Viendo la victoria de Naruto Uzumaki, Zetsu decide informar a Tobi de la muerte de Nagato. En otra parte, el equipo de Samui sale de Konoha. Iruka Umino va a la Academia Ninja, que ha sido destruida y empieza a recordar de cuando se convirtió en maestro. Iruka acaba de convertirse en maestro de Naruto en la Academia. Un profesor colega de Iruka le aconseja que no tenga paciencia con Naruto para que no cause problemas, pero Naruto sigue causando daño, ya que se duele por las palabras de su maestro a sus compañeros de ignorarlo y de no involucrarse con él. Finalmente, Naruto descubre que Sasuke Uchiha es el único sobreviviente del Clan Uchiha.

Las miradas de rechazo hacia Naruto son frecuentes, sin entender el porque. Naruto realiza una broma en las tumbas de los ninjas caídos, siendo encontrado por su sensei Iruka; que Naruto al ver su mirada le hace recordar la mirada de todos, determinando no regresar a la academia, al día siguiente no se presenta, y la preocupación de Iruka se muestra. Kakashi le dice que es un trabajo duro. Con demasiado tiempo libre, Naruto se encuentra con el grupo de Habashi, que le propone unirse a su grupo, con una condición, la cuál propone hacerla.

El lugar donde ha ido Naruto, ha sido notificado como un lugar peligroso ya que puede haber espías. Iruka encuentra a Naruto, pero éste se logra deshacer de su maestro usando una técnica. En el trayecto es interceptado por los tres espías de la aldea de la Hierba, que desean acabarlo. Iruka llega al rescate de Naruto, llegando después Kakashi, logrando vencer a sus rivales. De vuelta a la trama actual, Madara le encomienda a Kisame la misión de ir por el Hachibi.

Tsunade se encuentra en un estado de coma por el uso excesivo de chakra para proteger a los aldeanos, y por lo tanto se celebró un consejo para elegir a un Hokage interno; Danzo es elegido por el Señor de la Tierra del Fuego. En cuanto a Naruto y Sakura, Kakashi recuerda el momento en el que el Tercer Hokage pidió que se hiciera cargo del equipo 7.

Mientras el pueblo es reconstruido, Naruto y Sakura son visitados por Tazuna y Inari, ahora carpinteros. Naruto recuerda cuando regresó al País de las Olas habiendo olvidado en la casa de Tazuna un boleto gratis para comer en Ichiraku, fue a buscarlo mientras Sasuke lo perseguia, que tiene como misión para traerlo de vuelta. Inari había encontrado el billete y fue en búsqueda de Naruto, pero es asaltado por otros niños en ellos Akane celoso de su éxito, que luego son secuestrados por la nueva organización Gato, dirigida por Zōri y que Waraji quienes quieren recuperar el control del País de las Olas. Akane y sus amigos se han vuelto como Inari en carpinteros y están aquí para ayudar a Konoha. Inari se propone a hacer un nuevo Ichiraku.

Hablando con Tazuna, Sakura recuerda una misión con el equipo 7. Responsable de traer de vuelta a un avestruz errante, se encuentran con dos hombres que se enfrentan entre sí ante una multitud de aldeanos, el más bajo se llama Tsukado quien ha perdido 34 veces al intentar vengarse por la muerte de un miembro de la familia Katazu. Naruto decide hacerse cargo de Tsukado a enseñarle a tomar su venganza. Se da cuenta de que Tsukado es un gran espadachin, pero al ver la mirada de Katazu pierde su habilidad. Una nueva batalla está en manos de un clan del pueblo, Tsukado se entera de que Katazu tiene un hermano gemelo Kageki, y que fue él quien mató al miembro de la familia por accidente durante una pelea por intentar recuperar el dinero prestado. Katazu se sacrificó para protegerlo y llevarlo en la venganza.

En Sunagakure se ve a Kankuro reparando una marioneta posiblemente es Sasori. Gaara y Temari van a su cuarto y conversan lo que le sucedió a Konoha. Gaara comienza a recordar sobre una misión que tuvieron que hacer con el equipo 7 y sus 2 nuevos discípulos. Sasuke, Sakura y Naruto se asustan de él, pero Gaara tenía una actitud distinta, los consejeros de Suna enviaron a matar a Gaara. Los discípulos de este asustados escaparon por órdenes de Gaara pero Naruto se decepciona al verlos huir, luego ellos reaccionan y van ayudar a Gaara junto con Naruto, estos 2 diciéndoles amigo venciendo a todos, pero sin matarlos porque Gaara lo prohibió. Volviendo a su misión, el equipo Gaara y el equipo 7 van adonde están los ninjas exiliados en su escondite en una larga y fácil lucha (la misión se trataba sobre problema fronterizo entre Konoha y Suna por unos chunin renegados de las 2 aldeas) al final Gaara dice que vuelva a decir a su discípulos la palabra que le dijeron y ellos felices le dicen amigo.

Naruto y Sakura están cuidando de Tsunade, en donde Sakura recuerda que Naruto una vez regresa enfermo de una misión, la cual hace ordenar su captura así peleando con Shizune, Choji, Tenten, Kiba, Shino, Sasuke y Tsunade, lo cual podría ser una enfermedad seria, al final se ve que el no estaba infectado, estallando de furia pero Tsunade hace pasar todo el evento como un simulacro de emergencia.

Tenten y Neji ven el lugar donde 3 años antes fueron a una misión junto con Naruto ya que Lee se encontraba en el hospital, la misión consistía en recolectar 1000 kunais, Tenten era la capitana. Pero había 2 ninjas que robaron 2 armas súper fuerte que derrotaron a Naruto y a Neji, pero Tenten los derrota con una arma que le dio el anciano llamado Jidanda, al final el viejo le da las herramientas ninjas a los chicos y se lleva la Jidanda para modificarla, Tenten triste por no tener esa arma, vuelven a la aldea con los chicos a entregar las herramientas ninjas, terminando de recordar Tenten ansiosa para ver la modificación de Jidanda.

Un avestruz le contaba a sus hijos la historia de su pelea contra su gran rival, Naruto. Kotetsu es enviado a una misión para atrapar a un avestruz, con Shino, Naruto y Rock Lee. El avestruz no se dejará atrapar fácilmente, rivalizando a los shinobis contra los Cuatro Guerreros Ninja Animal. Rock Lee contra 2 Canguros, Shino trata de amarrar la lengua de un oso hormiguero para que no se coma sus insectos, Kotetsu y Naruto contrel avestruz, Izumo viene a ayudarlos y ganan la pelea contra el equipo animal. Al final el avestruz es de nuevo perseguido por Naruto, porque volvió a escaparse.

Rock Lee va a ver la situación de la Quinta Hokage, encontrándose con Sakura; recordando como Gai quería hacer una medicina para Lee, con la ayuda de Sakura, Naruto e Ino van a en la búsqueda de la flor medicinal, Naruto para hacer la misión se puso el traje de Lee y Gai. Al arrancar una flor medicinal, una copia de Gaara aparece pero Naruto lo derrota, aparece una ninja florista que le da una carga para Gai. Al final, Gai y Lee competían para ver quien terminaba primero, Gai y sus flexiones o Lee comiendo píldoras del soldado de la flor medicinal.

La historia se basa en el entrenamiento de Naruto con Jiraiya, su maestro le decide enseñar como defenderse de los Genjutsu.

Naruto y Jiraiya se han decidido para liberar el pueblo de la regla de Kandachi contra la voluntad de Tanishi. Ellos pronto enfrentan a Kandachi y su invocación el rey concha. Ninguna técnica de Naruto funciona, porque el Rey Concha lo protege su cáscara. Mientras tanto Tanishi tiene tanto miedo que le pide a Kandachi que deje a su madre y los aldeanos, pero Kandachi amenaza con matarlos. Naruto y Jiraiya liberan a los aldeanos que cuelgan encima del agua y Jiraiya se marcha para tomarlos para apuntalar con la ayuda de Tanishi. Naruto lucha contra Kandachi aun cuando él siga hacerse golpeado abajo por el Rey Concha. Jiraiya pronto se une a la lucha y tanto Jiraiya como Naruto son atrapados por La Prisión de Niebla mística, pero pronto Tanishi usa la Bombas de chile para liberarlos. Al final, Naruto derrota al Rey Concha con el Odama Rasengan.

Nekobaa necesita la huella de un gato especial llamado Nekomata para terminar su colección de huellas de patas de los animales. Los tres genin se infiltran hasta pelear con los gatos del lugar, Sasuke pelea contra Nekomata cayendo en un genjutsu. Sasuke logró liberarse, pero la fuerza del Gato lo superaba. Pero el Uchiha no se rindió, teniendo éxito en la misión.

Naruto fue puesto en un equipo junto a Hayama Shirakumo, Tekuno Kanden y Kosuke Maruboshi para vigilar las fronteras de la aldea después de la invasión de Orochimaru y Sunagakure de la aldea. Este último destacó que Minato había dejado un buen hijo, y demuestra que es una de las pocas personas que sabía del linaje de Naruto. Kosuke ha sido un genin de más de cincuenta años, por esa razón los otros ninjas lo llamaron el Genin Eterno. Cuando todavía era un niño, tomó una decisión imprudente que le costó la vida de sus compañeros de equipo. Sintió mucha vergüenza de esto, y sentía que no era digno de ser promovido más allá del rango de Genin. A pesar de ello, él continuó entrenando arduamente para mejorar sus habilidades. Ha servido bajo las ordenes del Segundo Hokage, el Tercer Hokage, el Cuarto Hokage e incluso, la Quinta Hokage. En otros puntos, luchó junto a Jiraiya y Sakumo Hatake. Los ninjas de Iwa hicieron un plan de invasión pero al final fueron derrotados por el equipo de Hayama Shirakumo.

Kakashi, al ver a Hanare, recuerda la ocasión en que ella se infiltró en Konoha, hace tres años atrás.

Neji le relata al grupo de Konohamaru la misión en la cual él, Tenten y Kiba tendrían que rescatar a Hinata de los ninjas de Kumogakure, durante el ataque a Konoha que sucedió tres años atrás.

Naruto reconoce una de las fotos de personas desparecidas, lo cual recuerda a Kisuke una fantasma que estuvo al borde de la muerte ayudándole a desenmascarar al que lo selló hace tres años.

Mientras que Kiba Inuzuka y Akamaru estaba trabajando como mensajero, Sakura Haruno y Naruto Uzumaki lo estaban viendo. Sakura comentó que lo de Naruto y Sasuke era inseparable aquellos días y Naruto tuvo un flashback sobre una misión en donde el Equipo Kakashi tuvo que recuperar una estatua de oro, que fue robado por una banda de ladrones de una princesa feudal. Como Naruto y Sasuke tenían que recuperar la estatua, Sakura es tomada como rehén. Al principio, Sasuke insiste en continuar la misión, pero Naruto le dice que los que abandonan a sus amigos son peor que escoria. Cuando por fin encuentran a Sakura y a los bandidos, que era en un primer momento difícil para ellos porque sus manos estaban atadas. Sin embargo, uno a uno, a través de trabajo en equipo, los dos rápidamente derrotaron a los bandidos y a su líder, Jako. Aunque su misión fue un éxito, la estatua estaba muy dañada, pero Kakashi Hatake dijo que podría ser fundido y re-hacerlo. Cuando Naruto se quejó de su mano que fue pegada a Sasuke, Sakura dice que es natural que se descompone en dos o tres días, para la decepción de Naruto y Sasuke.

Naruto y Sakura tienen la misión de ser "las niñeras" de Naho, a los que ella rechaza porque desea que Sasuke la cuide, ya que previamente él la había salvado. Naruto tiene que cuidarla trasformado en Sasuke, ya que éste ha ido a una misión con Kakashi. Naruto y Sakura tienen que enfrentarse a algunos criminales, a los que no logran vencer hasta que el verdadero Sasuke llega para aliviar las cosas.