Auf ihrer weiten Reise landet die Strohhutbande an einem Bahnhof im Meer, wo sie die Stationsvorsteherin Oma Cocolo kennen lernen. Sie gibt ihnen eine Karte und ein Empfehlungsschreiben für Water Seven mit, der Stadt des Wassers. Ruffy und seine Bande gelangen nun in die Metropole des Schiffsbaus auf der Grand Line. Dort wollen sie die Flying Lamb reparieren lassen und einen Schiffszimmermann suchen. Sie machen sich auf den Weg, ihr Gold gegen Bargeld einzutauschen und werden dabei mit einigen äußerst interessanten Gegebenheiten konfrontiert …

Ruffy, Nami und Lysop gelingt es, ihren Goldschatz in 300 Millionen Berry umzutauschen. Auf der Suche nach Herrn Eisberg, dem Bürgermeister von Water Seven, lernen sie den fliegenden Zimmermann Ecki kennen, der sie mit dem Oberhaupt der Stadt in Kontakt bringt. Nun steht der Reparatur der Flying Lamb eigentlich nichts mehr im Wege. Leider hat auch die Familie Frankie, eine Bande von Kopfgeldjägern, von dem Geld der Strohhuttruppe Wind bekommen …

Ruffy und seine Crew kommen zu einer Insel, auf der ein Feuerwerk stattfinden soll. Als Lysop sich beim Feuerwerksmeister ein wenig Schwarzpulver besorgen will, lernt er dessen Enkelin Odama kennen. Sie hat vor kurzem ihre Eltern verloren, die großartige Feuerwerksmeister waren. Ruffy und seinen Freunden zu Ehren möchte sie einen riesigen Feuerball abschießen. Lysop rät ihr, sich erst einmal an kleinere Feuerwerksaufgaben heranzuwagen. Um ihr eine Freude zu machen, zündet er selbst den riesigen Feuerball. Alle sind begeistert.

Der schlimme Zustand der Flying Lamb ist ein Schock für die Piraten-Mannschaft. Das geliebte Schiff soll auf den Schrott? Ruffy weigert sich, sich mit diesem Gedanken auch nur anzufreunden. Er will um jeden Preis, dass die Flying Lamb gerettet und wieder fahrtauglich gemacht wird. Doch sogar der Kiel ist gebrochen. Plötzlich fehlt auch noch jede Menge von ihrem Geld!

Lysop macht sich trotz starker Verletzungen auf, das geklaute Geld von der Familie Frankie zurück zu holen. Doch alleine hat er keine Chance gegen die Kopfgeldjäger. Zum Glück bekommt er Unterstützung von den anderen Mitgliedern der Strohhutbande, und gemeinsam können sie die Familie Frankie besiegen. Die größte Sorge von Ruffy und seinen Freunden gilt jedoch ihrem geliebten Schiff, der Flying Lamb, das man nicht mehr reparieren kann.

Lysop erfährt, dass Ruffy entschlossen ist, die schwer beschädigte Flying Lamb aufzugeben. Zwischen den beiden entwickelt sich ein unerbittlicher Streit, denn Lysop ist nicht gewillt, das Schiff dem Ungergang preiszugeben. Schließlich fordert Lysop Ruffy zu einem Duell auf: Der Gewinner soll der endgültige Besitzer der Flying Lamb werden und über das Schicksal des Schiffes entscheiden.

Lysop und Ruffy kämpfen um die Zukunft der Flying Lamb. Die Tricks, die Lysop im Duell anwendet, überraschen die anderen Crewmitglieder und besonders Ruffy, der an Attacken seines Freundes ziemlich hilflos gegenübersteht. Zuerst scheint Lysop zu gewinnen. Doch Ruffy verteidigt sich weiter. Nach einer von Lysop geworfenen Gasbombe bleiben zunächst beide Helden am Boden liegen. Doch Ruffy schleppt sich dann zum Schiff, während Lysop bewusstlos lieben bleibt …

Die Piratenbande hat die Flying Lamb verlassen und wohnt nun ohne Lysop in der Wasserstadt in einem Hotel. Zufällig erfahren sie von einem Mordanschlag auf Herrn Eisberg, dem Besitzer der Werft und Bürgermeister der Stadt. Die Bewohner sind aufgrund des grauenvollen Vorgangs in Aufregung. Sanji und Chopper suchen weiter nach Robin. Ruffy und Nami versuchen herauszufinden, was es mit dem Anschlag auf Herrn Eisberg auf sich hat. Auch Frankie ist in die Stadt zurückgekehrt und schwört Rache für sein zerstörtes Haus.

Herr Eisberg erwacht aus dem Koma und erinnert sich, wer die Schüsse auf ihn abgegeben hat. Es waren Robin und ein unbekannter Riese. Während Ruffy von Frankie zum Kampf herausgefordert wird, suchen Sanji und Chopper weiter nach Robin. Chopper überredet Sanji noch ein Mal nach der Flying Lamb zu sehen, weil eine Flutwelle um Mitternacht droht. Da die Vorarbeiter überzeugt sind, dass die Piratenbande hinter dem Mordanschlag steckt, mischen sie sich in den Kampf zwischen Frankie und Ruffy ein.

Ruffy sitzt in der Klemme. Paulie und seine Leute von der Galeera Company haben ihn umzingelt und wollen ihn für das Attentat auf Herrn Eisberg zur Rechenschaft ziehen. Nami kann nicht helfen, da sie von der aufgebrachten Menge festgehalten wird. Tyleston feuert auf Ruffy, der sich aber in letzter Sekunde retten kann. Als jedoch Franky seine neue Luftkanone abfeuert, bleibt kein Stein auf dem anderen. In diesem Durcheinander gelingt Ruffy und Nami die Flucht. Jetzt sind alle Handwerker der Galeera Company hinter ihnen her, was Ruffy aber nicht davon abbringt, Herrn Eisberg einen Besuch abstatten zu wollen. Er kann nicht glauben, dass Nico Robin das Attentat auf ihn verübt haben soll. Nach einer gefährlichen Verfolgungsjagd durch die Gemäuer der Galeera Company, versteckt ihn Herr Eisberg in seinem Zimmer vor seinen eigenen Leuten, die schreiend im ganzen Gebäude nach Ruffy suchen. Er bestätigt, dass es wirklich Nico Robin gewesen ist. Aber Herr Eisberg hat ihm nicht ganz selbstlos geholfen. Er will, dass Ruffy etwas für ihn erledigt …

Die Stadt Water 7 bereitet sich auf die Flutwelle, die Aqua Laguna vor. Oma Kokolo äußert gegenüber Franky die Vermutung, dass nicht die Strohhutbande, sondern die Geheimorganisation CP9 der Weltregierung, hinter dem Attentat auf Bürgermeister Eisberg steckt … und sie scheint Recht zu haben. Nico Robin bekommt den Auftrag am selben Abend ein weiteres Mal bei Herrn Eisberg einzubrechen. Die Strohhutbande weiß davon noch nichts und sucht verzweifelt nach ihrer Freundin. Als Chopper endlich die Witterung von Nico Robin aufnimmt und die Strohhutbande sie findet, wird die Crew von Ruffy mit der schrecklichen Wahrheit konfrontiert.

Chopper und Sanji können es nicht fassen. Nico Robin hat sich gegen die Strohhutbande gestellt! Sie droht, ihnen die Schuld für das Attentat auf Herrn Eisberg in die Schuhe zu schieben. Ruffy, Nami und Zorro werden von den Schiffbauern der Galeera Company verfolgt. Lysop besorgt unterdessen beim Wirt Material, um das Schiff zu reparieren. Später berichtet Chopper den anderen von Nico Robins Entschluss. Zorro vermutet, dass sie ein erneutes Attentat auf Herrn Eisberg noch am selben Tag plant. So beschließt die Stohhutbande trotz erhöhter Sicherheitsvorkehrungen zum Tatort zurückzukehren und Nico Robin aufzuhalten.

Ruffy, Zorro, Nami und Chopper wollen sich Gewissheit verschaffen, ob Nico Robin tatsächlich an dem Anschlag auf Herrn Eisberg beteiligt war. Auf welcher Seite steht sie? Als die Geheimorganisation Cypherpol 9 (CP9) der Weltregierung einen zweiten Angriff auf die Firma Galeera und ihren Chef Eisberg startet, um in den Besitz eines geheimnisvollen Bauplans zu kommen, wird es für die Piraten Zeit einzugreifen.

Den maskierten Mitgliedern der CP9 und Nico Robin gelingt es trotz der massiven Bewachung durch die Werftarbeiter, bis zu Herrn Eisberg vorzudringen. Sie fordern die Herausgabe des antiken Bauplans für das ungeheuer mächtige Kriegsschiff Pluton. Auch Ruffy schafft es in das Gebäude, wird aber zusammen mit Pauli von zwei Maskierten der CP9 gefesselt. Herr Eisberg ist schockiert, als die Maskierten ihm ihre wahre Identität offenbaren.

Die Leute von der CP9 und Nico Robin finden heraus, dass ihnen nur ein gefälschter Bauplan des Kriegsschiffs Pluton in die Hände gefallen ist und dass sich der echte Bauplan bei Franky, dem Abwracker, befinden muss. Eisberg hatte den Plan schon vor Jahren dem zweiten Gesellen des legendären Schiffsbauers Tom gegeben. Sein Name war Cutty Framm und er war angeblich ums Leben gekommen. In Wirklichkeit hatte er aber eine neue Identität als Franky angenommen. Just in diesem Moment platzen die ahnungslosen Piraten auf der Suche nach Nico Robin herein.

Die Strohhutbande trifft im Haus von Iceberg auf die CP9-Agenten. Ruffy, Zorro, Nami, Chopper und Paulie erkennen nun, dass die als Schiffszimmerleute getarnten Agenten den Anschlag auf Iceberg verübt haben. Noch mehr schockiert sie allerdings, dass Nico Robin Mitglied der CP9 ist. Als sie das Haus verlassen will, verlangt Ruffy eine Erklärung. Doch da ergreift Lucci das Wort offenbart die Pläne der Agenten: Sie beabsichtigen , Icebergs Haus niederzubrennen und Ruffys Bande an der Flucht aus dem Haus zu hindern , um alle Beweise und Spuren zu verwischen. Als die Bande und Paulie sich zum Kampf stellen, müssen sie feststellen, dass sie ihren Gegnern nicht gewachsen sind

Die CP9-Agenten haben sich von der Strohhutbande nicht aufhalten lassen und Icebergs Haus in Brand gesteckt. Während Icebergs Mitarbeiter versuchen, das Feuer zu löschen und im Ungewissen über das Schicksal ihres Chefs sind, suchen Lucci und seine Leute nach Franky, um ihm die Pläne für die Wunderwaffe Pluton abzujagen. Der ist bei Lysop auf der Flying Lamb und bietet ihm seine Freundschaft an …

Franky hat Lysop in seinem Reparaturdock in seiner Gewalt. Er will ihn als Köder benutzen, in der Hoffnung das Ruffy bei ihm auftaucht. Lysop macht sich aber unbeirrt an die Arbeit und repariert weiterhin die Flying Lamb. Franky versucht ihn davon zu überzeugen, dass man die Flying Lamb nicht mehr retten kann, Lysop will das nicht wahrhaben. Es kommt zum Streit. Nach einem Schlag von Franky landet Lysop im Wasser und während er zum Grund sinkt, sieht er, wie schwer der Rumpf von seinem „Lämmchen“ beschädigt ist. Als er wieder auftaucht, erzählt er unter Tränen von seinen Abenteuern mit dem Schiff und von der Nacht auf Sky Island, als ein unbekanntes Wesen das Schiff repariert hat. Franky wird stutzig. Er sagt, dass müsse der Klabautermann gewesen sein, der sich nur zeigt, wenn man sein Schiff ganz besonders liebt.

Cypherpol 9, die Geheimorganisation der Weltregierung, weiß inzwischen alles über Frankie. Die Agenten sind bei ihm und konfrontieren ihn mit seiner Vergangenheit als Cutty Framm. Sie wollen ihm die Baupläne von Pluton, dem machtvollsten Kriegsschiff seit Menschengedenken, abknöpfen. Sie durchsuchen seine Räume und finden eine geheime Türe. Werden sie hier endlich fündig?

Tom, dem früheren Chef von Bürgermeister und Werftbesitzer Eisberg, soll der Prozess gemacht werden. Die zehnjährige Gnadenfrist, die er erhielt, um den Seezug „Puffing Tom“ fertig zu bauen, ist nun um. Ein Agent namens Spandam will Tom die geheimen Baupläne für die Pluton entwenden. Doch bei Tom ist nichts zu holen.

Um an den Bauplan für Pluton heran zu kommen, will Spandam Tom und seinen Lehrlingen den Angriff auf das Justizschiff in die Schuhe schieben. Tom ist für ihn der ideale Sündenbock, da er bereits vor 14 Jahren ein Verbrechen gegen die Weltregierung begangen hat. Tom gesteht schließlich alles, er ist glücklich, dass Water Seven wieder eine blühende Stadt ist und soll nun mit dem Seezug auf die Gefängnisinsel Enies Lobby gebracht werden. Als der Zug auf dem Weg nach Enies Lobby ist, versucht Franky ihn zu stoppen, wird aber von ihm überfahren und fälschlicherweise für tot erklärt. Acht Jahre später geht Franky den CP9-Agenten ins Netz und Spandam freut sich schon auf ein Wiedersehen, er hat noch eine Rechnung mit ihm zu begleichen …

Nach dem Attentat auf Herrn Eisberg steht die Firma Galera in Flammen, doch Chopper gelingt es in letzter Sekunde, Herrn Eisberg und Pauli aus dem brennenden Gebäude zu retten. Nach acht Jahren ist Frankie der CP9 endlich ins Netz gegangen und soll nun in Enies Lobby seine Strafe absitzen, wo Spandam schon auf ihn wartet.

Nachdem Nami von Eisberg die Wahrheit über Robins Absichten erfahren hat, will sie die ganze Crew zusammentrommeln, um Robin zu retten. Doch das ist gar nicht so einfach, denn alle sind über die gesamte Insel verstreut.

Nami hat den Seezug verpasst, der Robin zur Gefängnisinsel bringt. Sie mobilisiert die Handwerker der Firma Galeera um Ruffy und Zorro zu suchen,die nach dem Kampf mit Lucci spurlos verschwunden sind. Schliesslich findet sie den Käpt’n der Strohhüte , er steckt zwischen zwei Häuserwänden fest und scheint dort nicht herauszukommen. Sanji befindet sich bereits an Bord des Seezuges und muss es mit dem Boxchampion Jerry aufnehmen …

Als die Piraten enttarnt sind, geraten sie in Panik, springen über Bord und versuchen, zu ihrem Schiff zu gelangen. Salco hat inzwischen einen neuen Plan gefasst. Er will die Strohhutpiraten in die Eis-Straße locken, wo sie Don Accino und seiner Familie in die Arme fahren …

Ruffy, Nami, Zorro und Chopper wollen die Verfolgung des Seezugs aufnehmen, in dem sich Robin, Lysop und Frankie in den Händen der Regierungsagenten befinden. Wegen der Aqua Laguna haben die Piraten aber mit einem Schiff keine Chance. Doch Oma Cocolo weiß Rat und führt sie zu einem zweiten Seezug, dem Prototypen und Vorgänger des Puffing Tom, genannt Rocketman. In der Zwischenzeit gelingt es Sanji, der sich an Bord des ersten Seezugs geschmuggelt hat, sich bis zu Frankie und Lysop vorzuarbeiten. Auch Frankies Familie, die ihren Boss befreien will, schließt sich den Piraten an. Mit Oma Cocolo als Lokführerin stechen sie an Bord des Rocketman in See.

Mit Oma Cocolo als Lokführerin stechen Ruffy, Nami, Zorro und Chopper an Bord des Rocketman in See und nehmen die Verfolgung des anderen Seezugs auf, um Robin und Lysop aus den Händen der Regierungsleute zu befreien. Auch die Familie Frankie, die ihren Boss zurückholen will, schließt sich mit ihren beiden King Bulls an. Wie sich herausstellt sind auch Pauli, Louie und Tyleston, die sich im Kohle-Anhänger versteckt haben, mit von der Partie. Die Galeera-Leute wollen den Anschlag auf Eisberg rächen. Im Kampf gegen die Entführer verbünden sich die ehemaligen Gegner und rasen ihnen hinterher, der Aqua Laguna entgegen.

Der Seezug Rocketman rast weiter auf die Aqua Laguna zu. Ruffy hat sich mit Paulie und den Frankies verbündet um gemeinsam etwas gegen die Welle zu unternehmen. Nami ist im ständigen Kontakt zu Sanji, der sich mit Lysop und Frankie in dem anderen Seezug, dem Puffing Tom befindet. Auch die CP9 und die Marine sind in diesem Zug. Sanji will Robin aus den Fängen der CP9 befreien. Dann taucht auf einmal der mysteriöse Sogeking auf …

Ruffy und Sanji sind sich einig: Sie müssen Robin zu befreien, koste es was es wolle. Doch während sich Ruffys Truppe auf dem Rocketman auf die Befreiung vorbereitet, haben Sanji und Frankie auf der Puffing Tom zunächst ein anderes Problem. Wer ist dieser unbekannte Sogeking? Sanjis durchdachter Plan, den Seezug nach und nach einzunehmen gelingt, und es sieht ganz danach aus, dass sie die Marinesoldaten und Offiziere überlisten können. Mit einem Koch als Gegner haben sie allerdings nicht gerechnet …

Die Strohhutbande will Robin auf dem Weg nach Enies Lobby aus der Gefangenschaft der CP9 zu befreien. Im Seezug allerdings stehen den Freunden ungeahnte Schwierigkeiten bevor. Alle CP9-Agenten sind zur Bewachung der Gefangenen an Bord. Sanji muss es mit dem verrückten, nudelschiessenden Wanze aufnehmen, während sich Lysop, alias Sogeking, auf direktem Weg zu Robin macht.

Sanji kämpft weiterhin im Seezug gegen die Nudelattacken des verrückten Wanze, während Frankie sich auf dem Dach mit Nero duelliert. Ruffy und seine Leute fahren in hoher Geschwindigkeit mit dem zweiten Seezug hinterher und versuchen, ihre Freunde zu unterstützen und letztlich Nico Robin aus den Fängen der Gegner zu befreien. Doch als Lysop, alias Sogeking, endlich zu ihr gelangt, will sie sich nicht befreien lassen.

Die Verfolger im Rocketman treffen auf T-Bone, den Kapitän des Marine-Hauptquartiers, der sich ihnen auf den Schienen in den Weg stellt. Es kommt zum Kampf mit Zorro. In der Zwischenzeit hat es Sanji immer noch mit Wanze zu tun. Und auch der Kampf zwischen Frankie und Nero geht in die nächste Runde. Schließlich stehen Sanji und Frankie den 4 Geheimagenten von CP9 gegenüber.

Der Seezug Puffing Tom rast unaufhaltsam in Richtung Enies Lobby zu. Sanji und Frankie sind immer noch bemüht, Robin aus den Fängen der CP9 zu befreien. Mit einer List verschafft sich Sogeking einen Weg zu Robin. Gemeinsam gelangen sie in das Abteil, in dem sich Sanji und Frankie der CP9 gegenüberstehen. Die Freude bei Sanji ist groß, währt aber nicht lange, denn Robin scheint ihr eigenes Spiel zu spielen. Ein harter Kampf um Robin bahnt sich an, während Ruffy, Nami und die anderen im Rocketman ihnen dicht auf den Versen sind …

Sanji und Sogeking versuchen Robin zu befreien, wobei ihnen Bruno aber einen Strich durch die Rechnung macht. Frankie will sie dazu überreden, zu fliehen und sich zu den Strohhüten durchzuschlagen, doch Robin sieht sich als Gefahr für Ruffy und die anderen. Oma Kokolo verfolgt mit dem Rest der Strohhutbande den Seezug der CP 9, als sich ihnen plötzlich ein riesiger Frosch auf den Schienen in den Weg stellt …