ナイトメアとの戦いも終わり、パルミエ王国を復活させるために元の世界へと帰ったココとナッツとミルク。プリキュアの力も手放し、普通の女の子としての日々を送っていたのぞみは、届くあてのないココへの手紙を書いていた。そんな彼女の前に、自分なら手紙を届けられるという、不思議な男の子が現れる。

新しい姿になって復活したプリキュア5。ローズパクトを狙って攻撃を仕掛けたスコルプだったが、プリキュア5の強さに驚き、捨て台詞を残し去って行った。戦いが終わって、ココとナッツとの再会に喜ぶプリキュア5。でもなぜか、ココはのぞみから手紙をもらっても浮かない顔のままで…。

またこちらの世界で暮らすことになったココとナッツだったが、留守にしているパルミエ王国が心配でたまらない。そこで留守番をしているミルクに手紙を書こうと考えるが、そこにシロップがやってくる。さっそく配達を頼もうとしたココに、シロップが手渡したのは山のような手紙。それはすべてミルクからのものだった。

シロップの見ている前で、一生懸命に演技の練習をするうらら。実は今日、映画のオーディションが行われ、最終選考に残ったうららは合格しようと頑張っていたのだ。そんな時、ココたちがパルミンの気配を感じる。みんなはパルミンを探しだすため、ナッツハウスを飛び出してゆくが…。

ついにドーナツ国王を発見し、目覚めさせようと工夫するのぞみたち。かれんのもとには、生徒会で作った目安箱が持ち込まれる。色々な意見を聞いて学校生活を改善してゆこうと、かれんが作ったものだ。さっそく意見を書いた手紙に目を通したかれんは、中庭に新しく花壇を作るなど、要望を次々に実現してゆく。

ナッツハウス新装開店の日。突然ローズパクトが光りだして、中からドーナツ国王が現われる。一同は喜ぶが、ドーナツ国王はなぜか不機嫌。エターナルに襲われたのが、ココとナッツのせいだと思っていたのだ。しかも傷付いた身体ではローズパクトから出られないと知り、せっかくのリンゴも食べないほど怒ってしまう。

ミルクから届いた速達の手紙に、パルミエ王国に一大事が起こったと書かれていた。ココとナッツ、のぞみたちは、慌ててシロップに乗ってパルミエ王国に向かう。ところが、到着したパルミエ王国は平和そのもの。実はミルクの手紙の内容は、ココとナッツに会いたい一心で書いた嘘だったのだ。

ある日、怖い夢を見て目を覚ましたシロップに、プリキュアあての手紙が届きく。封筒の中に入っていたのはホットケーキのかけらと植物のツル、そして模様のついた紙切れだった。お花屋の娘であるりんによって、植物のツルは時計草のツルだとわかるが、その他のことは謎に包まれていて…。

かれんが人気店のイチゴケーキを買ってきた。のぞみたちは早速食べようとするが、せっかくの美味しいケーキ、お茶を入れたり、音楽を流したりと、食べる前に色々と準備を始める。そうして、いざ食べようとフタを開けると、箱の中身は空っぽ。いったいケーキはどこに消えたのか？ 名探偵になりきったこまちが推理を始める。

プリキュア5のピンチを助けてくれた謎の少女戦士。一同は彼女の正体についてアレコレと考えるのだが、結論は出ない。名前さえ名乗らなかった彼女の正体を、ドーナツ国王は青いバラの力を持つ戦士ではないかと考えるが、シロップはエターナルの新戦力でないかと疑う。のぞみひとりが、全く別のことを考えていて…。

のぞみはミルキィローズの残した青いバラの花びらをしおりにして、もう一度会える日を楽しみに待っていた。彼女とりんのクラスにやってきた転入生のくるみは、まぎれもなくあのミルキィローズ。再会を喜ぶのぞみは、さっそくかれんたちにくるみを紹介しようとするが、くるみはなぜか、一同のことを既に詳しく知っていた。

ひとりぼっちで暗闇にいる夢を見たシロップ。彼のもとに、のぞみとココがケーキを持ってやってきた。だが、楽しい気分になれないシロップは、2人を冷たくあしらってしまう。その時、突然現われた黒い穴が一同を飲み込んでしまう。エターナルの新たなる刺客・シビレッタの不思議な魔法の仕業だ！

ある日、町に出たくるみは、不思議なアクセサリーを着けたナッツが歩いているのを見かける。くるみは心配でたまらない。ただでさえパルミン探しや店の仕事で忙しいのに、これ以上別なことを始めれば、体調を崩しかねないと考えたからだ。ところがナッツは、またしても出かけると言い出し…。

ナッツハウスの掃除をするのぞみとうららが、モップがけ競争を始める。のぞみは大丈夫と言うものの、不注意から足をぶつけ、棚にあったものを落としそうになってしまう。間一髪で、りんが床に落ちる前にキャッチ。ほっとする一同だが、りんは「もう絶対にのぞみの面倒なんてみないから」と怒り出す。

お昼にカフェテラスに集まったのぞみたちのもとに、りんが疲れきった表情でやってくる。ローズパクトの中のババロア女王がおしゃべりが止めてくれなくて、お世話をするのに大変な思いをしたからだ。そのりんも、放課後は部活の練習があるので、女王のお世話はできない。代わりのぞみが受け持つことになるが…。

のぞみは町で、ビラを配る男の人と知り合う。「たむらけんじ」という名の彼は、相方の獅子舞を探しているらしい。のぞみはみんなで協力して獅子舞を探そうと、たむらけんじをナッツハウスに連れてゆく。そのナッツハウスでは、うららのお祝いのためにホットケーキパーティを開催中。そこに突然手紙が届き…。

ある日シロップは、独りで泣いているうららを見かける。翌日のうららは、そんなことなんてなかったように明るい笑顔。実は彼女、オーディションに落ちてしまったのが悔しくて涙を流していたのだ。のぞみたちに、うららをなぐさめるように頼むシロップ。だが、のぞみたちは、うららのところへ行こうとはしない。

演奏旅行に出ていたかれんの両親が、久しぶりに海外から帰ってくることになった。それなのに、かれんはなぜか浮かない顔。もらった手紙の返事を上手く書けなくて、思い悩んでいたのだ。ミルクからアドバイスをもらって吹っ切れた彼女は、みんなのところへ行こうとドアを開けた瞬間、不思議な世界へ迷い込んでしまう。

こまちの新作小説を読むナッツ。のぞみたちが感想を聞いていると、こまちの姉・秋元まどかがやってくる。いつでも元気いっぱいの彼女には、真剣に彫刻の制作に取り組む、芸術を愛する女性としての一面があった。小説家を目指す自分と同じように、姉も夢を追いかけてほしい、そう願うこまちだが…。

お父さんとお母さんが急に出かけてしまったために、お弁当におかずのないのぞみ。みんなから少しずつおかずをもらおうとするのを見かねて、ひとりでもお弁当が作れるよう、りんはのぞみに料理を教えようと決める。一同はのぞみの家に集まると、りんチームとくるみチームに分かれて、楽しいお弁当作りを始める。

のぞみがココの代わりに、りんの弟と妹・ゆうとあいの勉強を見てあげることになった。はじめは不安に思っていたりんだが、身近なものを使ってわかりやすく教えるのぞみに、すっかり感心してしまう。すっかりのぞみを信用したゆうとあいは、今まで誰も答えてくれなかった質問を彼女にぶつける。

ローズパクトから現れたパルミエ王国の王冠は、いびつに歪んでいた。のぞみたちが元に戻そうと張り切る一方、ココはなぜか元気がない。シロップとある約束を交わしながら、果たせずにいたことを気にかけていたのだ。その頃、時計塔のシロップの前にはアナコンディが現れ、言葉巧みにローズパクトを渡すよう要求する。

プリキュア5たちは、シロップを迎えにエターナルにやってきた。すると失敗続きで後のないネバタコスが現れ、巨大な怪物の姿に変身する。シロップの救出をココに任せ、プリキュア5はネバタコスに、ミルキィローズはアナコンディに戦いを挑む。ココは一同の無事を祈りつつ、エターナルの本拠地に突入するが…。

ナッツハウスで夏休みの計画を立てているのぞみたちの前に、ヨレヨレになったシロップが現れる。サンクルミエール学園が夏休みに入り、カフェテラスでの仕事がなくなってしまったため、ご飯が食べれなかったというのだ。今だったらどんな仕事も引き受けるというシロップに、ナッツはナッツハウスの模様替えを頼む。

うららがパレードのレポーターを務めることになった。付き添いと見学を兼ねて、大都会にやってきたのぞみたち。お祭りが始まるまでの時間、自由行動を取ることになった一同は、図書館やレストランなど、それぞれが行きたい場所へ。ところが、ブンビーが大型ビジョンを通してプリキュア5に呼びかけてくる。

こまちが町内会長さんに頼まれて、肝試しの演出をすることになった。お化け役を頼まれたのはのぞみたちだ。人一倍怖がりのりんは、あまり乗り気ではない様子。集合場所の鳥居に向かっていたはずなのに、いつの間にか見覚えのない場所に迷い込んでしまう。道を尋ねようと、そこにいた人に声をかけると…。

あまりの暑さで、元気のない一同。かれんが涼しい高原に別荘を持っているので、みんなでそこへ遊びに行くことになった。さっそく計画を立てていると、パルミンが現れ、ショットされてクレープ王女に姿を変える。喜ぶ一同だが、ココとナッツはなぜか大慌て。クレープ王女はココのことを「ココリン」と呼び…。

かれんの別荘にはテニスコートまで完備されていて、一同は豪華さにビックリ。さっそくテニスをしてみようと、のぞみが提案。経験者のりんとかれんがつい熱くなっていると、そこに見たことのない青年が姿を現す。百井京介と名乗る青年は、りんとかれんにテニスで挑戦。だが、彼にはどこか不審なところがあり…。

『竹取物語』について教わっていた授業中、のぞみとくるみはついおしゃべりをして、ココに叱られてしまう。落ち込んだくるみは、原因を作ったのぞみに対して、一方的に絶交を宣言！ だが、ココに諭されて後悔した彼女は、のぞみに謝って仲直りしようとする。その頃、のぞみたちはお月見の準備をしていたのだが…。

ナッツがパソコンをもとにして作った通信機のおかげで、パルミエ王国と自由に連絡が取れるようになった。ココやミルクはもちろん、パルミエ王国の国民たちも大喜び。だが、当のナッツだけがあまり嬉しそうではない。心配するくるみに怒ったような態度を取り、ナッツはナッツハウスから出て行ってしまう。

のぞみたちの前に、百井京介が再び姿を現す。聞けば百井は、ショーをするために来たマジシャンだという。マジックを見せてくれるようのぞみたちに頼まれると、百井は練習のつもりでいいならと、ローズパクトにそっくりな小箱を取り出す。のぞみが好奇心からその箱に触れたせいで、一同はとんでもない事態に陥ってしまう。

うららのクラスメイト・よしみの元気がない。お父さんの経営しているカレーショップに、あまりお客さんが来なくなったことを悩んでいるのだ。うららはよしみと2人だけで頑張ろうと、のぞみたちの協力の申し出を断って、路上でちらし配りを始める。そこに、どうしてもうららを助けたいシロップがやってくる。

小々田先生のカバンの中から、突然、クレープ王女が現れる。慌てたのぞみたちは、生徒会室に王女を隠す。クレープ王国に帰ることになった王女は、先生として活躍するココの姿を目に焼きつけておこうと、学校にやってきたのだ。大人気のココを見てご満悦の王女だったが、急に寂しくなってきて…。

学校の先生を目指し、ひとり勉強に励むのぞみ。仲間たちもそれぞれに夢に向かって頑張っているので、最近ではナッツハウスに全員集合する機会が少なくなっている。のぞみはそのことを、とても寂しく思っていた。それでも気持ちを切り替えて勉強を再開しようとした時、不思議な声が聞こえてくる。声の主はブンビーだった。

のぞみたちは『ファイブdeチャンス』という、テレビのクイズ番組に出場することになった。仲間の5人で、様々な難問に挑戦するというものだ。かれんだけは、出場に乗り気ではない様子。うちに帰ろうとする彼女だが、クルミが緊張のあまりミルクの姿に戻って、変身できなくなったという電話がかかってくる。

のぞみたちをニセのスタジオにおびき寄せたムカーディアは、インチキなゲームをやらせて、次々と捕らえてしまう。残っているのは、うららとかれんの2人だけ。みんなの名前を刻んだトロフィーを持ち帰りたいと、あくまで頑張るうらら。その言葉を聞いたかれんは、ゲームに勝ちたいとはじめて闘志を燃やし始める。

青いバラには“奇跡”という花言葉がある。一同がそんな話をしていると、シロップに異変が起こる。突然、キュアローズガーデンのイメージが、頭の中によみがえってきたのだ。キュアローズガーデンの赤いバラの中には、1本だけ青いバラがあった。ココが青いバラとミルキィローズの関係を探ろうとするが…。

こまちとかれんが、弱っているパルミンを見つけた。さっそくショットすると、パルミンはモンブラン国王に変わる。あまりにも長いあいだパルミンの姿になっていたため、国王はひどく体調を悪くしている。しかも高齢のため、しばらくは看病が必要だ。医者を目指しているかれんが、知識の限りを尽くして国王の面倒をみる。

ミュージカルのオーディションに挑むうらら。今回だけは絶対に合格しなきゃならないと、いつも以上の意気込みだ。実はうららの目指す役は、お母さんが最後に演じた役だった。ところが最終審査で歌を歌おうとすると、なぜか声が出てこない。シビレッタが歌声を奪い、貝殻の中に封じ込てしまったのだ！

街を歩いていたりんは、アクセサリーをたくさん着けた男の人と出会う。不思議に思っていると、イケメンの青年・百井がりんの前に現れる。百井はりんをデートに誘う。喜んでOKするりん。しかし百井には、りんからプリキュアの弱点を聞き出すという本当の目的があった。彼の正体には、いまだ誰も気づいていないのだ…。

こまちが図書館で不安そうにしている。将来、もし自分が本を書いたとしても、たくさんある本の中に埋もれて、誰にも見つけてもらえないのではと不安になったのだ。必ず自分が見つけるからと、こまちを勇気づけるのぞみ。その時、またしても辺りに異変が生じ、一同は不思議な世界に引きずりこまれてしまう。

ナッツハウスに集まって、テスト勉強に励む一同。のぞみだけは、みんなに甘えたくないからと独りで図書室にこもっている。だが、勉強は思うようにはかどらない。誰もいない教室で、将来を夢見て先生の真似をしていると、ココがやってくる。のぞみを励ましたおタカさんの言葉の意味を、ココはわかっているようだが…。

今日は楽しいクリスマスイブ。ナッツハウスはクリスマスセールの準備で大忙しだ。一同がサンタクロースの格好をして働いていると、メルポがプレゼントのつまった大きな袋をいくつも届けてくる。送り先を記したメモには、今日中に届けてほしいとも書かれている。のぞみたちが、手分けしてプレゼントを配っていると…。

キュアローズガーデンへ行って失われた記憶を取り戻したら、今までのように、みんなと一緒にいられなくなるかもしれない…シロップが不安に思っていると、ローズパクトが光を放ち始める。モンブラン国王が、ようやく元気を取り戻したのだ。国王は、今こそキュアローズガーデンへの扉を開ける時だと宣言する。

キュアローズガーデンへの扉を開けたのぞみたちの前に、アナコンディが立ちはだかる。アナコンディの目的は、自らがキュアローズガーデンに行ってフローラを倒すこと。プリキュアに変身し、戦いを挑むのぞみたち。そのころエターナルでは、出世を目論むムカーディアが、館長に報告を行っていた。

扉をくぐり、フローラのもとへ急ぐココとナッツ。アナコンディの力でプリキュア5を石に変え、行く手をはばむ者がいなくなった館長もまた、キュアローズガーデンへと向かっていた。館長はキュアローズガーデンだけでなく、フローラさえも自分のコレクションにすると宣言し、恐るべき力を見せつける。

プリキュア5とミルキィローズを倒した館長は、キュアローズガーデンを征服。ついに世界をその手に治めてしまった。それでもプリキュア5は、誰ひとりとして諦めようとはしない。ココとナッツも希望を捨てずに、何度倒れても立ち上がろうとする。すると、メルポからたくさんの手紙が飛び出してきて…。