L'équipe Yamato part à la rencontre de l'espion de Sasori. Sur la route, ils décident de se reposer dans une station thermale pour y faire plus ample connaissance.

Naruto revient à lui, et Yamato explique que Saï a disparu et est probablement impliqué dans une grande conspiration menée par Danzô. Un clone de Yamato est sur la piste du jeune homme.

Yamato explique que selon Danzô, Sasuke en tant que futur corps d'Orochimaru est une menace pour Konoha. Saï pénètre dans la chambre de Sasuke qui se réveille, mais au lieu de suivre ses ordres et de le tuer, il tente de le capturer et révèle qu'il veut préserver les liens entre Naruto et Sasuke. Ce dernier provoque alors une grosse explosion dans sa chambre, ce qui attire l'attention de Sakura, Naruto et Yamato. Naruto et Sakura rencontrent leur ancien ami ; Saï déclare qu'il abandonne sa mission secrète et qu'il souhaite maintenant comprendre le lien qu'il y a entre Sasuke et Naruto en aidant ce dernier à ramener son camarade à Konoha.

Furîdo, Fuka, Fuen et Fudo attaquent Konoha. Fuen invoque un bouclier afin qu'aucun villageois ou ninja de Konoha ne puisse fuir. Fudo invoque des morts-vivants, le clan Kohaku...

Kakuzu révèle sa capacité devant les yeux ébahis de Shikamaru, Asuma, Kotetsu et Izumo.

Shikamaru arrive à piéger Hidan en l'emmenant à l'écart, tandis que Naruto et son équipe arrivent.

Naruto rejoint finalement l'équipe Yamato. Gamakichi apprend à Naruto et à Gamatatsu une technique de dernière minute. L'équipe Kakashi est sur le point d'aller au combat.

L'équipe du scellage de Sanbi arrive. Naruto part à la recherche de Yûkimaru et finit par combattre avec Guren.

Guren et Rinji réussissent à empêcher Konoha de sceller Sanbi.

Kakashi et le reste de l'équipe tentent de trouver Naruto pendant que ce dernier essaye de raisonner Guren. Kabuto et Rinji trompent leurs hommes de main afin que Kabuto leur appose la marque du sceau maudit.

Jiraya arrive à Ame et décide d'enlever deux ninjas pour avoir des renseignements sur Pain.

Sasuke parvient à briser le genjutsu en combinant son Sharingan à la puissance du sceau maudit d’Orochimaru ; les deux frères commencent alors un duel de ninjutsu. Pour surpasser la boule de feu de Sasuke, Itachi utilise la « Lumière céleste ».

Quatre bandits attaquent le mont Katsuragi abritant Hotaru, l'héritière d'une technique interdite créée par son grand-père Enno Gyoja, son serviteur, et Utakata, un vagabond ayant sauvé la jeune fille par le passé et utilisant des techniques à base de bulles de savon. Un ancien accord secret entre Konoha et le village de Hotaru pousse Tsunade à donner l'ordre à l'équipe 7, menée par Yamato, de partir en direction du mont Katsuragi afin d'aider les assiégés. Ils n'y trouvent que le serviteur dans un mauvais état d'avoir couvert la fuite des deux jeunes gens. L'équipe 7 rattrape les fuyards dans le but de les escorter jusqu'au village caché de Hotaru, mais Naruto attaque Utakata, pensant que ce dernier voulait du mal à Hotaru. Après la dissipation du malentendu, Utakata laisse la jeune fille aux mains des ninjas de Konoha et s'envole dans une bulle de savon.

Naruto et Utakata survivent à l'explosion et mettent en fuite Shiranami. Naruto poursuit ce dernier et le neutralise avec l’« Orbe tourbillonnant ». Pendant ce temps, la technique interdite devient incontrôlable et Hotaru s'apprête à faire exploser tout le village et les alentours. Utakata perçoit l'importance qu'il a pour Hotaru et accepte de devenir son maître ; grâce à la puissance de Rokubi, il parvient à absorber l'explosion : la technique interdite est détruite. Le village reconnaissant accepte la jeune fille, et l'équipe 7 rentre à Konoha sa mission accomplie. Pour leur demander l'autorisation de former Hotaru, Utakata recherche les oinin de Kiri, mais ne retrouve qu'un masque ensanglanté. Pain survient et le capture sous un éboulement… Utakata envoie des bulles vers Hotaru en signe d'adieu.

L'entraînement de Naruto continue : celui-ci fait des progrès et parvient à maîtriser le « mode ermite ». Alors que Taka se repose, Sasuke déclare qu'il n'a plus besoin du pouvoir des bijus et que son nouveau pouvoir lui permettra de détruire Konoha pour de bon, il se rend compte que sa vue est troublée. Pendant ce temps, des ninjas de Kumo l'espionnent mais l'un d'eux est tué. Apprenant qu'un Uchiwa a enlevé son frère, le Raikage, furieux, entre alors en action. Il décide alors d'envoyer une équipe afin de remettre une lettre à l' Hokage lui demandant l’autorisation de prendre Sasuke en chasse.

Pendant que le village se reconstruit, Naruto et Sakura reçoivent la visite de Tazuna et d'Inari, devenu charpentier. Naruto se remémore alors son retour au Pays des Vagues ; ayant oublié chez Tazuna un ticket gratuit pour manger chez Ichiraku, il retourne le chercher sur un coup de tête, poursuivi par Sasuke qui a pour mission de le ramener. Inari ayant trouvé le ticket part de son côté à la recherche de Naruto mais se fait agresser par d’autres enfants dont Akane jaloux de son succès ; ils se font alors enlever par les anciens hommes de main de Gâto, menés par Zôri et Waraji qui veulent reprendre le contrôle du Pays des Vagues. Naruto et Sasuke partent à la recherche d’Inari qui parvient à s’évader poursuivi par les bandits. Inari fait diversion pour permettre à ses camarades de s’enfuir. Acculé à une falaise, il saute dans l’eau et se remémore quand son père adoptif lui a appris à nager. Naruto sort Inari de l’eau et engage le combat contre les bandits, rejoint par Sasuke, puis par les villageois qui les livrent aux autorités. Akane et ses amis sont devenus charpentiers comme Inari et sont tous venus aider à Konoha.

Lee donne un remède à Sakura afin de guérir Tsunade. Lee se remémore alors son hospitalisation après sa défaite contre Gaara. Pour préparer à son élève un remède, Gaï Maito avait besoin d’une fleur médicinale très rare, la fleur de Jokufu ; Naruto, Ino et Sakura partent alors au Mont Jokufu à sa recherche en profitant d’une mission… En chemin, une vieille femme dans une auberge les avertit que le lieu est hanté ; en arrivant dans la forêt, ils trouvent les fleurs, mais sont attaqués par du pollen copiant les techniques de Gaara lorsque Naruto en cueille. Après avoir vaincu le faux Gaara, ils rencontrent Furofuki, une médecin de Konoha étudiant la fleur et vivant dans la forêt, destinataire du message qu’ils devaient porter pour leur mission ; celle-ci leur explique que la fleur se défend en prenant la forme d’un ennemi auquel on pense. Leur mission est ensuite de ramener un grand nombre de fleurs de Jukufu à Konoha, qui servent à Gaï à préparer des boulettes de médicament.

Hanare, une espionne du village caché de la Clé est capturée par les ANBU de Konoha. Elle est interrogée par Ibiki Morino, puis par Inoichi Yamanaka qui découvre qu’elle ne sait rien sur son village, mais qu’elle a rencontré Kakashi dans sa jeunesse. Kakashi reçoit pour mission de percer son secret et ses souvenirs. Hanare lui fait confiance, car elle se souvient l’avoir rencontré dans sa jeunesse ; c’est lui qui lui a appris à regarder les nuages et lui a donné espoir alors qu’elle vivait en dehors du village loin de ses parents et des autres pour n’avoir aucune information à révéler. Le reste de l’équipe 7, pensant que Kakashi a une relation avec elle les espionnent et tombent par accident d’un arbre au-dessus d’eux, provoquant un regard du Sharingan de Kakashi dans les yeux de la jeune femme. Celui-ci détecte qu’elle possède une technique permettant de récupérer des informations par le regard et qu’elle a donc dû soutirer des informations sur Konoha à ses interrogateurs. Le 3e Hokage décide de procéder à un échange entre Hanare et un jōnin capturé par le village de la Clé ; ils conviennent cependant de capturer la jeune femme à nouveau juste après. Acculée à une falaise, celle-ci révèle à Kakashi qu’elle a effacé ses informations pris dans l’esprit de Inoichi après avoir découvert à Konoha le village dont elle rêvait ; Kakashi la laisse partir et raconte qu’elle s’est jetée de la falaise.

Tandis que Sasuke décide d’aller avec Taka au « Conseil des cinq kage » pour tuer Danzô, escortés par la partie blanche de Zetsu. Naruto se laisse battre sans se défendre plutôt que de livrer des informations sur Sasuke aux ninjas de Kumo. Saï intervient pour calmer Karui, puis soigne les blessures de Naruto qui décide de partir rencontrer le Raikage avec Kakashi et Yamato pour demander la grâce de Sasuke. Pendant ce temps, Danzô se prépare à partir au conseil et intrigue pour récupérer, avant Anko, les données d’Orochimaru avec qui il a frayé par le passé, possédées maintenant par Kabuto. Naruto raconte à Kakashi et Yamato ce que son père lui a révélé.

Suigetsu et Jûgo sont arrêtés par les samouraïs du Pays du Fer, tandis que Saï, trahissant Sakura, avertit Naruto à l’aide d’un clone. Saï explique à Naruto que Sakura est déterminée à retrouver Sasuke afin de l’éliminer elle-même. L’équipe de Gaara intervient et informe Naruto, Kakashi, Yamato et Saï de ce qu’il s’est passé au conseil et transmet la charge de Hokage par intérim à Kakashi. Gaara décide à son tour de parler à Naruto au sujet de Sasuke et lui conseille de faire le bon choix. Pendant ce temps, Madara intercepte Danzô et maîtrise ses gardes du corps Fû et Torune ; il fait alors apparaître Sasuke et Karin devant Danzô qui libère son bras droit sur lequel sont greffés des yeux possédant le Sharingan.

Naruto, accompagné de Sakura, Kakashi et Karin, attend le réveil de Kiba, Lee et Saï puis rentre avec eux à Konoha. A Kumo, Killer Bee rejoint les siens armé de Samehada ; le Zetsu noir enterre le corps de Kisame qui s’avère être un faux : Kisame est caché dans son épée. Saï informe les membres de la Racine que leur maître Danzô est mort et que Kakashi sera le prochain Hokage.

Naruto, Yamato, Gaï Maito et Aoba s'apprêtent à partir pour Kumo… Ils atteignent l’unique port du Pays du Feu, mais les marins refusent de prendre la mer car un monstre attaque les bateaux qui s’éloignent de la côte. Aoba et Gaï partent pour le vaincre et sont attaqués par un makaire géant qui semble être une invocation « sauvage », laissée là à l’abandon à la fin de la dernière guerre ninja quinze ans auparavant. Naruto et son groupe donnent un coup de main à un pêcheur nommé Yusuke qui a perdu son père tué par le poisson et veut le venger en l’attrapant. Avec l’aide de Yamato, les ninjas de Konoha offrent à Yusuke un bateau et une canne à pêche suffisamment solide, et Gaï s’occupe de la propulsion, ouvrant l’une après l’autre les cinq premières portes célestes. Après une longue lutte, Yusuke attrape finalement sa proie ; Naruto délivre celle-ci d’un grand shuriken à quatre lames planté dans son front, et le poisson peut retourner dans son monde. Le lendemain, les ninjas peuvent finalement partir vers le Pays de la Foudre…

Shikamaru est angoissé à l’idée de devoir commander des troupes durant la guerre, un mauvais jugement de sa part pouvant mettre ses amis en danger. Son père le fait envoyer en mission avec Tenten sur une île où Naruto et ses amis vont passer. Ils embarquent avec eux, mais soudain, des pièges se déclenchent : un brouillard se répand, la boussole se dérègle et des rochers apparaissent hors de l'eau. Gaï parvient à les briser, mais surgit un rocher plus gros, dont ils se détournent grâce à Yamato ; ils arrivent enfin sur un tourbillon, neutralisé par un « Orbe tourbillonnant géant » de Naruto. Lorsque les événements se répètent deux fois, et qu’ils arrivent une quatrième fois sur les rochers, tous ont épuisé leur chakra ; Shikamaru analyse la situation et comprend que ces événements ne sont pas naturels : quelqu’un cherche à les faire tourner en rond et couler. À l’arrivée sur le tourbillon, il fait cacher par Tenten le bateau dans un parchemin et ils restent à la surface de la mer. Les habitants de l’île arrêtent alors les pièges et viennent chercher leur butin, mais Tenten, faisant reparaître le bateau, les fait chavirer, et ils reprennent leur route. Lorsque Naruto dit à Shikamaru que son intelligence a été utile pour les sauver, ce dernier voit fondre ses angoisses.

Killer Bee accepte d’aider Naruto à maîtriser Kyûbi, mais avant cela, le jeune ninja doit vaincre son double maléfique. Utiliser la force étant inutile, il parvient à le faire disparaître en le remerciant de l’avoir rendu plus fort et en abandonnant sa rancœur contre les villageois. Bee l’accompagne alors, avec Yamato, derrière la cascade où se trouve un gigantesque temple dédié à la maîtrise des bijū. Après avoir récupéré la clé de son sceau, Naruto se renferme en lui-même tout en restant en contact avec Bee et Hachibi, pour libérer et combattre le démon renard.

La narration du récit des événements s’étant produits le jour de la naissance de Naruto se poursuit. À Konoha, les dégâts sont considérables : Kyûbi détruit et tue, notamment les parents d’Iruka. Le 3e Hokage invoque Enma et repousse avec lui le démon hors du village. Pendant ce temps, l’homme au masque s’éclipse, non sans dire à Minato qu’il reviendra prendre Kyûbi et diriger le monde un jour. Le jeune homme retourne à Konoha et invoque Gamabunta pour coincer le démon renard au sol, le temps de se déplacer avec lui au loin. Il ramène Kushina et Naruto avec lui et la jeune femme immobilise Kyûbi avec son chakra ; alors qu’elle souhaite ramener le démon en elle et mourir en le restreignant, Minato décide de sceller en lui la moitié de Kyûbi avec le sceau de l’« Emprisonnement des morts », puis de sceller l’autre moitié dans le bébé avec ce qui leur reste de chakra pour le rencontrer et l’aider plus tard, car il pense que Naruto est l’enfant de la prophétie faite à Jiraya. Réticente, Kushina se laisse convaincre quand le démon tente de tuer le nourrisson et qu’ils doivent s’interposer, se faisant tous deux transpercer par sa griffe. Elle parle un court moment à Naruto, lui donnant des conseils pour sa vie à venir, puis Minato applique le sceau.

Retour au présent, Kushina s’excuse auprès de Naruto à cause de la vie difficile qu’il a eue et leur absence à ses côtés ; Naruto lui répond qu’il en a effectivement bavé, mais qu’il ne leur en a jamais voulu, et est heureux, car il sait maintenant qu’ils ont donné leurs vies pour lui, et qu’il est plus rempli de leur amour que par la haine de Kyûbi ; Kushina disparaît alors en lui disant merci de les avoir acceptés et d’être né pour eux.

Shino retrouve Torune. Ils se rappellent qu'ils restaient souvent ensemble, mais un jour Danzô voulut qu'il intègre la Racine et il dit adieu à Shino. Naruto sauve Shino mais Torune donne un coup de poing à Naruto, Shino passe alors devant et lui explique qu'il a élevé ces insectes empoisonnés. Shino scelle Torune et Naruto reprend sa route avec lui.

Naruto utilise ce qu'il lui reste de chakra en essayant de libérer les Bijû de la coupe de Madara. Alors que tout semble perdu, Kyûbi reconnaît Naruto comme son hôte et lui propose son aide ...

Sur le champ de bataille, Kakashi, Naruto et Gaï réussissent enfin à entailler le masque de l'ennemi ! Kakashi commence à comprendre ses techniques mystérieuses

Sasuke se jette dans la bataille pour le salut de Konoha ! Le voici combattant aux côtés de ses anciens compagnons, Sakura et Naruto ! L’équipe 7 est de nouveau reconstituée, pourra-t-elle stopper Jûbi et Madara ?

Naruto parvient à arracher à Obito, les Chakras des Bijûs et le Réceptacle de Jûbi s’effondre enfin ! Les troupes alliées exhortent alors Kakashi d’achever son ancien compagnon...

Usant de toute sa verve, Madara tente de rallier Obito à sa cause une nouvelle fois. L'ancien camarade de Kakashi replonge alors dans les méandres de ses années de jeunesse passées à Konoha...

Après une longue absence au cours de laquelle il a suivi un entraînement spécifique, Naruto, apprenti ninja, revient à Konoha sa ville natale.

Naruto rejoint le reste de ses camarades et, ensemble, ils parviennent à repousser l'offensive de Sasori. L'homme masqué est alors témoin de leurs actes et est désormais convaincu qu'il y a un avenir avec ces jeunes ninjas. Il leurs promet de libérer les Jonin capturés et commence à expliquer la vérité sur son action...

La quatrième Grande Guerre Ninja est terminée. Mais depuis ce jour, Sasuke continue son voyage solitaire, avec pour objectif d'expier ses péchés. Pendant ce temps-là, au Village de Konoha, il y a un nombre croissant de ninjas portés disparus. Alors que Kakashi, désormais Hokage, et les autres discutent de ces incidents, le village est attaqué par un mystérieux groupe de ninjas.