寒冷的12月访问了初音岛的早上，义之却没从沉睡中醒来，耳边听到了音姬和由梦细语着的声音。义之呆呆地睁开眼睛发现2人正在义之床上。还听说总是3人一起睡觉的，但义之却不记得。面对义之的不知情，由梦和音姬要“惩罚”义之，将可爱的嘴唇靠过来……。然而，实际义之的脸触摸到的是樱放在脸上的罐装咖啡。因为烫，他立即醒过来，明白了刚才的景象是梦。义之本来与音姬和由梦是青梅竹马一样的关系，那种甜蜜的事是不可能有的。樱离开了，义之也准备出门上学。现实和梦想是不同的，平时的音姬和由梦来接义之了。然后像往常一样，3人从樱花道走着去风见学园。随后，义之所在的3年3班，召开了班级会议商议本月举办的圣诞派对。这个话题从11月开始，到现在还没决定，所以班长麻耶隐藏不住焦灼和焦躁。就在这时，杏提出了人偶剧，杉并也提出了鬼屋的提案。多数表决的结果，终于木偶剧决定了，不过，已经剧本完成。杏的权限，主人公义之，女人偶剧主人公就是小恋。而且主题是恋爱。这对彼此的心曾经擦肩而过的义之和小恋来说是很尴尬的。但是，现在他们是保持着关系很好的朋友关系，只是转换心情努力练习而已。另外，涉和茜等人各自也为人偶剧的准备发挥着作用。在樱花花瓣飞舞中，义之等人都很平静的生活在学园里。那个时候，他们还没有注意到初音岛正在带来变化……。

各个班级都在积极准备着圣诞派对，义之等人也在着手制作木偶剧使用的道具。另一方面，杏还在为是否修改剧本的结尾而伤脑筋，只是因为简单的结局太俗套。义之对这时的杏建议“就按照杏喜欢的那样写”。那句话鼓励了杏，新的剧本写完了。然而，因为剧本的烦恼和持续的通宵导致睡眠不足，终于她发高烧病倒了。义之将倒下的杏带到保健室照顾，随后，保健教师水越建议让杏在家里养病，并且让义之负责照顾。水越的车到达的雪村家后，雪村家居然是日式的豪宅。悠久程度和大小让义之吃惊。但其内部相反，进去之后不知为什么感觉不到人的存在。义之听说了杏小时候是被父母抛弃的，雪村奶奶将杏作为养女收养。但是奶奶也杏风见学园的入学前去世了，然后她一直一个人生活。义之是第一个知道她过去的人，杏和义之的过去一样没有父母。但是，义之现在有朝仓家的姐妹和樱。而且对于杏，真的是生活在孤独的空间里。她不想这一事实让好友的小恋和茜产生多余的担心。但是义之想要把杏从孤独感中解放，并且和小恋等人诉说了杏的过去。义之能够鼓励到她吗？

有一天午休，义之受到音姬的邀请在学生会工作室用餐。到现在为止，音姬每晚都在他家进行木偶剧的练习，今天也显出了练习的干劲。但是义之对在家里和在学校都要不断的练习感到不高兴。于是音姬提议改在自己的房间里练习一下。这是义之久违地来到朝仓家里拜访的机会，于是义之答应下来。那天夜晚，义之来到了朝仓家，最初还有点不习惯，不过也逐渐想起了以前的感觉。朝仓家是义之曾经住过的地方。如今回来的义之，重新以“我回来了”打招呼。义之和音姬、由梦以及祖父纯一4人一起围着吃火锅，边说边笑。之后，义之来到了音姬的房间与她一起练习木偶剧。就在义之休息的时候，发现音姬在收拾房间时找出的以前的相册。然而，义之注意到在那里关于年幼时候的音姬和现在不同，笑容太少了。第二天，义之梦到了过去的事情。为什么年幼的音姬总是露出寂寞的表情。担心她的义之来找她玩，但音姬以冰冷的语言拒绝了邀请。为了让那样的她面带笑容，义之要以什么为契机……？

终于到了圣诞节，在由梦和义之一起去学校的途中，因为义之除了木偶剧还有空余的时间，所以邀请由梦一起逛。由梦悄悄地和他去希望，还假装实在没办法的样子。到达学校后，班里的木偶剧排练结束后的义之出来找由梦，并与她一起享受这圣诞派对。由梦挽着义之得手臂行走，两人幸福得样子像恋人一样。那样的快乐是短暂得，义之回到班上正式表演木偶剧。但是，在现场的空气中漂浮着异常的紧张和沉重气氛。带着感冒还在参加练习的小恋终于病倒了。现在寻找代替人员，但台词太多，记起来还是太勉强了。杏和麻耶也打算放弃了，这时义之起想出了拯救的解决方案。与自己已经练习了很多次的音姬，女主角的台词都记得，可以代替。正好音姬此时想要到义之班上看人偶剧，突然受到了委托，虽然很认真决定想要做一个打动人心的演出。但她在其他人面前表演这种事还是会害羞，与平时的身姿相差甚远。义之鼓励着这样的音姬。之后，木偶剧开幕了。那么义之和音姬的演出能成功吗？

3天的圣诞派对结束了，义之等人离开初音岛到滑雪场滑雪。同行的人有义之，音姬，由梦，小恋，杏，茜，奈奈佳，涉，杉并。不久到达滑雪场的他们看到了初音岛上看不到的积雪，并且发出了欢喜的声音。义之打算立刻滑雪，但没有发现由梦参与，义之询问了音姬，音姬告诉他由梦因长途的旅行太累了，所以休息去了。因此，除由梦之外都在滑雪。比较有经验的义之和音姬首先以华丽的姿态滑着，让初学者的雪月花3人以及奈奈佳羡慕赞美。然后涉跌了一跤，杉并在他旁边却滑得很好。几人都滑好了后，一边吃饭一边聊着滑雪中开心的事情。但是，还没去滑雪的由梦没有参与聊天。于是，义之邀请由梦去化夜场，但不知为何被拒绝。洗澡之后，大家聚到男生的房间里。义之从音姬那里听说了由梦因洗澡水太热，所以头有点晕。可义之看到了由梦穿着滑雪服到外面去了。于是义之也跟了出来，并在她面前露面。义之觉得由梦是想出来凉快一下，所以义之再次邀请一起滑雪。但是，那个由梦仍然拒绝，一个人开始滑。然而由梦自己多次避开义之的理由是什么呢？义之追着那样一边思考一边滑的她。就在这个时候，他看到由梦遭遇了危险！

初音岛总是发生原因不明的火灾和事故等。义之和音姬也觉得那些事情很奇怪，所以就开始了调查，并利用寒假在图书馆进行详细调查。但有一件事可以肯定，每次事件都没有人出事。虽说如此，但并没有办法说明这只是偶然。义之越来越在意事件的关联性，并且与擅长调查不可思议的现象的杉并合作，杉并将自己引以为傲的信息网·非官方新闻部的资料借给了义之。这里面收录了初音岛过去半个世纪以来许多事件的绝密资料。但那些事件，都被归结为不可思议的传言，它们都集中在50年前，因此觉得不可思议的义之和音姬询问了纯一。在二人面前，纯一一边回忆过去一边聊了起来。说起的事其中有擅长唱歌能听懂人心的少女（D.C.中的白河小鸟），以及变成很会做料理的少女的猫（D.C.中的鹭泽赖子），据说初音岛永不凋零的樱花树听取了她们的愿望，但音姬认为这只是玩笑。但是又听说有人在樱花树下祈求恋爱的愿望。但也可能是通过自己的努力实现的，并不能说明是传言是真的。不过，为了慎重起见，义之与音姬再次开始了不枯萎的樱花树的调查，不久某个人说出的事实冲击了义之……

除夕夜，芳乃家举行了忘年会。义之，音姬，由梦和樱四人围在餐桌前吃饭。话题也展开来，可喝了甜米酒的音姬和由梦醉了，并且纠缠着义之。音姬以不流畅的腔调对义之说话，还有由梦对义之开始抱怨。平时总是表现得认真的姿态的两人对义之发牢骚。就这样，芳乃家的大骚动持续到了深夜。元旦伊始。义之和姐妹二人一起去神社参拜。于是义之和音姬求了签，由梦求到了什么呢。她做了抽到“大凶”的签的预知梦。但不知道情况的义之代替由梦抽了签，结果果然是“大凶”。但为了改变坏运气，第二天，由梦请求出门的义之能够在晚上6点回来。1月2日对由梦来说是重要的日子，所以无论如何都要和义之一起度过。但义之并不知道她的想法，但她坚定自己的想法，并且和义之约定要按时回家。此后，义之和音姬一起继续调查了原因不明的事件，随后从音姬那里知道的今天是由梦的生日。于是义之为了在六点赶回去见由梦，返回途中，去了商场给她买生日礼物。找到了满意的礼物，义之也就放心了。然而紧接之后，他被卷入了予想不到的事……

音姬在不明原因事故的调查中，听说了“在现场一定可以看到一名金发少女”。一次，音姬前往了事故发生后不久的现场，在那里看到了樱。不久，在不枯萎的樱花树下，音姬等到了樱本人，真相冲击到了追问的音姬。不枯萎的樱花树可以实现人们的愿望的传言是真的。但是，这样的樱花树还是有缺陷，因为只要拥有纯粹的愿望，所以不仅好的愿望，坏的愿望也会被吸收，樱自己具备排除这些坏到愿望的控制能力。但是，现在樱的力量已经感到了无法控制了。受其影响，初音岛发生了许多事故，所以樱为了防止事故发生，到预计发生事故的地方。但是，她不可能一个人同时出现在很多现场，这已经是接近极限了。樱已经完全没有办法了。令人惊讶的是，义之是樱向樱花树许愿而产生的存在，如果树枯萎的话，他也会消失……。听到这个事实，音姬感到了惊讶和悲伤。但樱有着“绝密的方法”让音姬还抱着希望。那么樱说的方法是什么呢……？

就在樱下定决心对音姬道别的第二天，义之和由梦觉得她突然不见了这件事很困惑，但音姬对什么都听不进去。樱为了阻止不枯萎的樱花树的异常现象，进入到了樱花树的内部充当过滤器，这件事自然不能让义之和由梦知道，音姬在他们显现出笑容。那天上学路上，音姬的表情一下子阴沉起来，尽管樱抱着消失的觉悟，但还是有新的事故发生。不好的梦还没有结束，察觉到情况的音姬，想要代替樱改变现状，在学校午休时来到不枯萎的樱花下。但是她能做的事情是只有让樱花树枯萎而已。如果树枯萎了，义之也会消失。相比于初音岛的人们来说，选择让义之消失是最坏的办法，音姬被绝望感所折磨。这样的情况下，义之担心着音姬。但是音姬什么都不能告诉义之，只能逃跑。尽管如此义之还是等待着音姬，音姬终于忍不住放声说让义之不要再来折磨她，但那并不是真心话。音姬被情感压力所逼迫着，也不知道该怎么办。纯一察觉到了她那样的心情，同时安慰她，并告诉她……。

早上，音姬担心着睡着了的义之，义之听到她在家门口告别的声音，慌忙一跃而起了到了外边，结果已经晚了，音姬的身影已经不见了。在上学的时候她的同学以为她生病缺席了。义之坐立不安，直接不说理由地早退去寻找音姬。但是在街上向人们询问也没得到线索。于是没办法只能回到朝仓家，家里由梦等待着，在家里接待着焦急的义之，之前小恋等人也来拜访过。但是义之歇一会儿了，睡意袭来，他就这样陷入深深的睡眠。义之睡着了，在梦中和樱相遇，樱把所有的真相都告诉了义之，包括不枯萎的樱花树能够让梦想成真的事，那是樱在美国研究樱花树的样品。然后，她向自己研究的樱花树许愿了……。但为了防止事故的发生，必须让樱花树凋零，樱对自己的愿望让大家不幸这件事充满了悔恨和泪水，义之微笑着对她说，他庆幸能够和重要的人在一起度过，感谢自己的存在，对樱叫了一声“妈妈”来表示感谢的心情。之后，从梦中醒来的义之，决定去拯救一个人一直烦恼的音姬。义之确定了音姬就在那不枯萎的樱花树下，并赶到了那里，音姬在那里哭肿了眼睛，义之传达到了为了岛上的人们献身的觉悟。听到他决定的音姬选择的道路是……。

在烦恼和痛苦中挣扎了许久，音姬终于使樱花枯萎了，同时樱花的花瓣四散。义之本应该也会消失……。实际上，第二天他的身体依然存在。但是仍然不能认为就这样不会消失。就在近期，初音岛所有的樱花都开始凋零，可能会凋落到自己的最后一天。这虽说已经有了觉悟，但寂寞愈演愈烈。在义之休息得时间里各种各样的想法绕在心头。义之在走廊上碰到音姬，然而不知道怎样用语言表达，但义之至少还在用笑容向她寒暄，但是音姬好像什么也没有看见是的从他身旁走过。音姬的心灵在被牺牲义之的罪恶感和后悔所支配。但是，和音姬一起在学生会的同伴真由纪的话冲击到了她，真由纪看到了义之也不知道他是谁了。义之的存在将从人们的记忆消失。音姬被那个严重的事实打击到了。于是音姬在学园图书馆里寻找解决的办法。这时，为做读书报告而来到图书室的由梦来到了音姬的身边，她察觉到了和义之分别的日子将要到来，并且告诫姐姐对义之这样一定会后悔。但是，音姬没有理会后悔的事，无论如何都要找到挽救义之的方法。音姬和由梦就这样在各自的道路中度日。然而，这期间义之相继面临着痛苦的事实。麻耶，奈奈佳，然后连杏和茜也把他忘了……。

日复一日，义之的存在感更加稀薄起来。不说记忆，连他本身人们的眼睛都看不到。小恋、涉就这样遗忘了义之，义之隐藏住了沮丧的脸色，但是，由梦还是那样鼓励着他，义之不可替代的回忆，并且邀请义之约会。之后，他们去了海岸，神社、公园等各种各样的地方。与其说约会，不如说更接近散步，因为也不是去热闹的地方，光是走路闲逛。但是，对由梦来说，能和义之一起度过快乐的时光的话，任何地方都没关系。他们去过很多地方游玩之后，由梦把义之带到了风见学园的屋顶上。于是由梦把自己的预知梦告诉了义之，其中包括义之会消失的预知梦。在滑雪旅行的时候也是，在自己的生日的时候也是，梦里的事情全部都应验了。所以，义之消失的命运也不会改变。这么想着的她现在开始不遗悔恨地把自己“喜欢哥哥”的心情传达给义之。此时，一直被压抑的感情立刻洋溢出来，不久眼泪沿着脸颊流下。扑到最爱的哥哥的怀里尽情的流泪，以后由梦的身体终于决定离开并且道别。最后她的脸上没有笑容，还让义之去找姐姐音姬，姐姐一定有话要传达给义之，不然一定会后悔的。因为由梦的提醒，义之跑了起来。不久，他已经在枯萎的樱花树下看了音姬的身影。但是，在那里义之终于迎来最后一刻……。

不枯萎的樱花树凋零了两个月后。初音岛的季节也从冬天变到了春天，音姬和由梦是本校和附属中学的最高年级生。在新学期开始的清晨，音姬怎么也催不起来由梦。一起出门后，看到了樱花行道树上的樱花再次绽开了。两人走在路上，并没有提及义之消失的话题，仿佛终于将他忘记了一样。但是在心中音姬和由梦确实的把他记住了，而且今后也不忘记。音姬在笔记本上写满了义之的名字，由梦也一个人再一次将和他约会路线走了一遍。越是想着义之的事就越伤心，但完全忘记了就更可悲。即使每天都以泪洗面，也不会忘记和最爱的人一起度过的日子。两个人都有着那样强烈的想法。不久，曾经不枯萎的樱花树也有了新花蕾，并且萌芽了。同时，在樱花树内部的樱的意识也睁开了眼睛。她看着初音岛的情况，发现这里有着不同的情况。小恋，奈奈佳，涉总觉得在他们之中缺少了什么。但只有朦胧的印象，对义之的事并不记得。樱看着音姬和由梦仍然悲伤着，并且坐立不安，樱花树已经枯萎了，没有了力量达成任何一个愿望。但这样强烈的纯粹思念带来了奇迹，回应那个愿望，于是樱花的花蕾绽放了……。