האקאטסוקי מסיימים לחתום את הרוקובי. בינתיים בקונוהא, נארוטו נזכר בשיחתו האחרונה עם איטצ'י על סאסקה, ובכוח שהעניק לו. סאסקה וג'וגו מביאים את קילרבי אל מאדארה. למחרת, טסונאדה מזמנת את קבוצת קאקשי אל חדרה. שם, פוקאסאקו מספר על מותו של ג'יראיה, ומוסר להם את הודעתו האחרונה. נארוטו יוצא נסער מחדר ההוקאגה.

פוקאסאקו חוזר להר מיובוקו, לאחר שהוא מפקיד בידי קונוהא את ממצאיו האחרונים של ג'יראיה. נארוטו עדין מתקשה להתמודד עם מותו של ג'יראייה. שיקאמארו מחפש את המפתח לפיצוח הקוד שהשאיר אחריו ג'יראיה, ולבסוף פונה אל נארוטו. לאחר שהוא מתעודד, נארוטו מחליט לעזור.

נארוטו מגלה כי הספרה הראשונה בקוד, היא בעצם האות טה בקאטאקאנה. האות מובילה אותם לסדרת ספרי ה-"איצ'ה איצ'ה" ומשם, נארוטו, קאקשי, שיקאמארו ושיהו מצליחים להרכיב את ההודעה:"האחד האמיתי לא ביניהם". לאחר-מכן הקבוצה מפקידה את ההודעה המפוענחת בידי טסונאדה. פוקאסאקו לוקח את נארוטו אל הר מיובוקו בכדי ללמד אותו סנג'וטסו לקראת קרב הנקמה פיין.

פוקאסאקו מספר לנארוטו כי אימוני הסנג'וטסו עלולים להפוך אותו לצפרדע, למרות זאת בהשארת ג'יראיה, נארוטו עדיין נחוש בדעתו ללמוד את הטכניקה. פיין וקונאן יוצאים ללכוד את הקיובי בקונוהא. בעזרת שמן צפרדעים נארוטו מתחיל להבין כיצד להשתמש באנרגיית טבע, ומצליח להרים את פסל הצפרדע הגדול. פוקאסאקו מעניק לנארוטו את הספר-"סיפורי הנינג'ה האמיצה", וזה נזכר ברצונו של ג'יראיה לשנות את העולם. בעוד מאדרה, זטסו וקיסאמה מנסים לחתום את קילרבי, הם מגלים כי סאסקה טעה, והביא מישהו אחר.

נארוטו מתחיל ללמוד כיצד לשאוב אנרגיית טבע ללא שמן הצפרדעים, ומגלה שזה קשה הרבה יותר. למרות זאת, לאחר שפוקאסאקו מדרבן אותו, הוא מתחיל להתאמן במרץ רב. לבסוף נארוטו מצליח להגיע למצב סנין, ועובר ללימודי אומנות לחימת הצפרדעים. בינתיים קבוצת טאקה מצליחה לגלות שינובי בשם ג'יי מקומוגאקורה שעקב אחריה, והורגת אותו. הראיקאגה שולח לקונוהא את צוות סאמואי עם הודעה להוקאגה.

פלישתו של פיין לקונוהא מתחילה. במחלקת המודיעין בכפר, אינואיצ'י מגלה כי מוחו של השינובי מאמגאקורה מלא במחסומי גנג'וטסו. פיין מחלק את הגופות שלו לשתי קבוצות-הסחה וחיפוש, ומגלה כי קיים מחסום המגן על קונוהא מפני פולשים. בזמן שצ'יקושודו נשלח בתור הסחה, שאר הגופות חודרות אל קונוהא. לאחר החדירה לקונוהא, פיין מחפש אחר נארוטו וגורם להרס רב. בינתיים בחדר הנתיחות, מתברר כי הפירסינגים של פיין הם למעשה מקלטי צ'אקרה. אירוקה פוגש את סאקורה, ושולח אותה לטפל בפצועים הממלאים את בית החולים. טסונאדה שמקבלת את הדיווחים על פלישת האקאטסוקי לכפר, פוקדת להכריז על מצב חירום ולקרוא לנארוטו.

דאנזו מספר להומורה וקוהרו על החלטתה של טסונאדה לקרוא לנארוטו. בעקבות זאת, השניים מתעמתים בטסונאדה, אשר מטיחה בהם את כעסה על חוסר האמונה שלהם בנארוטו. שיזונה מוסרת לטסונאדה את ממצאי הנתיחות.

קאקאשי ממשיך להילחם נגד פיין. עם בואם של צ'וג'י וצ'וזה, הדברים מתחילים להתשפר, אך פיין עדיין לא נגמר.

יחידת המודיעין מנסה לדלות מידע מזיכרונותיו של השינובי מאמגאקורה. נארוטו ופוקאסאקו מנסים להתאמן על המיזוג ביניהם, אך הקיובי דוחה את פוקאסאקו. בזמן שאיביקי והאנבו נלחמים בצ'יקושודו, אינואיצ'י ושיזונה עולים על חשדות, וממהרים למחלקת פיצוח הקוד יחד עם אינו בכדי לחשוף את סודו של פיין. איביקי מזמן את חדר העינויים, ומנסה לסחוט מצ'יקושודו מידע בעזרת כאב. אך מגלה כי היא אינה חשה בו. בינתיים צ'יקושודו מצליחה להשתחרר מהכבלים, ולפצוע את איביקי.

קבוצת קונוהאמארו נפגשת ומחליטה לפנות את תושבי קונוהא אל מקום מבטחים. בזמן שקונוהאמארו מחלץ תושבים, הוא נתקל בג'יגוקודו וצופה בו הורג צ'ונין בקלות. לרועה המזל ג'יגוקודו מגלה אותו, אך בדיוק אז אביסו מתעמת בו ומאפשר לקונוהאמארו לברוח משם. אביסו מתנגד להסגיר את נארוטו, וג'יגוקודו מתכוון להרוג אותו. אולם לפתע קונוהאמארו יוצא ממחבואו, ומתערב בקרב. ג'יגוקודו מצליח לתפוס בקונוהאמרו, אך מסתבר כי זהו כפיל צל, וכך קונוהאמארו האמיתי שמנצל זאת לטובתו, פוגע בו בראסנגאן. בינתיים נארוטו ממשיך להתאמן במרץ, ומקבל רעיון חדש מפוקאסאקו.

בזמן שהשבטים אינוזוקה ואבוראמה נלחמים בגאקידו ובקונאן, טנדו נפגש עם טסונאדה ותובע ממנה להיכנע. אינואיצ'י, אינו ושיזונה חושפים את האמת על פיין, אך אז נינגנדו מגיע אליהם. נינגנדו קורא את מחשבותיה של שיזונה, ומסיר את נשמתה. כך מתגלה מקומו של נארוטו לששת הגופות, אשר לפתע נעלמות. פיין משתמש בשינרא טנסיי כאשר הוא מצהיר כי-"העולם הזה יידע כאב" ויוצר פיצוץ ענקי. באותו הרגע, שימה מזמנת את נארוטו, פוקאסאקו, גמאיצ'י, גאמאבונטה, גאמאירו וגאמאקן שמופיעים מיד אחרי הפיצוץ.

נארוטו שהמום למראה הריסותיה של קונוהא, מגלה כי פיין הוא האשם בכך. שורדו מנסה לפגוע בטסונאדה, אך נארוטו מצליח להרוס אותו במכה אחת. הוא שולח את טסונאדה אל מקום בטוח, ביחד עם גאמאיצ'י ומבקש ממנה להרחיק משם את תושבי הכפר. הקרב בין ששת הגופות של פיין, נגד נארוטו והצפרדעים מתחיל כאשר ידם של אלה על העליונה. אולם לפתע פיין מגלה לנארוטו כי שניהם למדו אצל ג'יראיה, ואומר לו כי בכדי להשיג שלום עליו להקריב את עצמו. מנגד, נארוטו הכועס זורק על פיין ראסן-שוריקן.

נארוטו מצליח להביס את צ'יקושודו בתוך פיו של גאמאבונטה, אך יוצא ממצב סנין. פוקאסאקו מזמן כפיל צל של נארוטו ממיובוקו, אשר מחזיר את האמיתי למצב סנין. גאקידוו חוזר לחיים בעזרת ג'יגוקודו, ומגן על טנדו מפני הראסנשוריקן השלישי שנזרק עליו על ידי נארוטו. בזמן שנארוטו מצליח להביס את ג'יגוקודו, כוחותיו של טנדו חוזרים אליו והוא הודף את גאמאבונטה, גאמאהירו וגאמאקן באמצעות שינרא טנסיי.

לאחר הניסיון לשאוב מנארוטו צ'אקרה, גאקידו הופך לפסל צפרדע מכיוון ששאב ממנו יותר מדי צ'אקרת סנג'וטסו. פוקאסאקו ושימה מתכוננים להשתמש בגנג'וטסו שלהם, אך טנדו מושך אליו את פוקאסאקו ודוקר אותו למוות. בעוד נארוטו מרותק לקרקע, טנדו מספר לו על חורבן הכפר שלו, על הצדק ועל השנאה בעולם השינובים. הוא שואל את נארוטו כיצד הוא יפתור את בעיית השנאה, וחושף בפניו את תוכניתו ליצירת שלום. במחבוא, נאגאטו מדבר בפיו של טנדו ובטוח שהשלום במרחק נגיעה.

הינטאה נזכרת כיצד הזהירו אותה מפני נארוטו בילדותה, וכיצד הוא הציל אותה מפני התעללותם של ילדים אחרים, ונטע בה תקווה. נחושה בדעתה לגמול לו על כך, היא באה לעזרתו של נארוטו, ומתוודה בפניו על אהבתה. מנגד פיין אשר מצליח להביס אותה בקלות, לא מבין מדוע היא כה עקשנית בעודה חלשה. לבסוף, נחוש בדעתו להכאיב לנארוטו טנדו תוקע בהינטאה – אשר מאבדת את הכרתה – מוטות ברזל. כוחותיו של הקיובי משתחררים בפיצוץ.

מינאטו מגלה לנארוטו כי הוא אביו, וכן כי מאחורי תקיפת הקיובי בקונוהא, עמד טובי. הוא מספר שפיין מנוצל בשל השנאה שלו, ונותן בנארוטו את אמונתו בכך שימצא דרך לפתור את בעיית השנאה בעולם השינובים. לאחר שהוא מחדש את החותם בפעם האחרונה, מינאטו נעלם. נארוטו חוזר למצבו הרגיל, ומחליט להלחם בטנדו בכדי להגיע אל נאגאטו. הוא מנצל את הפוגת חמש השניות, בכדי לתקוף ופוגע בו בראסנגאן.

לאחר שהוא מביס את טנדו, נארוטו מוציא ממנו את מקלטי הצ'אקרה ומאתר בעזרתם את פיין האמיתי. קבוצת גאי מתכוונת להצטרף אל נארוטו, על אף רצונו לדבר עם פיין ביחידות. לאחר עימות עם אינואיצ'י בדרך, נארוטו מצליח להגיע לבד אל מחבואו של פיין. נאגאטו פוגע בנארוטו במוט, אך צ'אקרת הקיובי משבשת את הצ'אקרה של נאגאטו עצמו. לאחר שהוא משתלט על זעמו, נארוטו שואל את נאגאטו כיצד הפך לחבר באקאטסוקי. נאגאטו משיב כי יספר לו את סיפור הכאב.

פילר - הסיפור מתרחש בזמן האימונים לגמר בחינות הצ'ונין: נארוטו וסאקורה יוצאים לחפש את מורשתו של ההוקאגה הרביעי בשטחי הונגאמי, לאחר שנארוטו שומע את ג'יראיה אומר כי זה עשוי לעזור לו בגמר. אולם הדבר נודע גם לקבוצה 10, ושתי הקבוצות מתחרות זו בזו על השגת המורשה. הקבוצות נלכדות במכשול הראשון- גשר קורי עכביש. בעזרתו של שיקאמרו חברי הקבוצות מצליחים להיחלץ מהקורים, אך מגלים כי המלכודת תוכננה מראש.

פילר - על אף שפזיזותו של נארוטו מסבה לחבורה צרות, הם מצליחים לעבור את שני המכשולים הבאים ומגיעים אל המקדש- המכשול הרביעי. מנגד, השינובים מאמגאקורה אשר ממשיכים לעקוב אחריהם, מסקלים את המשימה על ידי הצפת המקדש בגשם של טינה. אולם אז, סאסקה מתערב בנעשה ומביס אותם. נארוטו וחבריו מגיעים אל סוף המסע בהצלחה, שם הם מגלים כי מטרתה של המשימה הייתה לחזק את הקשר בין המתמודדים של קונוהא בגמר.

נאגאטו מספר לנארוטו כיצד פגש את יאהיקו וקונאן, לאחר שהוריו נרצחו בידי שינובים מקונוהא, וכיצד נאבקו יחדיו בכדי לשרוד. אפילו בזמנים קשים יאהיקו לא מאבד את התקווה, וחולם להפוך לאלוהים. בעקבות החלום שלושת היתומים שואפים להתחזק, ולאחר שהם רואים כי הסנינים מקונוהא שרדו את הקרב נגד האנזו, הם מחליטים לעקוב אחריהם בכדי ללמוד מהם נינג'וטסו. כך המסע של השלושה ממשיך עד שהם מוצאים את הסנינים.

נאגאטו מספר כיצד ג'יראייה תמך בו עד שעזב את שלושת היתומים, כאשר הוא מבטיח להם שיביא את השלום. יאהיקו מקים ארגון אשר מטרתו להביא שלום באמצעות משא ומתן, ללא אלימות. מחשש למעמדו, האנזו לא יכול להתעלם מהקבוצה, ועושה איתה הסכם שמתגלה כתחבולה. הוא מאיים להרוג את קונאן אם נאגאטו לא יהרוג את יאהיקו. לאחר מותו של יאהיקו, נאגאטו מחליף אותו כמנהיג הקבוצה. זהו המקור השני לכאב של נאגאטו.

עם סיום סיפורו של נגאטו, נארוטו אומר לו את תשובתו, כשהוא מצהיר שהוא לא מוכן לנטוש את מורשתו של אדונו, והוא ימשיך לשאוף לשלום לא משנה איזה כאב עבר עליו. נגאטו משקף את דבריו של נארוטו בהרהור לימיו האחרונים כאחד מתלמידיו של ג'יראיה. כיצד יגיב בסופו של דבר נגאטו לתשובתו של נארוטו?

נגאטו מאמין בנארוטו ומשתמש בג'וטסו של רין, תוך שהוא מרחיב את הצ'אקרה שלו, ובכך נותן את חייו, להחיות כל אדם בכפר שמת בפיגוע, באומרו שזה המעט שהוא יכול לעשות . כאשר נגאטו מת, קאנאן עוזב את אקאטסוקי, לוקח את ממלכת האל של נגאטו וכאב (שהיא בעצם גופתו של יחיקו) עמה, נפרד מנארוטו ואומר שמאחר שנאגאטו האמין בו כדי להשיג שלום אמיתי, היא גם תעשה זאת. כשנארוטו חוזר לעלה, הוא נדהם למצוא את כל הכפר שממתין לשובו, כשהוא מגהד אותו כגיבור אמיתי. אחרי כל השנים הללו, נארוטו קיבל סוף סוף את ההכרה שתמיד רצה.