Sasuke Sarutobi rimanere orfano della madre, sullo sfondo della crudele guerra tra lo Shogun Ieyasu Tokugawa e i suoi oppositori capitanati dal principe Hideyori Toyotomi e dal suo più valente generale, Yukimura Sanada, di cui il clan dei Sarutobi è fedele seguace. Con la sconfitta nello scontro finale della fazione di Toyotomi, e la morte in battaglia di Sanada, Tokugawa ordina ai suoi uomini di sterminare tutti i sopravvissuti della parte avversaria, tra i quali anche il formidabile ninja Daisuke Oozaru, il padre del piccolo Sasuke. Dopo alcune peripezie Sasuke e Oozaru si ricongiungono ed iniziano la difficile fuga dai sicari dello Shogun. Il bambino per tutta la durata della serie è tormentato dal dolore per la perdita della madre, cosa che neppure la presenza del padre, il quale pur amando il figliolo, preferisce comportarsi nei suoi confronti più come un severo maestro di ninjutsu che come affettuoso genitore.