Rex se escapa de Providencia con Bobo. Cuando la Banda observaba a Rex todo el tiempo. Rex conoce a Noah, se hicieron amigos rápidamente. BioLobo fuerza a Rex, Bobo y Noah a entrar en un portal que los lleva a Abysus (Abismo) cuando conoce a Van Kleiss por primera vez el cual le cuenta sobre el Evento Nanite.

Rex es enviado en una misión en Manhattan, donde un hombre llamado Peter Meechum convertido en EVO tiene control sobre sus nanos y está convirtiendo a los humanos infectados en "zombies".

Rex y Bobo se escapan de Providencia para ir a Cabo Luna en México. Durante un partido de voleibol, Rex cae al suelo cayendo su cabeza frente los talones de una adolescente llamada Circe la cual estaba ahí para atraer a un EVO y derrotarlo , que en un principio no quería tener nada que ver con él.

Rex y Noah son encerrados en el Zoo de la Providencia. Pero descubre que fue Caballero Blanco quien contrató a Noah para vigilar de Rex así poniendo en duda su amistad.

Habiendo huido de Providencia, Rex se viaja por el desierto cuando se encuentra con un equipo de construcción bajo el ataque de unas ratas EVO.

Rex es llevado a una remota base de la Providencia en el Ártico con nombre en código "paraíso" para que sean extraídos sus nanites en exceso y almacenados después de que absorbe a muchos. El comandante de la base Weaver está molesto por la visita no programada, y su personal no cooperan. Rex se da cuenta de que la base ha descubierto la manera de reactivar los nanites después de extraerlos.

Los agentes de Providencia tratar de detener Van Kleiss cuando llega a la ciudad de Nueva York y tiene inmunidad diplomática sin saber que está planeando.

Rex, Seis, Holiday y Bobo se dirigen a la base de Amazonas para ir en busca de un científico llamado Gabriel Rylander, y Rex aprende algo de su pasado olvidado sin embargo Van Kleiss también va en la misma situación.

Un equipo de soldados de Providence al mando del capitán Calan, llevando una barra de datos importantes, son atacados de forma inesperada y aterrizan en el Bug Jar donde hay millones de EVO bajo la orden de un líder llamado NoFace (SinCara).

Noah convence a Rex para ser su pareja con dos chicas Annie y Claire Boman para ir al baile, pero un conejo de EVO exige la venganza contra Rex y no se detendrán ante nada para derrotarlo.

Mientras que en Hong Kong con el agente Seis, Rex descubre que era miembro de una vieja pandilla en su pasado. Ahí se da cara contra el líder del criminal Quarry (La Roca).

Rex recibe una llamada de Circe, que indica que hay un problema en Abysus. El equipo acude a Abysus y se verá obligado a resucitar a su enemigo es Van Kleiss que fue asesinado por Gabriel en la base de Amazonas para poder detener la amenaza que rodea en todo Abysus y en el castillo. Después de que Van Kleiss fue resucitado, Rex le hace curar volviendo humano temporalmente pero no significa que no ha sido derrotado definitivamente antes de huir con la ayude de Breach su última palabra es "Mi inteligencia".

Durante un trabajo de rutina en un barrio pequeño, un EVO de pulgas que Rex estaba en el medio de curado se destruye por Hunter Cain. Hunter afirma que la Providencia ha estado mintiendo a la opinión pública durante años y que los EVO no son causados por nanites de ninguna manera.

La Dra. Holiday y varios científicos de Providencia están a bordo de una estación de satélite trabajando en una forma modificada para desactivar nanites regulares. Sin embargo, esto resulta ser un problema cuando ZAG-RS toma el control.

Rex se enfrenta a un grupo de langostas mutantes que se alimentan de metal, dejando una estela de destrucción tras de sí. Sin embargo, derrotarlos no es una tarea fácil. En el proceso de encontrar una manera de acabar. Rex accidentalmente despierta las langostas mutantes que luego lo hunden en un lago en el que casi se muere, de no ser por el nanite Omega.

Rex decide asistir al entrenamiento Básico en un intento de vencer a Noah. Ahí conoce a la cadete Kenwyn Jones que la razón por la que entró al entrenamiento en Providencia es porque esta salvo a su familia, al llegar Rex hace enojar a la cadete Jones quien intenta sabotear le prueba de Rex. Luego se deciden trabajar juntos para poder superar la gran prueba.

Un poderoso virus ha puesto todo al mundo en un sueño profundo. Mientras los EVO son inmunes, Bobo Haha parece como si se ve afectado, Rex y Caballero Blanco son los únicos que puede salvar el día trabajando en equipo pero provocando una discusión al saber que Blanco es el único humano sin nanites en el mundo.

Se celebra el cumpleaños de Rex y Seis (más exactamente el aniversario de la primera vez que se unió a la Providencia) y Seis tiene flashbacks sobre cómo Rex se unió a la Providencia. En el pasado ahí Seis encuentra un robot gigante que hace destrozar el pueblo y encuentra a Rex de pequeño que fue rescatado por los escombros.

Un gran convoy de la Providencia al mando de Seis es el transporte de un caso de nanites inestables a través de un desierto. Rex, Bobo, y Noah se le asignó la tarea humillante de transporte de papel higiénico de la fuerza en un camión destartalado, mientras que en realidad están llevando los nanites.

Rex y Noah están a bordo de la Fortaleza y regresar a la sede Providencia cuando empieza a tener ataques por sorpresa contra las principales bases de la Providencia en todo el mundo. Van Kleiss está llegando a destruir la base Providencia para tener el control y le quita sus nanites a Rex. Rex obtiene una nueva habilidad (Blast Caster) pero después de acabar el ataque y de derrotar recupera sus poderes y Van Kleiss huye pero al parecer que la guerra no ha terminado todavía y tiene algunos cabos sueltos por atar.