Quatre bandits attaquent le mont Katsuragi abritant Hotaru, l'héritière d'une technique interdite créée par son grand-père Enno Gyoja, son serviteur, et Utakata, un vagabond ayant sauvé la jeune fille par le passé et utilisant des techniques à base de bulles de savon. Un ancien accord secret entre Konoha et le village de Hotaru pousse Tsunade à donner l'ordre à l'équipe 7, menée par Yamato, de partir en direction du mont Katsuragi afin d'aider les assiégés. Ils n'y trouvent que le serviteur dans un mauvais état d'avoir couvert la fuite des deux jeunes gens. L'équipe 7 rattrape les fuyards dans le but de les escorter jusqu'au village caché de Hotaru, mais Naruto attaque Utakata, pensant que ce dernier voulait du mal à Hotaru. Après la dissipation du malentendu, Utakata laisse la jeune fille aux mains des ninjas de Konoha et s'envole dans une bulle de savon.

Utakata se souvient de Hotaru voulant faire de lui son maître et affronte les bandits. Pendant ce temps, Hotaru se rend à son village accompagnée de l'équipe 7.

L'équipe 7, inquiète pour Hotaru, retourne au village de Tsuchigumo. Pendant ce temps, les bandits attaquent Hotaru pour lui voler la technique interdite ; Utakata intervient et parvient à s'enfuir avec elle. Hotaru montre son secret à Utakata, mais ils sont attaqués par des oinin de Kiri. Naruto, Saï et Yamato interviennent.

Le chef ANBU de Kiri qui dirige les oinin intervient et discute pour trouver un arrangement avec Yamato et Utakata : Utakata restera sous la surveillance de l'équipe 7 jusqu'à ce que Hotaru soit en sécurité. En privé, le chef ANBU demande à Utakata de revenir de lui-même au village, qui a changé ; mais Utakata pense que le village va l'exécuter car il a tué son maître qui selon lui voulait sa mort. Ils retournent au Mont Katsuragi pour rejoindre Tonbei et Sakura. En chemin, Naruto découvre également le secret de Hotaru : la technique interdite est incrustée dans son dos.

Tonbei s'inquiète car le clan Tsuchigumo n'a plus la force de protéger la technique interdite ; ils n'ont d'autre choix que de la détruire. Pendant ce temps, Naruto recherche Shiranami, le fils du premier élève d'Enno Gyoja, et supposé être d'après Hotaru le dernier capable de maîtriser la technique interdite… Celui-ci se trouve être le commanditaire des bandits. Utakata souhaite parler aux oinin de Kiri à nouveau, et part à leur recherche. Ces derniers le repèrent, mais sont attaqués par une invocation de Pain.

Naruto se fait piéger par les bandits et Shiranami. Ce dernier part à la rencontre de Hotaru et l'attire dans un piège. Utakata libère Naruto et ils suivent la trace des bandits jusqu'au village de Tsuchigumo. Les villageois sont tous sous l'emprise d'une technique de sceau de Shiranami et les attaquent. Saï les retrouve, et le reste de l'équipe 7 intervient. Tandis qu'ils s'occupent des villageois et des bandits, Naruto et Utakata partent sauver Hotaru, prisonnière du rituel qu'a débuté Shiranami pour extraire la technique interdite : il est à la recherche de celle-ci depuis qu'il a tué son père dans l'espoir de la récupérer.

Naruto et Utakata arrivent sur les lieux du rituel. Shiranami leur explique qu'il compte dominer le monde grâce à la technique interdite, qui consiste à accumuler le chakra de l'atmosphère pour provoquer une énorme explosion ; il compte conserver et utiliser Hotaru en tant qu’« outil » pour cela. Pendant ce temps, le reste de l'équipe 7 poursuit son combat contre les bandits et les villageois. Naruto et Utakata, utilisant la puissance de leurs bijū, se libèrent de la technique de sceau que Shiranami a utilisé pour les contrôler et attaquent ce dernier, qui déclenche la technique interdite.