Dopo l'ennesimo incidente ricondotto al "tifone umanoide", questa volta a Fenarl, Vash the Stampede viene scovato e catturato da un gruppo di malviventi che desidera riscuotere la ricompensa di 60 miliardi di doppi dollari per la sua consegna alle autorità. Contemporaneamente Vash viene avvicinato da due investigatrici, Meryl Stryfe e Milly Thompson, incaricate dalla compagnia di assicurazioni Bernardelli di sorvegliare costantemente Vash per impedire che con i suoi incidenti causi ulteriori perdite finanziarie all'agenzia, e dal cacciatore di taglie Loose Ruth. A causa delle informazioni contrastanti circa l'aspetto di Vash, i cacciatori di taglie si scambiano reciprocamente per il ricercato, e Vash, Meryl e Milly riescono a fuggire mettendo fuori gioco gli inseguitori. A causa del suo comportamento apparentemente goffo e inetto, Meryl e Milly non riconoscono in Vash il reale "tifone umanoide" e lo lasciano andare.

Meryl e Milly giungono in una città abbandonata a causa della siccità e apprendono che Cliff Cesar, un ricco imprenditore locale che ha il monopolio sul commercio dell'acqua, ha assoldato Vash come guardia del corpo per proteggere lui e la sua giovane ospite Maryann, figlia di un amico. Inizialmente deluse dal constatare che il Vash impiegato è l'uomo che avevano incontrato in precedenza e che credono un impostore, le due investigatrici decidono di approfondire la questione quando scoprono che l'uomo che minaccia il signor Cesar è biondo e utilizza una grossa pistola argentata. Infine Vash, Meryl e Milly scoprono che la persona che insidia Cliff Cesar è proprio Maryann, in realtà un agente federale sotto copertura, inviata ad indagare sulla siccità che ha colpito la città e imputata ad azioni di approvvigionamento illegali compiute da Cliff. Vash, senza farsi riconoscere per quello che è realmente, disarma Cliff e lo assicura alla giustizia.

Vash si reca in un piccolo paese alla ricerca del rinomato armaiolo Frank Marlin per riparare la sua pistola. Qui si imbatte in un ubriacone che lo convince ad offrirgli un drink e riconosce in lui Marlin, il quale ha rinunciato alla sua attività dopo una tragedia familiare in cui ha perso fiducia nel prossimo. Nel frattempo la cittadina viene attaccata da un gruppo di banditi il cui capo, cavalcando le voci sulla presenza di Vash nel paese, si spaccia per il "tifone umanoide". Vash altruisticamente si oppone ai banditi e il suo gesto ispira i cittadini a imbracciare le armi contro i briganti e Frank Marlin a smettere di bere e riprendere il suo lavoro. Con la pistola aggiustata, Vash riprende la sua strada.

Meryl e Milly vengono coinvolte nel sequestro di un saloon da parte di un gruppo di rapitori che punta a ottenere dal conte Bostock un elevato riscatto per la liberazione della figlia Stephanie. Vash si introduce inavvertitamente nel locale, dove viene imprigionato a sua volta dai sequestratori. Intanto lo sceriffo assolda un gruppo di banditi per eliminare i rapitori una volta che avranno abbassato la guardia con la promessa del pagamento del riscatto. Il piano funziona e i banditi mettono fuori gioco la gran parte dei sequestratori, ma Vash impedisce loro di ferire gli ostaggi e li disarma con l'aiuto di Meryl e Milly. Quando infine avviene lo scambio di ostaggi, lo sceriffo tenta di uccidere il conte Bostock per appropriarsi delle sue ricchezze e privilegi e, ancora una volta, Vash, Meryl e Milly lo fermano.

Dopo che Vash si sbarazza senza difficoltà di un gruppo di cacciatori di taglie, gli abitanti di Inepril City, appreso che si tratta di Vash the Stampede, iniziano a dargli la caccia perché necessitano della ricompensa per riparare la centrale elettrica della città. I cittadini stessi, però, finiscono per arrecare gravi danni al paese nel loro tentativo infruttuoso di cattura, portando il sindaco ad assumere per la disperazione il duo di ricercati conosciuti come Nebraska Family. Vash riesce a proteggere gli abitanti dai Nebraska e li finisce con un solo colpo, convincendo l'incredula Meryl che si tratta del vero Vash the Stampede.

Vash permette agli abitanti di Inepril City di incassare i 700.000 $$ della Nebraska Family e viene acclamato come un eroe, mentre Meryl è irritata dal suo atteggiamento che non corrisponde alle proprie aspettative. Intanto giunge una sorta di convoglio ferroviario noto come sand steamer, che movimenta il mercato cittadino. Con esso giunge in città anche Elizabeth, un ingegnere in possesso delle conoscenze tecniche per riparare la centrale elettrica di Inepril City. La donna assume Vash come guardia del corpo, ma il suo intento si rivela quello di ucciderlo, per vendicarsi della distruzione della città di July in cui persero la vita i suoi genitori. Vash evita il collasso della centrale e rivela a Elizabeth di non ricordare nulla del proprio passato, ma di perdonarlo per non diventare come lui. Dopo aver riconosciuto in lui l'uomo che la aiutò da bambina, Elizabeth risparmia Vash e scoppia in lacrime.

Il giorno dopo una grande festa in suo onore, Vash lascia di nascosto Inepril City a bordo del sand steamer, in cerca di pace e tranquillità. Per seguirlo, Meryl e Milly, a corto di denaro, si fanno assumere come personale di bordo del convoglio. Vash si imbatte casualmente in Kaite e lo scambia per un clandestino, quando in realtà il ragazzo è in combutta con una banda di predoni locale, i Bad Lad, in attesa del suo segnale per assaltare la nave. Mentre Vash è svenuto, la gang assume il controllo del sand steamer e deruba i passeggeri dei loro averi.

Neon, il capo della banda, è deluso dal magro bottino, ma, venuto a sapere dell'esistenza di una cassaforte blindata, decide di far schiantare il sand steamer con tutto il suo carico e forzare così la serratura. Appreso il piano, Kaite si ribella a Neon, accusandolo di aver violato i patti, ma Vash lo protegge e i due trovano riparo in una sala del convoglio. Con poco tempo a disposizione per fermare lo steamer, Vash e Kaite, che si rivela il figlio del progettista della nave, collaborano per cercare di giungere alla sala comandi, ma il "tifone umanoide" è accerchiato i Bad Lad e ferito nel processo. Liberato da Meryl e Milly, Vash sfida Neon ad un duello di pistola, in cui il bandito riconosce la nobiltà dell'avversario nel voler combattere seppur ferito e acconsente a liberare il convoglio. Il suo intervento, congiunto a quello di Kaite, che a rischio della sua incolumità si introduce nella sala comandi per attivare il sistema di frenaggio manuale, permettono allo steamer di arrestarsi sull'orlo del precipizio, salvando i passeggeri.

Per aiutare la giovane madre di Neil, abbandonata dal marito e in serie difficoltà economiche, Vash iscrive se stesso e Nicholas D. Wolfwood a sua insaputa ad un torneo di quick draw. I due arrivano in finale e sembra fatta per la vincita in denaro ma devono vedersela con l'avido organizzatore del torneo, che li obbliga ad affrontarsi nella finale tenendo in ostaggio Neil e sua madre col solo intento di poter intascare la taglia dei 60 miliardi di $$. Vash e Nicholas sembrano essersi sconfitti a vicenda coi loro corpi esanimi e grosse perdite di sangue, ma in realtà fingono grazie a delle grosse bottiglie che avevano nascosto sotto le loro vesti. Attirati il ricattatore ed i suoi uomini nella trappola, Nicholas li sbaraglia grazie ad altre pistole contenute dentro la sua enorme croce e intasca il premio del torneo.

Nicholas D. Wolfwood e Milly Thompson si imbattono in due giovani, Mur e Julias che fuggono dal padre naturale e quello adottivo di quest'ultimo, una volta scoperto che gli affari di questi è basato sulla compravendita delle persone. Nel frattempo, Vash viene incaricato dal padre adottivo di Julias di riportarlo insieme alla ragazza per una cifra di 200 milioni di $$. Una volta trovati, Vash li spara in quanto non era stato specificato se dovevano ritornare vivi o morti, Nicholas però si accorge del trucco notando la mancanza di polvere da sparo all'interno dei proiettili. I due giovani sono dunque salvi ed illesi, liberi di fare la vita che vogliono.

Vash viene arrestato ingiustamente per la morte di un calzolaio dal quale si era recato la sera prima per un paio di stivali. Meryl e Milly tentano invano di scagionarlo e di dimostrare la sua innocenza in quanto egli aveva passato tutta la giornata in compagnia delle due assicuratrici nel momento della morte della vittima. Subisce poi, durante la sua prigionia, l'attacco di Monev The Gale, un sicario mandato da Legato Bluesummers, per potersi vendicare dei fatti avvenuti a July 20 anni prima. Il tifone umanoide riesce a liberarsi grazie all'intervento di Milly, e rinchiudendosi in una banca trova un posto dove affrontare e battere Monev senza coinvolgere gente innocente. Purtroppo di queste ne muoiono proprio per mano dello stesso Monev prima del loro ultimo scontro decisivo, e Vash preso dalla rabbia, è tentato di giustiziarlo, ma preso dai ricordi e degli insegnamenti di Rem, desiste nel farlo.

Dopo l'ultimo scontro che ha visto Vash impegnato e vincente contro Monev The Gale, Meryl Stryfe fa un suo resoconto dietro la macchina da scrivere dei suoi primi 4 mesi riguardo alla missione affidatale dalla sua compagnia di assicurazione ove lavora, la Bernardelli, insieme alla sua amica e collega Milly Thompson. Ossia Vash The Stampede, del perché del suo soprannome, Tifone Umanoide, ma soprattutto, di monitorarlo per spiegare il motivo della catena dei danni dovuti ai suoi spostamenti.

Meryl e Milly vengono ingaggiate da una coppia di anziani come guardie del corpo per difendere la loro terra, germogliata grazie ad un geoplant, da un uomo, tale Morgan, proprietario di altre terre circostanti alla loro. I due vecchi coniugi detengono l'atto di proprietà della terra, e vengono aiutati anche da persone di loro vecchia conoscenza pronte a difenderla, ma devono guardarsi, oltre a Morgan, dalla famiglia Nebraska(i restanti componenti di quelli gia visti nell'episodio 5), che spalleggiano quest'ultimo in cambio della scarcerazione dei familiari sconfitti in predenza da Vash. Inoltre c'è anche il figlio della coppia, che spinge affinché il padre ceda la terra a Morgan. Le due assicuratrici riescono a sconfiggere i Nebraska anche con l'inconsapevole aiuto di Vash e permettono ai due anziani di poter depositare all'ufficio federale l'atto di proprietà della terra, ove all'interno vi è anche un certificato di concessione del terreno a beneficio del loro figlio, il quale non se l'aspettava nonostante i contrasti avuti in precedenza per la vendita di esso.

Continua la crociata di Legato Bluesummers nei confronti di Vash the Stampede. In un saloon di Jeneora Rock fa fuori grazie ai suoi poteri telecinetici un gruppo di malviventi appartenenti alla banda dei Roderick. L'altra parte della banda vien fatta fuori dal locale grazie al gruppo scelto dallo stesso Legato per eliminare Vash; i Gung-Ho Guns. Viene mandata Dominique the Cyclops ad affrontarlo, una donna capace di uccidere grazie al Demons Eye, tecnica capace di addormentare i sensi dell'avversario prima di abbatterlo. Inizialmente in difficoltà contro di ella, Vash la sconfigge concentrando tutti i suoi pensieri sul dolore fisico di una ferita al dito rimediata poco prima del duello. Decide infine di dare la caccia a Legato ed ai Gung Ho Guns ponendo fine al viaggio sinora intrapreso insieme a Meryl e Milly,in quanto teme per la loro incolumità.

Prossimi avversari per il tifone umanoide sono E.G. Mine ed il samurai Raidei the Blade. Sconfitto il primo abbastanza facilmente, il secondo dei due, unitosi ai Gung-Ho Guns solo per poter affrontare Vash, si rivela ostico, e grazie ad una lama che si può tramutare in un'arma da fuoco quando necessita, è quasi sul punto di sconfiggerlo dopo averlo colpito ad una spalla. Improvvisamente però, il braccio destro di Vash si trasforma in una potente arma distruttiva, demolendo completamente la città ove si svolge lo scontro. È la seconda volta in 23 anni dopo July, come rivelerà in seguito Legato Bluesummers, che grazie alla sua telecinesi dovuta al braccio sinistro di Vash è il vero artefice del suo gesto involontario. Meryl Stryfe, dopo aver visto la città rasa al suolo, è incredula che sia opera sua, e scoppia in lacrime. Anche Nicholas D. Wolfwood, che torna sulle sue tracce pensa quella sia la sua vera natura, e dopo aver chiesto informazioni su di lui a Raidei the Blade, sopravvissuto anch egli alla distruzione della città, lo uccide.

Flashback che ripercorre il passato di Vash quand era bambino, e di suo fratello gemello Knives. I due risiedono e son cresciuti in mezzo ad uomini che navigano in una colonia di navi alla ricerca di un pianeta dove vivere. Tra questi spicca la presenza di Rem, la ragazza-tutrice dei due gemelli. Vash prende e segurà alla lettera, anche dopo la sua morte tutti i suoi insegnamenti specie quelli riguardo al pacifismo e al rispetto per il prossimo, cosa che lascia totalmente contrariato Knives,che li considera dei primitivi, anche a causa delle violenze subite da Steve, uno dei membri dell'equipaggio. Con degli inganni lo stesso Knives ucciderà tutti i membri dell'equipaggio salvando solo Rem, solo perché Vash era molto legata. Riprogramma inoltre tutte le navi comprendenti la colonia su un altro pianeta, rischiandone il totale annientamento di essa, ma Rem decide di riparare il danno causato da Knives riprogrammando tutto com' era in precedenza, sacrificando la propria vita ma, salvando l'equipaggio delle altre navi. Da allora Vash mantiene scrupolosamente una promessa fatta alla ragazza prima di morire: prendersi cura di suo fratello Knives.

Due anni dopo gli eventi di Augusta Vash cambia vita, look, si fa chiamare Eric, vive insieme ad una ragazza molto vivace di nome Rina, e di sua nonna. Molti crimini son stati commessi tutti a nome probabilmente di Vash o di esterni che fingono di esser suoi complici. Uno di questi si fa spacciare proprio per lui corteggiando Rina in più di un'occasione, con lo stesso Vash, che sotto falsa identità la salva ricorrendo anche alle più strambe delle umiliazioni. Finisce quasi sempre però per essere sparato e portato puntualmente in ospedale. Nicholas D.Wolfwood lo riconosce proprio per i suoi metodi pacifisti, e lo convince a reimbracciare le armi, per salvare la ragazza con la quale vive e alloggia, rapita durante l'ultima degenza di Vash in ospedale. Riportatagli la pistola trovata tra le macerie di July e riparatala grazie a Frank Marlon gratuitamente, i due sterminano la banda del falso Vash e riportano Rina a casa. Sia la ragazza che sua nonna vengon poi a conoscenza della vera indentità del loro ospite, che poi si sparge per tutto il paese, e Vash torna al suo vecchio look coi capelli a punta per poi ripartire alla ricerca di Knives.

Meryl e Milly si rimettono sulle tracce di Vash che è stato avvistato per l'ultima volta a Little Jersey, ma giungono in ritardo in quanto questi si è gia spostato insieme a Nicholas D.Wolfwood a New Oregon cittadina preda di due famiglie da anni in combutta tra di loro, i Poro ed i Frisk. Nell'ultimo confronto tra queste, uno dei membri della seconda famiglia sia stata uccisa dalla prima. I Frisk meditano vendetta assaltandoli su un sand steam postale, ove si trovano anche le due assicuratrici, e Vash, giunto li di proposito per stanare le ostilità tra le due famiglie. Il tiifone umanoide riesce nell'intento, e di portare alla ragione uno dei Frisk che voleva uccidere un componente della famiglia rivale, artefice dell'omicidio di sua figlia. Vash glielo impedisce sostenendolo che se lo avesse fatto si sarebbe sentito come l'assassino della figlia, e l'uomo desiste. Tra i Frisk si dilegua durante lo scontro sul sand steam l'organizzatore dell'agguato, scomponendosi in numerosi pezzi e rivelandosi altro che una marionetta di Leonoff the Puppet Muster, altro Gung-ho Gun al servizio di Legato che lo informa del ritorno di Vash ed è in attesa di istruzioni al riguardo.

Vash sfugge per l'ennesima volta alle assicuratrici per raggiungere delle sue vecchie conoscenze viventi in un residuato di tecnologia perduta, fluttuante perrennemente nell'aria. Lo raggiunge anche Nicholas a sua insaputa, il quale, notando gli abitanti spaventati nel vedere chi come lui viene dall'esterno, ritiene che prima o poi arriverà anche per essi il momento di vivere in superficie. Vash ritrova il maestro nonché capo della popolazione, a conoscenza dei suoi precedenti e del motivo del suo ritorno. Il loro arrivo è spiato da Leonoff the Puppet Master grazie a delle sue marionette meccaniche con sembianze di volatili, e fa rapire Jessica, ragazza da anni innamorata di Vash. Verrà salvata proprio da lui, che torna col suo vecchio cappotto rosso indosso e si prepara ad affrontare i prossimi avversari. Leonoff, Gray the Ninelives e Hoppered the Gauntlet.

Dopo aver fatto fuori tutte le marionette di Leonoff the Puppet Master, Vash affronta uno degli altri due Gung-ho Gun intrufolatisi dentro la nave, Hoppered the Gauntlet, un pazzo sanguinario con uno scudo che può fungere anche da proiettile, mentre Nicholas D.Wolfwood se la sbriga con l'altro dei due sicari, Gray the Ninelives, un androide gigante. Lo scopo di entrambi è distruggere l'impianto che tiene a galla la nave. Vash riesce ad aggirare lo scudo del suo avversario grazie ai fili di Leonoff, ciononostante l'impianto è seriamente danneggiato per i colpi ricevuti in precedenza dal Gung-ho Gun. In un altro settore dell'impianto centrale Nicholas ottiene la meglio sul suo avversario con qualche difficoltà. Cyborg all'apparenza invulnerabile, il reverendo colpisce una tubatura contenente all'interno dell'acido facendolo piovere sulla testa dell'androide, poi con un lancia-razzi nascosto in uno dei lati della sua croce, gli dà il colpo di grazia. Le gambe però sono integre e con una missile nascosto all'interno danneggia gravemente l'impianto. Vash riesce a ristabilire il suo settore energetico, ma Hoppered si lancia kamikaze all'interno del nucleo e così la nave precipita. Gli abitanti provati dall'accaduto, danno la colpa di tutto a Vash, ma Blood lo difende ritenendo più gravoso il loro atteggiamento, i quali durante gli scontri sulla nave non hanno fatto altro che andarsi a nascondere e piagnucolare. Nel frattempo Nicholas trova imbavagliata la vera Jessica, torna da Vash per avvisarlo, e successivamente fa fuori Leonoff, mentre quella falsa, salvata in precedenza cerca di uccidere il tifone umanoide, ma Blood gli fa scudo sacrificandosi. Vash piange dunque così la sua morte.

Vash, Nicholas, Meryl e Milly trovano una cittadina al quale non è concesso l'ingresso agli estranei. Mentre cercano di convincere gli abitanti ad entrare, un ragazzino affamato fruga tra le provviste dei quattro e fugge. Vive in una piccola abitazione fuori dalla città in compagnia di altri bambini, tutti orfani. Vash, Nicholas e le due assicuratrici si dedicano a loro e alloggiano temporaneamente li. Il mattino seguente ricevono visita dagli abitanti del villaggio che ritengono siano colpevoli dello sterminio provocato durante la notte tra le loro mura. Mentre il tifone umanoide e il reverendo tentano di manifestare la loro innocenza, un gruppo di worms invade la zona, nonché il villaggio, malgrado lo strato di roccia esterno impedisce solitamente a questi di oltrepassarlo. A permettere ciò è Zazie the Beast, Gung-Ho Gun celato tra i bambini orfani che controlla i worm grazie ad un apparecchio piazzato sull'orecchio, capace di emanare onde ad alta frequenza. Viene ucciso da Nicholas mentre questi tiene sotto tiro Vash. Ovviamente il tifone umanoide si scaglia contro di lui nonostante il salvataggio da parte dell'amico, con quest'ultimo che ribadisce la non assoluta gravità di errore, quando non c'è altra scelta.

Nicholas D.Wolfwood affronta il suo passato, il suo maestro, nonché Gung-Ho Gun Chapel the Evergreen. In un colloquio che avviene tra i due il giorno prima del loro scontro, si scopre che Nicholas aveva il solo compito di scortare Vash da suo fratello, ordine poi revocato per eseguirne uno nuovo, affrontare il tifone umanoide. Tutto questo per salvare i bambini della missione che possiede a December. Nicholas tentenna, e il giorno dopo sembra sfidarlo puntandogli la sua arma contro, poi ci ripensa e affronta, e vincendo, il suo mentore. Gli risparmia la vita decidendo di seguire le indicazioni di Vash sul non uccidere le persone, ma l'errore gli costa caro perché muore per mano del suo maestro sotto il controllo psichico di Legato Bluesummers. Nel frattempo Vash trionfa senza difficoltà contro l'altro dei Gung-Ho Gun giunto in città, Caine the Longshot. Prima di morire Nicholas si reca a confessarsi in chiesa chiedendo perdono per quel che ha commesso in passato nonché, in caso di un'altra vita un posto più ospitale dove vivere, insieme a Vash, Meryl ma soprattutto Milly Thompson, di cui ne è innamorato. I tre poco citati piangono in seguito la scomparsa del reverendo.

Chapel The Evergreen si scaglia contro Legato Bluesummers, responsabile della morte del suo allievo Nicholas D.Wolfwood ma finisce succube del suo potere psichico, per poi venire liquefatto da Knives, che fa la sua comparsa. Comincia l'ultimo atto del loro programma, ossia sofferenza eterna a Vash The Stampede. Si fa sotto contro di lui Midvalley The Hornfreak, Gung-Ho Gun capace di uccidere persone grazie ad onde soniche lanciate col suo sassofono. Vash dopo una dura lotta riesce a colpire lo strumento letale tramite il rimbalzo dei suoi proiettili, redendolo così inoffensivo. Ma il killer-musicista continua ad utilizzarlo nonostante i danni e perde la vita per l'esplosione della sua arma. Poi c'è il faccia a faccia con Legato Bluesummers, che obbliga Vash a una dura scelta, uccidere o venire ucciso. Sceglie la prima dopo aver notato le sue amiche assicuratrici in balia degli abitanti ove si svolge lo scontro a loro volta sottomessi al controllo mentale del suo nemico. Vash elimina definitivamente, e con molta sofferenza per esser andato contro i suoi principi pacifisti, Legato Bluesummers.

Meryl e Milly portano uno stanco e provato Vash in una piccola città a pochi km da Locktown, per curarlo e rimetterlo in sesto, con gli abitanti che, solidali offrono loro una casa. Il tifone umanoide passa i giorni con il rimorso di aver ucciso a freddo una persona(Legato Blusummers) nonostante lo stretto caso di necessità in cui egli si trovava. Meryl e Milly lavorano temporaneamente e rispettivamente come cameriera in un bar ed operaia. Un abitante però si accorge della vera identità di Vash e si scatena una vera rivolta contro di lui e le ragazze, colpevoli di non aver avvisato l'interà popolazione su chi realmente stavano ospitando. Un gruppo di uomini poi lo sequestra per farlo fuori e poter vendicare, secondo loro, tutte le persone care nonché le città che secondo loro egli ha fatto fuori, ma Meryl interviene facendo un discorso simile, se non identico, a quello che faceva Rem quando Vash era bambino, riguardo all'assoluto divieto di togliere la vita alle persone ed il futuro che attende sempre in ognuno di noi. Il tifone umanoide ringrazia le ragazze per averlo salvato e il giorno dopo, le saluta e parte per il suo duello finale.

Dopo un flashback iniziale che narra in via definitiva il rapporto complesso che Vash ha col fratello, nonché gli anni passati in mezzo ad altri uomini, ha inizio in seguito il duello finale. Scontro equlibrato sino a quando Knives non riesce a impossessarsi della pistola del fratello e trasformare entrambe le braccia in potenti armi distruttive. Per la prima volta in vita sua, Vash viene meno ai suoi principi e riesce ad avere la meglio grazie alla croce di Nicholas D.Wolfwood nascosta sotto il terreno a pochi passi da lui. Non ha più dunque remore a sparare contro un uomo se in casi di stretta necessità, e sconfitto Knives si promette d'ora in avanti di cercarsi da solo le sue risposte, pur mantenendo gli insegnamenti di Rem.