Ein neuer Verbündeter steht McGarrett und dem Five-0-Team zur Seite, als die Mafia-Bosse der Insel von einem Attentäter aufs Korn genommen werden. Steve und Danny heften sich an die Fersen des Profikillers, doch er kann noch einmal entkommen. Für ein Mitglied des Teams, das im Dienst angeschossen wird, ist es der letzte Fall.

Ein Tunnel stürzt ein und begräbt mehrere Menschen unter sich. Tani und Junior versuchen den Eingeschlossenen zu helfen, geraten dabei aber selbst in höchste Lebensgefahr. McGarrett findet heraus, dass es sich bei dem Einsturz nicht um einen Unfall handelt, sondern um einen ausgeklügelten Ausbruchs-Plan für Gefängnisinsassen. Später erschnüffelt Hund Eddie in McGarretts Haus eine Bombe.

Ein Flugzeug, das unter geheimnisvollen Umständen in den 1980er Jahren vor der Insel in den Pazifik stürzte, wird gefunden. Allerdings wird in dem Wrack auch die Leiche eines vor kurzem ermordeten Tauchers gefunden. McGarrett und Quinn nehmen die Spur desjenigen auf, der die Bombe in McGarretts Garage platziert hat. Schließlich bittet der Teamchef Quinn Five-0 beizutreten.

Eine Teenagerin wird entführt und Five-0 ermittelt. Schon bald werden die Kidnapper tot aufgefunden, während der Schülerin wieder in Sicherheit ist. Allerdings stellt sich heraus, dass es sich bei der jungen Frau um eine Killerin und Hackerin handelt, die geheime Informationen im Dark Net veröffentlichen will. Adam und Grover setzen nun auf die Hilfe des inhaftieren Hackers Aaron Wright um ihr auf die Spur zu kommen. Unterdessen fahndet Danny nach einem Date für Steve, während dieser mit Hund Eddie beim Tierarzt sitzt.

Pünktlich zu Halloween müssen Steve und Danny den Mord an einer Frau aufklären. Zeitgleich stattet Dr. Max Bergman seinen Ex-Kollegen einen Besuch ab und hat eine Überraschung im Gepäck: seinen Sohn, den er in Afrika adoptiert hat. Dummerweise kommt der Kleine später Flippa abhanden, als sie gemeinsam Süßigkeiten sammeln gehen.

Ein tödlicher Unfall mit Fahrerflucht führt das Five-0-Team zu einem fahrerlosen Auto, das Heroin transportiert. Tani und Quinn quälen sich mit zwei YouTubern herum, die mit ihnen gemeinsam auf Streife gehen.

Die CIA beschuldigt McGarretts Mutter Doris für den Tod eines Agenten in Mexiko verantwortlich zu sein. So erhält Steve den Auftrag sie ausfindig zu machen. Junior steht ihm dabei zur Seite. Gemeinsam dringen sie in das Lagerhaus eines Drogendealers ein und stoßen dort tatsächlich auf Doris. Doch bevor Steve ihr Fragen stellen kann, werden beide von Unbekannten attackiert.

Five-0 tut sich mit den Drogenermittlern der DEA zusammen und nehmen die Spur eines Mannes auf, der einen Helikopter mit Heroin im Wert von zehn Millionen Dollar abgeschossen hat. Doch bei McGarrett wächst schon bald ein Verdacht gegen ein Mitglied des DEA-Teams. Unterdessen besucht Grovers Nichte Hawaii in der Hoffnung auf ein Basketball-Stipendium. Doch schon bald macht Grover eine bedrückende Entdeckung.

Es ist Thanksgiving auf Hawaii und das Five-0-Team hat es mit einem ungewöhnlichen Fall zu tun. Einem bekannten Philanthropen wurde ein seltener, äußerst wertvoller Baum gestohlen. Zeitgleich hat es Junior mit einem äußerst persönlichen Fall zu tun. Seine Eltern wurden überfallen und so macht er sich gemeinsam mit Tani an die Ermittlungsarbeit. Danny zieht überraschend bei McGarrett ein.

Adams Freundin Tamiko wird vor seinen Augen entführt, woraufhin er sich von dem Five-0-Team löst, auf eigene Faust agiert und zahlreiche Regeln bricht, um Tamiko zu befreien. Das Team ermittelt außerdem in drei Mordfällen, die irgendwie miteinander verbunden sind.

Five-0 untersucht den Absturz eines Hubschraubers, der von einer Rakete abgeschossen wurde. Nach einigen Ermittlungen findet das Team heraus, dass der in kriminelle Machenschaften verwickelte Pilot das Ziel des Anschlages war. Im Verlauf weiterer Nachforschungen kommen die Ermittler auf die Spur von Daiyu Mei, der Witwe von Wo Fat, und mir ihr im Zusammenhang stehenden Waffengeschäften auf dem Schwarzmarkt. Währenddessen zieht sich Adam nach Hajime Masudas Tod von Five-0 zurück, um tiefer in die Yakuza einzutauchen und einem Verdacht gegen Masudas ehemaligem Gefolgsmann Kenji Higashi nachzugehen.

Als Five-0 einen Gefolgsmann von Daiyu Mei bis zu einem Treffen mit einer unbekannte Kontaktperson in einer Hotel beschattet, nehmen beide Zielpersonen eine Geisel. Die Ermittler können die Geiselnahme beenden und die Kontaktperson erschießen, Meis Anhänger allerdings nicht mehr schnappen. Wenig später schließt sich das Five-0-Team mit den Privatdetektive Thomas Magnum und Juliet Higgins zusammen, die die Kontaktperson observiert hatten. So finden Steve und Magnum im Haus des Verstorbenen Dokumente, die auf eine Tätigkeit als chinesischer Spion hindeuten. Wie sich im weiteren Verlauf der Ermittlungen rausstellt, scheint eine Liste von Doppelagenten der CIA das Objekt der Begierde von Mei zu sein.

Grover genießt das Golfspiel in einem luxuriösen County Club – allerdings nur, bis er dort in einen bizarren Mordfall verwickelt wird. Der Club legt größten Wert darauf, dass die Sache diskret behandelt wird und versucht Grover zur Vertraulichkeit zu bewegen. Zeitgleich steht Steve Danny zur Seite, als der herausfindet, dass Charlie in der Schule fertiggemacht wurde. Für Adam stellt sich die Frage der Loyalität zu Five-0 und zur Yakuza.

Für Danny beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit, als er eine Frau kennenlernt, mit der er in einen dramatischen Autounfall verwickelt wird. Ihr Wagen droht von einer Klippe zu stürzen und Danny versucht sie zu retten. Zeitgleich gibt das Verhalten von Hund Eddie dem erfahrenen Marine McGarret Rätsel auf.

Auf Verlangen der Yakuza kehrt Adam Undercover zu Five-0 zurück. Zeitgleich wird Grovers Nichte, die an der Polizeiakademie trainiert, von der Yakuza entführt, was Grover in einen furchtbaren Gewissenskonflikt bringt. Nach seinem Autounfall ist Danny dabei wieder ins Leben zurückzufinden.

Am Valentinstag wird das HPD zu einem Tatort gerufen, an dem eine Ehefrau angibt, ihren Mann ermordet zu haben. Nach einer Vernehmung ist Danny der Ansicht, dass die Frau den wahren Täter deckt. Das Team findet heraus, dass die vermeintliche Mörderin von ihrem Ehemann misshandelt wurde und eine heimliche Affäre hatte. Da sie vermutete, dass ihr Liebhaber der Täter war, nahm sie den Mord auf sich. Doch auch der Liebhaber erweist sich als unschuldig. Der Fall nimmt eine weitere Wendung, als die Ermittlungen ergeben, dass der Mord in Wirklichkeit etwas mit der Diplomatentätigkeit des thailändischen Opfers in Indien zu tun hat. Währenddessen werden Tani und Noelani als Geiseln bei einem Raubüberfall in einem Supermarkt genommen.

Der Mord an einem Mitglied der Küstenwache führt zu einer beunruhigenden Theorie: Geben sich Piraten als Küstenwache aus um Schiffe kapern zu können? Adam hat endlich einen schlagkräftigen Beweis in der Hand um die Yakuza in die Knie zwingen zu können. Noelani hofft auf die Hilfe von Quinn, als sie vermutet, dass hinter dem vermeintlichen Herzinfarkt ihres Onkels ein Mordanschlag stecken könnte.

Ein Rancher wird ermordet aufgefunden. Kurz zuvor hatte er auf einem Grundstück noch menschliche Skelette entdeckt und zwar genau an jener Stelle, wo laut Legende ein Goldschatz aus Zeiten des Bürgerkriegs vergraben liegen soll. Quinns frühere Stieftochter Olivia bittet sie um Hilfe, nachdem ihr Vater nicht nach Hause gekommen ist.

Tani und Junior versuchen mit ihrer neuen Beziehung klar zu kommen. Tani hilft Gerard, als dessen Onkel unter Mordverdacht gerät. Five-0 untersucht den Raubmord an zwei Touristen. Kurz darauf erhält McGarrett einen Anruf, der ihn darüber informiert, dass seine Mutter ihm vier Monate nach ihrem Tod ein Päckchen per Kurier zustellen lässt.

Nach dem Tod seiner Mutter bekommt Steve Besuch von Doris, die ihm einen Brief seiner Mutter übergibt, der eine kodierte Nachricht enthält. Danny wird von jemandem angegriffen, der hinter dieser Nachricht her ist. Außerdem muss das Team Lincoln Cole helfen, einem früheren Marine, der unter einer falschen Identität lebt. Durch eine selbstlose gute Tat ist er ins Visier von Verbrechern geraten.

Danny wird von Wo Fats Frau Daiyu Mei entführt und schwer verwundet. Sie ist hinter der codierten Nachricht her, die Steves Mutter ihm hinterlassen hat und ist bereit, Danny gegen die Nachricht einzutauschen. McGarrett wendet sich an einen Freund, der ihm helfen soll, die Nachricht zu entschlüsseln. Außerdem kann Steve den Fall lösen, den sein Vater vor zehn Jahren für zurückgelassen hat.