在童实野高中一年级的武藤游戏在准备拼千年拼图时被城之内和本田戏弄，城之内偷偷地把一块拼图取走并投到河里。风纪委员牛尾得知游戏被欺负，于是牛尾把城之内和本田猛揍一顿，并向游戏索取保护费。那天晚上，游戏通过城之内捡回的最后一块拼图完成了千年积木，暗游戏就此诞生！

最近杏子的行为变得奇怪，城之内以为她参加了援助交际；之后连美穗和本田的行为也变得古怪。游戏和城之内跟踪他们三人，得知原来他们在“汉堡世界”打工。这时刑警进来告诉他们某名逃犯潜伏在店内。后来杏子因此成为了人质。

童实野高中，名为“决斗怪兽（Duel Monster）”的卡牌游戏变成流行，游戏他们也玩起这个游戏。期间，海马公司的继承人海马濑人转到游戏的班上。通过和游戏等人的接触，海马得知游戏的爷爷拥有超级罕贵卡“青眼白龙”。海马把“青眼白龙”骗到手，暗游戏出现向海马发起了游戏挑战！（PS：这里的“决斗怪兽（Duel Monster）”卡牌相当于漫画里的“魔法与巫师卡（M&W卡）”，并非OCG中的游戏王卡片）

本田一大早排队帮美穗买D-shock手表，刚好把最后一直买到手。手表收藏家赤星，趁本田不注意时把手表偷到手，搞得美穗非常不高兴。游戏注意到赤星的行为，变成暗游戏向赤星发起黑暗游戏的挑战！

游戏等人一起去参观美术馆举办的埃及发掘展。应馆长金仓的要求，游戏把自己的千年积木放在美术馆展览一天，但金仓想把卡年积木据为己有。这时，来自“守墓一族”的夏迪到来，用卡年天秤制裁了金仓。然后，夏迪遇到了千年积木的持有者游戏。夏迪用千年钥匙窥视游戏的心中的房间时，发现游戏存在两个心房。

继金仓之后连吉森教授也受到了夏迪的制裁，然后夏迪向游戏发起黑暗游戏的挑战。夏迪使用卡年钥匙控制住杏子，使其命悬一线；又控制住了本田，向城之内、美穗发起攻击。为了拯救朋友，暗游戏接受了夏迪的挑战！

电子宠物的游戏变得十分流行，“电子宠物竞赛”的奖品是澳洲旅行，游戏等人都十分热地饲养着自己的电子宠物。为了帮美穗取得优胜，本田更是三天三夜的照料了宠物。校内不良少年鲸田因为自己的宠物败给了本田十分生气，于是绑架了美穗。本田和游戏，发现控制着鲸田的另有其人。

海马濑人对于自己上次游戏中没能战胜游戏非常生气，于是找来了海马公司的游戏四大天王之一的雷利谢尔顿伯爵向游戏发起卡牌游戏的挑战！

城之内再次变成了不良少年并和蛭谷等人在一起到处欺霸。游戏和本田不相信城之内和他们的友情就此结束，认为城之内有他的原因，于是尾随城之内他们。

班上的真由美喜欢上了城之内，于是听从游戏等人的建议，把写有情书的拼图偷偷地塞到城之内的抽屉里。然而却因此因此引发了杏子被勒令退学的危机。

大学生童部喜欢上美穗，把大批胶囊怪兽作为礼物寄送给了美穗。美穗看到他本人后拒绝了他。童部以为是美穗的朋友在妨碍他，于是给杏子、城之内和本田下泻药。美穗知道后非常生气，要游戏带她去童部的秘密基地。童部要美穗和她玩一局胶囊怪兽，然而美穗只是初学者且选出的怪兽全是被童部选定的低级怪兽，美穗和游戏意图离开这里，童部拉下铁门，猛烈撞击使得美穗失去意识，暗游戏现身代替美穗，游戏并战胜了童部。

海马公司四天王之一的拥有最强运气的不破龙一转到游戏的班上，故意套进游戏等人。捉弄游戏等人后，龙一向游戏发起游戏的挑战，代替游戏接受挑战的是城之内。

自称拥有与预知未来能力的神棍“孤蔵野”在童实野高中大受欢迎，连城之内和本田也成了他的信徒。唯独游戏、美穗和杏子对其毫不理会。于是，孤蔵打起了杏子的注意。

游戏突然收到了一个名叫影山丽莎的女孩子写的情书，城之内和本田茫然若失。游戏虽然想拒绝她却因为她的温柔而开不了头。丽莎在照料着感冒的游戏，引起了杏子的妒忌。然而丽莎的真正目的的取走游戏的某张稀有卡片。最后救出游戏于困境的竟然是海马濑人。

城之内带着游戏去探望自己住院中的妹妹静香，期间喜欢上了一位名叫“樱井美雪”的护士。在朋友和妹妹的鼓励下，城之内决定去表白。此时，无良医生豪游却把美雪辞掉。

海马公司四天王之一，同时也是著名模特爱琳·拉奥来到了日本。她归来的目的自然是应海马之请向游戏复仇。爱琳使用家传的雷神牌向游戏发起的挑战。

被人欺负的少年井守得到了游戏的帮助，为了感谢游戏，把游戏带到他的秘密基地。在回家的路上，龙壶的封印被解放，禁断的游戏使得世界地动山摇。

美化委员本田和学生会会长争论着谁是学校人气第一，于是开始举办一场最受欢迎选比赛。姬小路薰子、杏子、城之内、美穗都参加了比赛。薰子为了保住校花名号而在比赛中不择手段，刷下了杏子后又袭击了美穗。

海马公司四天王最后一位，同时也是海马濑人的启蒙老师在海马的授意开始行动了。“少爷的敌人也就是我的敌人”，这位老人开始了游戏的卡牌比赛。老人期望着海马能变回以前那位充满人情的少爷。

又有转校生来到了游戏的班上了，他的名字叫做貘良了。在游戏中心为貘良举办的欢迎会上，游戏受到了来自海马濑人的邀请，并绑架了游戏的爷爷以威胁游戏。游戏在迷茫之际，遇到了李小龙装扮的不良少年，幸好有城之内在他击退。次日，城之内、杏子、本田、美穗决定跟游戏一起去海马乐园接受海马的游戏挑战。

为了救出游戏的爷爷双六，游戏和他的朋友们来到了海马乐园，并被迫参加了“死亡主题游戏”。第一关，他们要在枪战中打倒3名佣兵。

在第三关中，本田“牺牲”了。在第四关等待他们是擅长玩胶囊怪兽的海马圭平——海马濑人的弟弟。

终于迎来的第五关，和海马濑人的卡牌游戏比赛。使用爷爷的卡组击退海马的3头青眼白龙吧！另一方面，城之内和美穗在拯救本田和双六的时候，遇到了四天王中的不破龙一和爱琳阻拦，也开始了真人格斗游戏···

转校生貘良了被体育老师刈田欺负，大家对此抗议。放学后，游戏等人决定去貘良的公寓探望他。这时，欢迎他们到来的是另一人格的貘良——暗貘良。暗貘良邀请众人玩“怪兽世界”的桌面角色扮演游戏。然而在游戏过程中，暗貘良逐个地把他们的心灵转移到游戏中的人偶上。

游戏、城之内、杏子、本田、美穗五人全部被貘良变成了人偶，在另一个游戏的指挥下继续“怪兽世界”的游戏。五人开始和暗之支配者-佐克的拉锯战。

五人的全力攻击对佐克几乎无用，“怪兽世界”是暗貘良所创造的世界，一切都如他所想一样。这时，佐克的左手伤口处冒出白烟——神秘的白魔导师出现在游戏他们面前。终于迎来了感动的最终回！最后是终结的时候！！