Alors que Yusuke et ses amis reprennent leur vie normale après le tournoi, Koenma s'intéresse à une étrange affaire qui se déroule dans le monde des humains.

Kuwabara et les autres viennent en aide à Yusuke face aux étudiants aux pouvoirs étranges à l'endroit spécifié, où ils trouvent Kaito, le camarade de classe de Kurama.

L'un après l'autre, Hiei, Kuwabara et Botan succombent au mot tabou. Dernier restant, Kurama propose alors un marché à Kaito.

Kurama et les autres poursuivent leur recherche dans la maison. Après avoir relevé le défi de Yanagisawa, ils rencontrent le cerveau de l'épreuve.

Genkai et Koenma révèlent à leurs amis l'effroyable situation : quelqu'un essaie d'ouvrir un tunnel reliant le monde des humains au monde des ténèbres.

Yusuke et les autres rencontrent quelqu'un capable de lire dans les pensées alors qu'ils se rendent à Mushiyori pour découvrir qui essaie d'ouvrir le tunnel.

Murota est emmené à l'hôpital où réside le "docteur" Kamiya. D'étranges insectes répandent un virus faisant de nombreuses victimes dans l'établissement.

Insensible à la douleur, Kamiya ne cédera son territoire pour rien. Yusuke hésite sur la marche à suivre face à Kamiya qui est humain.

Alors que le trou du monde des ténèbres s'agrandit, Kuwabara décide de faire cavalier seul, sans Yusuke. Un nouvel ennemi s'en prend à Kuwabara et ses amis.

L'ennemi continue d'attaquer Kuwabara qui tente de sauver ses amis. Kuwabara se découvre de nouveaux pouvoirs après avoir été englouti par la créature de son adversaire.

Yusuke et les autres découvrent le passé de Sensui lorsque Koenma visite le monde des humains pour leur parler de cet ancien détective du monde des esprits.

Yusuke poursuit sans relâche le camion transportant Kuwabara, mais un médium s'interpose pour le défier.

Yusuke n'arrive pas à voir Hagiri qui l'attaque à distance. Un visage familier arrive juste au moment où Hagiri s'apprête à en finir avec Yusuke.

Yusuke fait le point avec le reste du groupe. Genkai envoie Yusuke et trois autres personnes à la grotte où les attend leur ennemi.

Amanuma, le maître des jeux capable de transformer en réalité l'univers d'un jeu vidéo, met Yusuke et ses amis au défi de jouer avant de rejoindre lui-même la partie.

Sensui se sert d'Amanuma qui mourra s'il perd la partie. Kurama prend une décision difficile pour sauver le monde des humains.

L'équipe de Yusuke arrive enfin là où se trouvent Sensui et les autres. Kurama se porte volontaire pour se battre contre le cinquième médium.

Le tunnel vers le monde des ténèbres est presque terminé. Alors que Yusuke affronte seul Sensui, les autres se retrouvent prisonniers du corps du démon d'Itsuki.

Un duel à mort a lieu entre Yusuke et le très puissant Sensui dont la personnalité change soudainement lorsque Yusuke parvient à se défendre.

Koenma décide de se servir de l'énergie astrale qu'il a accumulée depuis de nombreuses années pour sceller le trou vers le monde des ténèbres.

Yusuke et Koenma ne font pas le poids face à Shinobu, la principale personnalité sacrée de Sensui, mais Yusuke refuse de baisser les bras.

Kuwabara et les autres ont peur que Yusuke soit prêt à mourir au combat, mais ils ne peuvent rien faire tant qu'ils sont emprisonnés.

Kurama, Hiei et Kuwabara s'échappent, mais arrivent trop tard. Assoiffés de vengeance, ils se précipitent dans la brèche vers le monde des ténèbres.

Kuwabara et les autres essaient de se battre contre Sensui dans le monde des ténèbres. Des combattants d'élite viennent du monde des esprits pour éliminer Yusuke.

Yusuke part dans le monde des ténèbres avec Pu qui a grandi et Koenma pour continuer à se battre contre Sensui. Yusuke commence à changer au cours de la lutte sans merci.

Le combat entre Yusuke et Sensui se termine. Après avoir exigé de prendre sa revanche auprès de Sensui, Yusuke découvre que son adversaire est très malade.

La brèche du monde des ténèbres est réparée. La paix est rétablie dans le monde des humains. Yusuke et ses amis reviennent sur le passé avant de se tourner vers l'avenir.