Todo empieza con un joven llamado Otaru Namiya, un habitante del planeta Terra II, (en el cual solo existen hombres que se multiplicaban con su ADN y las mujeres son robots llamados marionetas) el cual tras un conflicto con Mitsurugi Hanagata, acaba cayendo al río. La corriente lo lleva hasta un pequeño museo dedicado a los pioneros colonizadores. Ahí encuentra una cápsula en la que descansa una preciosa marioneta, al acercarse la cápsula se abre y ella dice llamarse Lima y resulta tener una personalidad infantil e inocente. En la ciudad de Japoness se produce un enfrentamiento entre dos marionetas sables del shogunato y una marioneta de combate de Gartland infiltrada. El combate produce serios daños a un edificio, y los escombros caen sobre Otaru, Lima detiene los escombros con facilidad pero a cambio se queda sin energía.

Mientras la pareja pasea por la calle, de nuevo se encuentran con el altanero de Hanagata, el cual se asombra de que Otaru pierda el tiempo con una marioneta. Estas observaciones molestan a Otaru, que tras una adecuada burla continúa con su paseo, mientras tanto se topan con el hermano de Hanagata, un adorable niño que despierta mucha ternura en Lima. Esa misma noche mientras todos acuden a contemplar los castillos de fuegos artificiales, en la casa de Hanagata unos bandidos la asaltan dejando tras de ellos el edificio completamente en llamas. Todos los habitantes parecen haber escapado del incendio excepto el pequeño. Entonces Lima se ofrece como voluntaria para acudir a su rescate. Al cabo de pocos minutos la joven regresa con el niño en brazos, sano y salvo.

Otaru y Lima visitan el castillo japonés donde conocen al Shougun. Son atacados por Panta, una de las muñecas Sable de Fausto. Otaru logra despertar a su segunda marioneta: Cereza, la cual derrota a Panta.

Cereza contrata a unos tipos para que finjan que la han secuestrado con el fin de que Otaru la salve y que Cereza se robe su corazón.

Fausto, el Führer de Gartland, envía a sus dos muñecas Sable. Nuevamente Otaru despierta a una marioneta llamada Zarzamora, la cual derrota a ambas.

Zarzamora construye una máquina para volar para conquistar a Otaru, pero terminan yéndose muy lejos, por lo que Cereza y Lima van a buscarlos.

Otaru y las marionetas intentan ganar la lotería para obtener arroz.

Unos coleccionistas de marionetas secuestran a Lima y Otaru va a rescatarla.

Otaru es contratado para volar la computadora de Gartland, por lo que se le entrega un jutte de metal eléctrico, cuya lámina hace que aumente de tamaño. Lima, preocupada por Otaru, intenta ir a Gartland a pedir que se termine la guerra, pero es atacada por las muñecas Sable. Otaru y compañía llegan y rescatan a Lima.

Otaru, Hanagata y las marionetas llegan a la ciudad de Gartland e intentan destruir la computadora que la controla, sin éxito.

Otaru y las chicas son amenazados por un ejército de marionetas que interfieren en sus planes. Luego de mucho batallar, Otaru vuela la computadora de Gartland, ya que Lince, una de las muñecas Sable se conecta a ella y Otaru la besa, confundiéndola.

Otaru, Hanagata y las marionetas se alojan en una especie de hotel abandonado. Lima, Cereza y Zarsamora se desmayan tras desprender electricidad de sus cuerpos luego de entrar a las aguas termales, mientras un huracán los amenaza. Otaru trata de hacer que despierten, pero después de tanto esfuerzo por hacerlo, resultó que los besos de Otaru las habían hecho despertar. Luego de evadir el huracán, logran volver a la ciudad de Japaness.

Otaru se hace famoso por salvar el país de Japanes.

Las marionetas de Otaru y las muñecas Sable entran a un concurso de talentos.

El shogun Ieyasu Tokugawa conversa con Otaru sobre el renacimiento de las mujeres en el planeta Terra II y le explica como van madurando los circuitos virgenes de Lima, Cereza y Zarzamora.

Lima consigue una ardilla de mascota.

Las muñecas Sable asesinan al Shogun y a Hikosaemon a sangre fría, sin que Otaru y las marionetas puedan hacer nada y para empeorar las cosas, Gartland amenaza a Japanes con una bomba de plasma gigante. Lime cree que el Shogun y Hikaosaemon son como ellas y quiere que los reparen pero descubre de la peor manera, la fragilidad de la vida humana lo cual le provoca una tristeza enorme.

Japanes logra evadir la bomba con el Japaness Guard, un robot gigante que estaba escondido en el templo del Shogun.

Las muñecas Sable son expulsadas de Gartland y desafían a Lima Cereza y Zarzamora a una pelea final. Durante la pelea, el cicuito virgen de Tigresa, la líder de las muñecas Sable, es destruido, por lo que estas son vencidas finalmente. Lima se va llorando luego de escuchar a Tigresa, antes de perder el circuito virgen, que moriría por Fausto. Otaru la busca y cuando la encuentra su circuito virgen había sido robado.

Otaru se dedica a buscar el circuito virgem de Lima por todo Japanes, pero se entera de que su maestro Obichi, quien le enseñaba artes marciales, se había llevado el circuito virgen de Lima para ponérselo a su marioneta Koyuky y además este trabajaba para Gartland, por lo que ambos se enfrentan. Al llevar la delantera Obichi, Otaru tira al suelo el circuito virgen con su jutte. Obichi le dice a Koyuky que se lo lleve, pero esta muere a manos de una marioneta enviada por Gartland para eliminar a Obichi por traidor, pero esta es destruida por Zarzamora. El circuito virgen de Lima vuelve a su lugar.

Otaru y sus marionetas se van de día de campo y Otaru fabrica tres tazas para cada una de sus marionetas con sus rostros dibujados en cada una de las tazas.

Las marionetas siguen peleando con Leopardo, los circuitos virgenes de Cereza y Zarzamora son atrapados por esta y luego intenta quitarle el suyo a Lima, pero Otaru llega y hace que Leopardo suelte los circuitos virgenes, rompe su jutte contra la mandíbula de Leopardo para que suelte a Lima y luego es atrapado, pero Lima hace que Leopardo lo suelte. Luego Otaru intala los circuitos virgenes de Cereza y Zarzamora y estas, junto a Lima logran destruir a Leopardo, por lo que Fausto por fin es vencido, pero ya es demasiado tarde, la Mesopotamia ha empezado a destruir Terra II.

Fausto le cuenta a Otaru que en realidad el quería rescatar a Lorelei, una mujer cautiva en la Mesopotamia, por eso necesitaba los circuitos virgenes, ya que Otaru había podido hacer que maduraran tratando a sus marionetas como humanas y Fausto no pudo hacer lo mismo con Tigresa, Lince y Panta. Otaru decide viajar hacia la Mesopotamia en el Japaness Guard y asi lo hace, pero en pleno viaje sus marionetas lo engañan, haciendo que la nave lo expulse en otra más pequeña, ya que no querían perderlo y ellas y Otaru tienen una despedida triste.

Resulta que la Mesopotamia tenía mente propia y amaba a Lorelei y en Terra II se encontraban sus pretendientes, por eso destruia el planeta. Lima, Cereza y Zarzamora logran detener a la Mesopotamia insertando sus circuitos virgenes en ella. La Mesopotamia se mata a ella misma, ya que sus lágrimas eran destellos de luz que se desprendían de su interior. Lorelei ingresa a Terra II sana y salva, pero Otaru se siente muy solo y triste sin sus marionetas, ya que creía que habían muerto, sin embargo ellas regresan a Terra II en el mismo Japaness Guard y finalmente se reencuentran con Otaru.