エマは闇の王になってすぐ消え、ヒーローたちはエマを救うために団結するが、まずエマを見つけるためにゼリーナの邪悪な力に頼ることになる。

キャメロットの一行。エマを闇から救うためには囚われたマーリンを解放する必要があった。デヴィッドは、それに役立つ魔法のキノコを採りに出発、アーサー王が同行する。

アーサー王の真意についてランスロットから謎めいた警告を受けたメアリーは、アーサーがヒーローたちにとって最大の脅威なのではないかと疑うが、デヴィッドはそれを信じようとしない。

キャメロットでメアリー･マーガレットとデヴィッドは闇の王の短剣を取り戻そうとし、エマはドリームキャッチャーを使って、どうやってマーリンが木に変わったのかを見る。

キャメロットの地下牢からランスロットと共に助け出されたメリダはダンブロッホで処刑されそうになっている弟たちを救うため、魔法に詳しいベルをさらい、クマに変身することのできる魔法の薬を作ってほしいと頼む。

キャメロットではエマを救うために折れたエクスカリバーと闇の王の短剣をつなげて鍛え直そうと、マーリンが指示を出す。フック達はアーサー王から折れたエクスカリバーを奪うためキャメロット城に侵入する。

キャメロットではアーサーがマーリンを操り、エマの家族や仲間を人質に取って、闇の王の短剣と“プロメテウスの炎”を渡すようエマに要求する。

ゼリーナとアーサーはエマたちヒーローを破るため、部下を操る魔法の兜を捜してダンブロッホへ。メリダも父王がダンブロッホの魔女に借りた魔法の兜を返さないと国民を皆クマにすると魔女に脅されて兜を捜していた。

キャメロットで闇の王“ダーク・フック”となったキリアンは、長年の夢であるゴールドへの復讐を果たすべく、ストーリーブルックに戻る呪いをかける。

ダーク･フックが呼び寄せた歴代の闇の王達は、自分たちが甦る代償としてレジーナやメアリーのカップル、ヘンリーなどに“黄泉の国へ行く者”の印をつけていた。

キリアンを連れ戻すべく“黄泉の国”へ向かったエマたちは、ストーリーブルックにそっくりなその国で、死んだクルエラやピーター・パンと出会う。

遠い昔、魔法の森で“女王の重圧”から逃げ出した白雪姫に戦うことを教えたのはヘラクレスだった。黄泉の国で、ハデスの牢獄から逃げたメガラがヒーロー達に、フックが捕まっていることを伝える。

フックはハデスから「黄泉の国に残る仲間を３人選び、墓石に名前を刻め」と言われるが、拒否したために“さまよえる魂の川”の上に吊される。

ついに再会したフックとエマ。ヒーロー達とストーリーブルックに戻るため、ハデスを倒す方法を見つける必要があった。

ハデスに逆らえないゴールドは、言われるままに世界の扉を開いてゼリーナとその娘を黄泉の国に呼び寄せる。

ベルはルンペルシュティルツキンと、お腹の子をハデスから守る方法があるかもしれないと希望を持つが、そのためにでも闇の魔法は使わないよう夫に告げる。

オズでルビーはドロシーと出会うが、西の悪い魔女に“魔法の靴”を奪われて行方不明になったドロシーを捜すうちに、いつの間にか“黄泉の国”へ来て、ストーリーブルックから来ていた仲間たちと再会する。

ハデスとゼリーナが急接近。ハデスはゼリーナに、黄泉の国を出て二人で暮らそうと持ちかける。夢見心地のゼリーナを止めるためにレジーナはコーラに頼る。

ゴールドとピーター・パンにゼリーナをさらわれたハデスは、ヒーローたちに助けを求め、見返りとして墓石に刻まれた名前を消し、ストーリーブルックに戻れるようにすると約束する。

エマとデヴィッド、レジーナ、ロビン、ヘンリーはストーリーブルックに戻って白雪姫と再会。だがハデスも一足先に来ており、ゼリーナをだまし続けていた。

レジーナがロビン・フッドを喪った悲しみに暮れる中で、ゴールドはストーリーブルックのすべての魔法をハデスの水晶に紐付ける。ヘンリーは家族を苦しめる元凶である魔法を消すため、水晶を奪って破壊しようとする。

ヘンリーが原因で魔法がなくなってしまう可能性が出てきて、エマとレジーナはゴールドに見つかる前にと急いでヘンリーを捜す。