает на то, что убийца подражает Джеку Потрошителю. Ну, а Свитс ищет новую квартиру.

Исследуя останки тел, которые считали неопознанными, пять стажеров идентифицируют личность человека, который умер в результате террористических атак 11 сентября. И теперь команде Джефферсона нужно определить, кем он был, преступником или жертвой.

Когда на месте преступления эксперты находят останки, которые запечатаны в герметичную тару и выброшены на берег, команда решает один из наиболее сложных случаев. Между тем Анжела и Ходжинс узнают о тайном романе Кэм. Кроме того, всплывают кое-какие подробности прошлого Арасту Вазири.

Уличный художник, разрисовывая рекламный щит, внезапно падает и приземляется в собственный клей и на человеческие останки. Таким образом, команда должна не только выяснить личность останков, но и найти стратегический способ удалить часть трупа, который все еще приклеен к уличному художнику. Для того, чтобы найти подозреваемых, Бут пробует свои силы в ночном клубе комедии «открытый микрофон». А любовь Анджелы к искусству привлекает ее к уличным художникам.

Команда Джефферсона расследует смерть маленького мальчика, душа которого еще жива. Когда экстрасенс Авалон Хармония пытается помочь духу погибшего обрести покой, каждый член команды начинает сомневаться в своих собственных представлениях о жизни после смерти. А доктор Бреннан вдруг ощущает недостаток романтики...

Команда расследует смерть профессиональной исполнительницы бальных танцев, которая была убита за три дня до ее прослушивания на популярное танцевальное шоу. Бреннан и Бут под прикрытием принимают участие в соревновании, чтобы найти потенциальных подозреваемых.

Расследуется убийство известного археолога с сомнительной репутацией, который совершил невероятное открытие прямо перед смертью. ФБР выясняет, что погибший ввозил контрабанду из Чеченской республики, а команда Джефферсона работает в условиях жесткой конкуренции и раскрывает преступление, совершенное почти двадцать пять тысяч лет назад...

Когда Ходжинс и Анжела просыпаются и обнаруживают окровавленный труп, свисающий с полога их кровати, а вокруг кроватки их сына Майкла цветочные лепестки, они полагают, что вернулся Пелант и жаждет мести Ходжинсу. И хотя Ходжинс намерен найти Пеланта сам, Бут знает, что лучше работать в рамках системы, а не идти против протоколов. В то же самое время команда Джефферсона исследует труп, и выясняют, что жертва была агентом Спецназа, работающего на крупнейшего поставщика в мире наемников. Анджела и Ходжинс решают начать собственное расследование ради спокойствия своей семьи.

Команда Джефферсона исследует остатки двух тел, которые были найдены на одном участке захоронения: женщина, умершая от рака, и «дула», человека, который помогал смертельно больной справляться со своим недугом. А Дейзи впервые сталкивается со Свитсом после их разрыва.

Бреннан и Бут расследуют смерть роллерши, тело которой было расчленено. Чтобы получить как можно больше ответов, они обращаются за помощью к Анджеле и внедряют её в качестве тайной участницы команды роллер-дерби. Между тем Кэм пытается раскрыть причины, по которым Бута направляют на медицинское обследование.

В доктора Бреннан стреляют, когда она допоздна задерживается в университетской лаборатории. В критическом состоянии её доставляют в больницу, где Темперанс борется с галлюцинациями, видя мать. Расследование показывает, что нападавший на Бреннан может быть связан с университетом Джефферсона.

Когда тело, найденное в чемодане, идентифицируют как тело подростка, расследование приводит к двум семьям, которые очень близки между собой, и может пострадать имидж круглого отличника. Между тем Мишель просит Финна кое-что скрыть.

Когда в Джефферсон приходит работать новый, чрезвычайно образованный стажер доктор Оливер Уэллс, его энтузиазм и эксцентричные, но неоспоримые наблюдения действуют на нервы Бреннан и заставляют ее попытаться быть более открытой в научных вопросах. Но Бут волнуется, что она возможно зашла слишком далеко, когда Темперенс признает возможность путешествия во времени как фактор в расследовании убийства.

Команда Джефферсона расследует смерть Симчея Конте, молодого человека, чьи останки были обнаружены в бочке на очистном сооружении опасных отходов. Вскоре выясняется, что жертва была иммигрантом из Сьерра-Леоне, который работал неполный рабочий день для того, чтобы свести концы с концами. Кэм и Арасту постепенно приходят к выводу, что им с каждым днем становится все труднее сохранить свои отношения в тайне. А Бут и Брэннан пытаются решиться на каникулы.

Обугленный труп в бункере приводит к расследованию дела вышедшего в отставку морского пехотинца и группы выживших. Тем временем Свитс, кажется, нашел новую квартиру.

Полицейского под прикрытием, который расследовал череду грабежей банкоматов, находят мертвым в фургоне с мешочком алмазов, обнаруженном в его искалеченном теле. Теперь команде Джефферсона предстоит выяснить, являются ли грабители еще и убийцами. Между тем, Бреннан поручено сняться в документальном фильме, чтобы собрать средства для фонда Джефферсона, и она изо всех сил пытается на камеру быть милой.

Команда Джефферсона расследует убийство Джека Спиндлера, успешного сотрудника в брокерской фирме днем и стриптизера ночью. Когда его останки найдены на месте разрушения, команда задумывается, почему человек с такой успешной карьерой идет на дополнительный заработок. В процессе расследования команда узнает, что работа Спиндлера затронула его личную жизнь и начинает опрос самых близких его друзей, включая приятеля погибшего, тоже стриптизера, Шторма. Между тем после двадцати четырех лет безмолвия, приезжает с просьбой мать Бута.

Команда Джефферсона бросается предотвратить вирусную вспышку во время расследования убийства журналистки Мии Гарретт после того, как ее зараженное тело было найдено на биологически опасном объекте. Когда мутировавший вирус, который убил Мию, заражает стажера Арасту Вазири, их единственным шансом спасти его является лишь расследование убийства. Напряжение и страсти накаляются, поскольку это гонка на время, гонка, чтобы найти убийцу и лечение.

Когда злой компьютерный гений Кристофер Пелант возвращается, чтобы играть с Джефферсоновской командой в их новом расследовании, они обнаруживают, что ряд произошедших убийств связаны с агентами ФБР, что близко и к самому Буту. Тем временем, поскольку расследование продвигается, Свитс понимает, что доказательства кажутся ему слишком знакомыми. А когда улики начинают указывать, что Бут – потенциальная цель Пеланта, Брэннан начинает оценивать свои отношения с ним.