Touma Kamijou je student střední školy v Akademickém městě, kde věda zkoumá nadpřirozeno. Jednoho dne se setkává s jeptiškou, která uprchla ze světa kouzel.

Kamijo nachází před svým pokojem Index potřísněnou krví. Najednou se objeví Kouzelník, aby ji odvedl pryč a zahájil překvapivý ohnivý útok.

Kamijo je těžce raněn mečem kouzelnice Kaori Kanzaki, která pronásleduje Index. Kaori se o Index dozvídá šokující informaci.

Index zemře, pokud jí jednou za rok nevymažou paměť. Kamijo se snaží najít jiný způsob, jak ji zachránit, když se objeví Stiyl a Kaori. Čas se začíná krátit.

Kamijo si v souvislosti s Indexinou pamětí něco uvědomí. Dokáže svou pravačkou zastavit ty, kteří jdou po grimoárech, a zničit Svatyni sv. Jiří?

Kamijo se setkává s dívkou v oděvu šintoistické kněžky, která zmizí s mužem v obleku. Stiyl ho požádá, aby zachránil Hlubokou krev, dívku, která dokáže zabíjet upíry.

Kamijo a Stiyl se snaží zničit zdroj magické bariéry, která obklopuje přípravku. Studenti školy začnou se zaříkáváním.

Aureolus zajme Index a dá průchod svému hněvu vůči Kamijimu, Stiylovi a Aise v podobě Ars Magny, alchymie, která mění slova ve skutečnost.

Kamijo potká cestou domů ze školy Mikotinu mladší sestru Misaku, kterou Mikoto brzy odtáhne pryč. Pak na ni ale znovu narazí – jak je to možné?

Kamijo najde Misačinu mrtvolu. Později tělo i krvavé skvrny zmizí. Pak spatří Misaku, jak nese pytel na mrtvoly, s mnoha dalšími sestrami.

Kamijo vidí, že Mikoto je v problémech až po uši. Vyčítá si, že mapu své DNA nabídl k výzkumným účelům. Postaví se Mikoto do cesty.

Mikoto se hodlá obětovat pro své sestry a Kamidžó se jí ptá, kde je Accelerator. Ten se zatím chystá bojovat s Misakou.

V boji se všemocným Acceleratorem zůstává Kamidžó v defenzivě. Mikoto vymyslí plán, jak Acceleratorora zastavit, a křísí zraněnou Misaku.

Kamidžo je z Akademického města rychle vyhnán. Tváře a povahy se proměnily a před Kamidžem se zjeví jeptiška v rudém hábitu.

Do Japonska přijíždí Miša, aby objasnila původ zaříkadla Pád anděla. K Miše se připojí Kamidžó, Kanzaki a Cučimikado a společně hledají zaklínače.

Kamidžó konfrontuje Tóju, který začíná mluvit o své minulosti. Miša se objeví a zaútočí. Kaori přichází zastavit Mišu a odhaluje o ní šokující informace.

Mikoto je pronásledována chlapcem jménem Unabara a ona předstírá, že chodí s Kamidžem. Když se rozdělí, každý z nich potká jiného Unabaru. Jeden z nich sleduje Mikoto.

Acceleratora v restauraci otravuje Misačin klon „Poslední příkaz“. Potom ale uvidí Ao Amaie, ředitele Radia Noise – projektu, který stvořily Sestry.

Accelerator ve výzkumném středisku chytí Amaie a znovu získá Poslední příkaz. Virus v jejím těle se ale aktivuje dřív, než měl.

Aisa Himegami přejde do Kamidžiho třídy. Index se spřátelí s Hyokou Kazakiri a jsou si stále bližší. Do Akademického města pronikl kouzelník.

Kamidžó, Index a Kazakiri dostanou příkaz k evakuaci nákupního centra a spatří na stěně oko. Kamidžó způsobí střet mezi Mikoto a Index.

Kazakiri se ocitne před golemem, kterého vypustila Sherry Cromwellová. Kamidžó s ním bojuje, ale Sherry jeho plány hatí. A co Index a Mikoto?

Sherry obrátí pozornost k Index, Kamidžó se v metru pustí do Sherry a Index je v úzkých: ohrožují ji golemovy gigantické pěsti.