今年，大学新鲜人泽木惣右卫门直保（坂口大助 配音）进入农业大学农学部，开始了全新的大学生活。其貌不扬的直保有一个天大的秘密，他能够看见存在于空气中的“菌”，甚至能够徒手抓住菌以及与其对话，这样的超能力对于农业专业的直保来说，无疑是如虎添翼，但是，麻烦也随之而来。

　　作为直保的亲梅竹马，直保的秘密无疑为家中经营酿酒行业的结城萤（斋贺观月 配音）创造了不少的便利。同时，外表意外老成的学长美里熏（小西克幸）和各方面都圆滚滚的川滨拓马（杉山纪彰 配音）都对直保产生了浓厚的兴趣。在崭新的校园里，直保和各式各样的菌在一起的生活就这样开始了。

擁有用肉眼看見「菌」能力的少年澤木直保和青梅竹馬結城螢進入農業大學所發生一連串的趣事，透過直保和其他人物的互動可以了解許多跟菌相關的知識，也因為直保的特殊能力而招惹許多事情……。

Follow the life of Tadayasu Sawaki as he enrolls in an Agricultural University and learn about bacteria and viruses that he alone can see with the naked eye.

Tadayasu Sawaki n'est pas vraiment un élève normal... Il peut voir les microbes et les bactéries, et même communiquer avec eux. Ces organismes sont plus grands à ses yeux, et totalement different de ce que l'on peut voir au microscope.

C'est avec son ami, Kei Yūki, qu'il entrera à l'Université de l'Argiculture, à Tokyo, où le professeur Keizō Itsuki semble déjà connaître le don de Sawaki. L'élève / assistante du professeur Itsuki, Haruka Hasegawa, qui ne crois pas en ce don, lui fera passer de nombreux tests avant de pouvoir croire en lui, tandis que d'autres personnes essayeront d'utiliser ce pouvoir à des fins personnels...

Moyashimon ist eine Komödie, die sich um das Collegeleben eines jungen Agronomie-Studenten namens Tadayasu Sawaki dreht, der eine besondere Begabung hat: Tadayasu kann Mikroorganismen wie Mikroben mit bloßem Auge sehen. Er sieht diese aber nicht realistisch, wie bei Aufnahmen eines Elektronenmikroskops, sondern als kleine knuddelige Kreaturen, die mit ihm kommunizieren können.

Die Handlung beginnt mit Tadayasus ersten Tag an der Universität für Landwirtschaft in Tokio. Er ist zusammen mit seinem treuen Freund Kei Yuuki dort und wundert sich, wieso so viele Polizisten auf dem Gelände anwesend sind. Da Tadayasu vom Land kommt, hält dies für eine typisch „städtische“ Sache. Durch verteilte Flyer finden die zwei bald heraus, dass eine ältere Studentin namens Hasegawa vermisst wird. Beim durchforsten des weiten Universitätsgeländes stoßen die Freunde auf einen kleinen Wald, wo Tadayasu in der Luft plötzlich viele Bakterien schweben sieht, die für Verwesung zuständig sind.

Tadayasu Sawaki, iscritto a un'università agricola e dotato della singolare capacità di poter percepire batteri ed altri microorganismi ad occhio nudo, raffigurandoli come buffe "creaturine" di dimensioni maggiori rispetto alle loro controparti reali. Il giovane è anche in grado di toccarli e in certi casi di comunicare con essi. Il bizzarro professore Keizō Itsuki è venuto a conoscenza dei poteri del ragazzo grazie alla conoscenza con il nonno del giovane, e decide di sfruttarli per il bene delle sue ricerche scientifiche (in gran parte incentrate sulla fermentazione), evitando nel contempo che altri scoprano di questa sua abilità. Il professor Itsuki lavora con una giovane ricercatrice chiamata Haruka Hasegawa, la quale è incredula a riguardo delle capacità di Sawaki, ma presto si dovrà ricredere.

菌が肉眼で見えるという不思議な能力をもつ主人公・沢木惣右衛門直保、その親友で、ある日忽然と姿を消す謎だらけな酒蔵の息子、学校の敷地内で発酵食品を作る名物老教授、酒を密造する先輩、常にボンデージファッションに身を包んだ女子院生など、個性的なキャラクターたちが登場する“農大”を舞台にした異色学園アニメ。

노이타미나 시간대에서 방영된 TV 애니메이션과 실사 드라마가 있다. 제작사는 시로구미(白組)와 텔레콤 애니메이션.

2007년 10월에 처음 TV 애니메이션이 방영되었고, 역시나 전 11화. 1기 DVD는 9000장 정도 팔렸다고 한다.

덧붙이자면 텔레비전 애니메이션판에는 촬영 협력으로 도쿄 공업대학도쿄 농공대학이 크레디트 되고 있다. 실제로 도쿄 농공대학-코가네이(小金井) 시 소재에서 오프닝 촬영이 이루어졌다고.(드라마판은 농학부 캠퍼스에서 이루어졌다고한다)

2010년 3분기에 역시 노이타미나 시간대에서 실사 드라마화. 캐스팅과 원작 캐릭터와의 싱크로율이 굉장하다.주인공 빼고...하긴 주인공인데 미남인건 어쩔 수 없을지도...

사실 배우 및 실사 촬영분은 1월 즈음에 다 끝났다고 한다. CG 작업 때문에 방영이 늦어진 것. 역시 시로구미에서 전담하여 CG 작업을 진행하였다.

2012년 7월에는 애니메이션 2기가 '모야시몬 리턴즈'라는 제목으로 노이타미나 시간대에 방영었고, 9월 14일 11화로 무사히 2기가 종영되었다. 노이타미나 답지 않은 후속작편성을 했던 작품이므로 추후의 전개를 기대해보자. 놀랍게도 3기의 떡밥을 던졌다.

그리고 어디까지나 떡밥일 뿐이 되었다.애초에 모야시몬 원작부터가 떡밥사기가 많다. 그리고 애니까지 떡밥사기 본편이 완결이 난 시점에서 3기는 과거의 꿈이 되어버렸다.

Tadayasu Sawaki é um garoto com uma habilidade incomum: ele consegue ver e falar com microrganismos, os quais aparecem para eles como entidades bonitinhas. Filho de um produtor de kouji e calouro do curso de Agricultura numa universidade em Tóquio, Tadayasu se lembra dos apertos que já passou em sua terra natal por conta de seu talento bizarro e sabe que precisa manter segredo quanto a isto. A única pessoa que conhece suas habilidades de antemão é o amigo de infância Kei Yuuki, filho de um produtor de saquê. Tadayasu é aconselhado pelo avô a visitar o Prof. Itsuki Keisou, uma personalidade pra lá de estranha e que estuda a fundo a fermentação dos alimentos. O Prof. Itsuki já conhece a fama do garoto e sabe da importância de se manter segredo absoluto em relação ao talento do rapaz, uma mina de ouro em potencial. E este mesmo talento gera raiva e ciúmes em Hasegawa Haruka, doutoranda gostosíssima, muito temperamental e que não aceita o fato de um garoto saber tanto sobre microrganismos.