로마로 항해 중인 트리스탄 호가 뱀파이어에 의해 납치됐다. 요구를 들어주지 않으면 배를 바티칸으로 추락시킨다는 납치범. 승객으로 탑승했던 교황청 신부 아벨 나이트로드는 종업원 제시카와 협력하여 납치를 막으려 한다.

뱀파이어 테러 조직의 아지트에 발을 들인 아벨과 트레스. 그 곳에 있는 건 뱀파이어들의 시체와 유일한 생존자 소녀 엘리스. 엘리스를 뱀파이어로부터 보호하려는 아벨이지만 동료 트레스는 위험인자로 배제하려 한다.

헝가리 후작이 공포로 시민을 지배하는 땅 이스트반. 과거에는 평화를 위해 로스트 테크놀로지를 이용하려 한 후작은 현재, 로스트 테크놀로지를 사용해 바티칸에 복수를 하려 한다. 수사차 온 아벨은 수녀 에스델과 그녀의 동료 디트리히를 만난다.

로스트 테크놀로지를 사용해 바티칸에 선전포고를 하는 줄라. 이는 제국과 바티칸의 전쟁을 위해 로젠크로이츠가 짜낸 책략이었다. 로젠크로이츠의 음모를 저지하려는 아벨. 하지만 결국 로마에 대한 공격이 시작되고 만다.

이스트반 사건 이후, 로마로 온 에스델. 카테리나와 파견 집행관들은 인류와 뱀파이어가 공존하는 세상을 만들고 싶다는 그녀의 꿈을 응원해준다. 한편, 길을 잃은 에스델은 안뜰에서 울고 있는 한 소년을 만난다.

흡혈귀 집단 카운트 포가 뒤에서 다스리는 암스테르담 교회에서 성직자 암살 사건이 일어난다. 흡혈귀들은 유일한 생존자이자 목격자인 수녀 아그네스를 찾는다. 한편, 바티칸 역시 진상을 파악하기 위해 소드 댄서를 파견하는데…

알비온 인근 해역에서 '요정'에 의한 선박 습격 사건이 일어났다. 사건을 규명하기 위해 아벨과 댄딜라이온은 아이들밖에 없는 섬 네버랜드로 향한다.

네버랜드 사건 후, 체포를 위해 파견된 아벨과 동료 노엘. 사건이 흐지부지 되자, 관광을 즐기려는 노엘과 아벨은 재밌는 한 때를 보낸다. 그러나 그것을 비웃듯 로젠크로이츠 올덴의 무기가 도시를 덮친다.

바티칸을 파괴한다는 로젠크로이츠 올덴의 범행 예고. 한편 노엘의 순직 소식을 받고 망연자실해지는 아벨. 범행 예고일이 다가오는 가운데, 5년 만에 로마로 돌아온 데스테 주교는 교황에게 종을 선물한다.

근신처분이 내려진 카테리나와 파견 집행관들. 자유로운 에스델은 실의에 빠진 아벨을 설득한다. 한편 노엘이 목숨을 걸고 남긴 마지막 정보는 무기 사일런트 노이즈의 핵심 자료였는데…

베니스로 도망쳐 온 제국 최악의 연쇄 살인마 엔드레 자작 그를 체포하기 위해 파견된 아슬란과 파트너 아벨. 고미술 감정인 일가족 살해 현장을 단서로 수사를 진행하면서 아슬란의 복수심은 더욱 더 커진다.

로마 사건으로 불안에 빠진 세속 제후들을 진정시키기 위해 자유도시 카르타고에 방문 중인 카테리나. 그러나 머물고 있는 대사관에서 의문의 화재 사건과 함께 제국의 성지를 전하러 온 흡혈귀 이온이 나타났다.

카테리나와의 밀회 때 은탄에 맞아 부상을 입은 이온. 더욱이 절친한 동료 라드의 배신으로 죽을 위기에 놓인다. 그런 이온을 카테리나에게 데리고 가기 위해 아벨은 이단심문국 국장 베드로를 인질로 삼는다.

로젠크로이츠 올덴의 디트리히에 의해 폭주하는 이단 심문국의 전함. 한편 아벨 일행을 처단하려는 브라더 베드로에게 이온은 카테리나에게로 향할 것을 제안한다.

이온의 추천으로 바티칸의 칙사가 된 아벨과 에스델. 이온과 함께 제국과 몰도바 공작저를 방문한다. 그러나 그곳에서 적에게 습격 당한 이온은 되레 살인 혐의를 받는다.

진상을 밝히기 위해 이온과 에스텔. 우연히 거리에서 만난 소녀 세스에게 미마르의 가게로 향한다. 그곳에서 죽기 직전의 미마르를 발견하고 몰도바 공을 살해한 진짜 살인범의 정체를 알게 된다.

라드는 이온에게 황제 암살 계획과 에스델에 대해 말한다. 한편 아벨 일행은 암살 계획을 저지하기 위해 섬으로 간다. 아벨과 아스트, 에스텔과 이온 각각의 감정이 휘몰아치면서 황제 암살이 실행되려고 한다.

라드의 도발에 넘어간 이온과 에스델. 아벨과 아슬란 역시 위기를 맞는다. 황제의 죽음과 라드의 음모로 감옥에 갇힌 이온 일행. 디트리히에 의해 폭주 직전인 이온은 에스델에게 죽여달라고 한다.

라드와 로젠크로이츠 올덴의 목적을 저지하기 위해 아벨은 지하 컨트롤 룸으로 향한다. 드디어 등장한 진인류제국의 황제. 거기서 아벨 일행이 본 것은 과연 무엇인가.

여왕의 서거로 입지가 불안해진 론디니움은 교황청과 우호적인 관계를 맺고자 한다. 이를 공고히 하기 위해 교황과 에스델은 론디니움을 방문하지만 납치 사건에 휘말리게 되고 만다.

게토를 점거한 뱀파이어로부터 성명문이 도착했다. 국제적 비난을 받을 것을 두려워한 알비온은 사건을 수습하려 한다. 그 무렵 게토 내를 필사적으로 도망치고 있는 교황과 에스텔은 뱀파이어들을 만난다.

아벨은 갑자기 게토에 나타난 카인에게 쓰러진다. 한편 반란을 주장하는 바네사에게 붙잡힌 교황은 게토의 진실과 이곳에 갇힌 뱀파이어들의 고통을 이해하기 시작한다.

아벨이 잠든 관 앞에서 울음을 터뜨리는 에스텔. 아벨의 죽음이 자신의 탓이라며 자책하는 그녀에게 버질은 그녀가 알비온을 위해 해야 할 일을 알려준다.