洪熙官回乡为父洪亭南贺寿，哈萨多更设宴并以对联作贺礼。亭南阻止熙官开武馆，熙官反揶揄父亲为清朝当官。硕托看上高进忠的爱人，逼他让爱。熙官欲拜赤龙为师遭拒。童千斤受硕托收买到高家捣乱，熙官与他择日决战。

熙官战胜千斤却遭收监。穆里布指熙官造反，亭南自认汉狗代子赎罪。亭南到熙官的武馆拆其招牌，两父子不欢而散。清兵追捕严咏春父女，熙官助他们逃走。里布派冯道德假冒赤龙捣乱。进忠卖私盐被捕，熙官、赤龙往救人。

赤龙向熙官传授独门棍法。高家被封，进忠藏匿佟敏家，硕托带官兵到来，并凭古钱得悉熙官有份参与救出日月会成员的行动。萨多派亭南保护干隆，日月会则策划刺杀干隆。熙官被逼离开前与亭南比武，终发现亭南正是赤龙。

日月会刺杀干隆失败，亭南是赤龙的身份被揭，双方大战，幸熙官赶至成功引开里布等人，亭南却不知所终。进忠被通辑，欲与佟敏远走高飞遭拒。道德率兵追捕日月会，硕托杀死洪妻，还以洪妻尸首引出亭南，亭南抱妻跳崖。

严湛希望熙官继承其父遗志，任日月会舵主，熙官推辞并把舵主之位让给严湛。朝廷暗中派雷老虎设下死亡擂台，逼日月会的人现身，方世玉看不过眼，接受挑战并将老虎打死。朝廷发现戏班为日月会基地，将日月会众人杀清。

至善方丈破例收熙官、进忠与千斤为俗家弟子，三德却只安排他们处理杂务，进忠与千斤十分不满。三子重遇三戒，三戒要求以美酒和香肉换取教授武功予他们，可惜被三德发现。为了避开李巴山追杀，世玉无奈往少林寺拜师。

三德要熙官与果因比试，熙官终明白基本功的重要。胡惠干潜入藏经阁偷秘笈失手被擒，熙官得知惠干偷秘笈为报仇，请求至善收他为徒。进忠想出以香肉美酒诱三戒传授武功，世玉发现后与他大打出手，后更约熙官私下决斗。

熙官得神秘人相助，击败世玉。原来神秘人正是世玉，他因自己害死义士心存愧疚，遂助熙官作为赎罪，两人冰释。世玉遇上五枚师太，并发现她修练独特的武功，记下苦练。进忠偷了拳谱钻研，终被三德发现，将他逐出少林。

巴山父女来到少林寺，翠花被李小环打伤，世玉不忿，挑战小环，巴山相助，并打伤赶来增援的熙官。小环以方父要胁世玉，世玉向巴山立约十日后于梅花桩决战。世玉守诺应战，结果击毙巴山。锦纶接到赤龙尚在人间的消息。

严湛率众劫官银时遇上官兵埋伏，亭南及时现身相救。咏春往少林寺把亭南未死的消息告知熙官，熙官赶往相见。道德率兵追捕亭南等人，亭南受伤被擒，幸萨多及时赶到保住亭南性命。熙官为救父亲勇闯木人巷，却负伤败走。

至善向熙官、千斤与世玉指点迷津，世玉想出助三戒逃走，引三德与三戒大打出手，从中参透二人的功夫，三子终成功战胜木人巷。惠干复仇心切，险被打死，幸熙官等人相助，三德愤然逐他出少林。萨多劝亭南效力朝廷不果。

干隆向亭南劝降，亭南宁死不屈。锦纶迎娶咏春，时道德率兵闯入，严湛身亡。进忠看见蕙娜来高家拜祭，惊悉对方竟是自己的生母，蕙娜诉说与其父及布里的关系，并自揭是旗人。进忠大受打击，时遇上道德，两人大打出手。

进忠被道德捉拿，道德要他以「少林十八手」口诀作为获释条件。熙官率众劫狱却未见亭南影踪。干隆下令处斩亭南，里布建议将亭南囚于九霄楼，引日月会义士自投罗网。进忠向里布提出效力朝廷，熙官等人得悉后痛斥进忠。

里布发放处斩亭南的假消息，熙官等人急谋拯救行动。道德在九霄楼与日月会义士展开恶斗，锦纶为救咏春而身亡。索都统劝诱萨多乘乱放走亭南，暗里却助里布诬陷萨多，萨多终被干隆赐死。熙官斥进忠残杀汉人，与他决裂。

熙官助咏春重新振作。进忠接获消息，因而救了被伏击的里布。里布派人捉走佟敏来试探进忠，进忠假意打骂佟敏，事后向她解释求谅。里布色心大发，召佟敏泄欲，进忠哑忍不快。里布派进忠入日月会作卧底，进忠无奈接受。

进忠欲与熙官等人联手铲除里布，众人半信半疑。进忠向里布献计捉拿亭南等人。另一边厢，进忠提议亭南与道德决战，熙官等人趁机刺杀里布。日月会义士遭清兵突撃，咏春胁持蕙娜让众人保命。亭南与道德恶斗，双双中毒。

京城要道被重重封锁，熙官以妙计助亭南等人顺利离开。佟敏把里布的兽行告知进忠，进忠反劝佟敏忍辱负重，助他往上爬。一众住持担忧收留亭南会令少林与朝廷结怨，幸至善坚持为他解毒。咏春请求至善收她为徒，却遭拒。

世玉遇白眉道人，竟被他强收为徒，世玉用尽方法脱身。原来道德诱骗白眉来京为他解毒，更诱使他与亭南决一高下。五枚拒收咏春为徒，于是熙官甘愿受五枚毒打，咏春不忍，替他受打，五枚终被打动。亭南传授武功予熙官。

里布请求白眉为他对付亭南。进忠得悉亭南等人藏身于少林寺。佟敏怀有进忠骨肉，进忠答应与她私奔，可是进忠却与里布到来，原来进忠一直计划向佟敏报复。进忠率领道德与白眉欲搜查少林寺，三德坚拒，白眉准备硬闯。

白眉硬闯少林寺，至善拿出御赐丹书铁卷迫令清兵撤退。亭南等人沿秘道离开少林，白眉与亭南对打时，发现亭南身上剧毒未清，竟为他解毒。世玉假意向白眉拜师，使诈令白眉暂失明。熙官等人夜袭衙门，进忠乘乱带走亭南。

亭南与白眉决战不敌，经脉尽毁，只余三日性命。亭南将洪家拳传授予熙官后，潜入宫中企图刺杀干隆，惜力不从心当场战死。道德救驾有功获御赐金丝道袍，并要进忠向他下跪。熙官阻止道德将亭南曝尸荒野，却被道德所伤。

熙官得知自己身中剧毒，无药可医，遂讹称要南下，并向咏春表白。世玉与千斤、咏春勇闯黑风寨，招揽寨主丁豹及其兄弟加入反清大业，二当家刘魁谋反欲对付世玉，幸世玉早与寨主丁豹里应外合。进忠施计助里布追求蕙娜。

蕙娜为了进忠，答应嫁予里布。进忠向祖宗交代自己设计令蕙娜接受里布一事，蕙娜闻言后在出嫁日服毒自杀。酒醉的世玉向铃儿道出熙官死讯，铃儿伤心过度病重离世。道德潜入少林寺偷取铁卷，与三戒交手时将铁卷打碎。

五枚独自下山要求与道德交手，岂料道德施放暗器，五枚伤重身亡。干隆迫令至善两日内交出铁卷，至善托人交信给干隆，干隆阅后撤兵。干隆与生父陈世倌相认后，世玉、三德以干隆的汉人身世要胁干隆协助反清，干隆答允。

里布、进忠得知干隆为汉人身分。干隆为怕自己的汉人身分被泄露，于是将三喜赐死。干隆用毒糕点测试进忠，进忠成功逃过一劫。白眉假意败给至善，伺机找得干隆身世的证据。日月会收到密函与干隆会面，三德决单刀赴会。

干隆讹称三喜服毒自杀，咏春拒信，世玉激动下说出熙官已死。翠花与咏春行刺干隆失败被擒。世倌告知干隆白眉是被夺帝位的十四王子，日月会众人决定助干隆对付白眉。白眉威胁太后助他夺位。咏春重遇已清除剧毒的熙官。

太后劝干隆让位以保命。世玉、三德、三戒行刺白眉，却无法破解其罩门，幸熙官赶至，终铲除白眉。干隆在酒中下毒，熙官等人不适。世玉与三戒遭伏击，三戒为救世玉伤重身亡。进忠放走熙官等人，并劝他们不要往少林寺。

熙官等人找到世玉，惜世玉奄奄一息。干隆欲赐毒酒予太后，太后讹称当年与世倌私通，伺机逃命。进忠以太后来要胁干隆保他一命。清兵围堵少林，熙官胁持干隆迫令进忠退兵。进忠与道德成功救走干隆，干隆下令攻打少林。

（大结局）进忠率兵攻打少林，竟杀害千斤、三德、至善。熙官与道德等人展开恶斗，他烟没于火海中。进忠要胁干隆赐封两广总督，但他往南方途中，熙官现身将他击败，进忠终死在清兵乱箭下。多年后，熙官终与妻儿团聚。