Cuando un empleado de un supermercado comete un asesinato imposible, el gobierno convoca al Dr. Lee Rosen y su equipo de “Alfas”: individuos únicos con mutaciones neurológicas que les confieren poderes especiales. El equipo debe determinar quién es el asesino y encontrarlo, pero pronto descubren que hay un plan maestro en acción

Un Alpha causa muertes y disturbios, por lo que el Gobierno llama a Rosen y al equipo para encontrar al culpable y detenerlo antes de que sea demasiado tarde.

El equipo del doctor Leigh Rosen se enfrenta en este capítulo a Tract Beaumont, una adolescente con poderes que está provocando disturbios a lo largo de la Costa Este de EE UU.

Durante una misión del equipo Alpha, Gary rescata a Anna, una mujer autista. Tras conocerla, Gary se da cuenta de que no padece autismo, sino que posee un tipo de inteligencia superior capaz de comunicarse con los Alpha a través de las ondas electromagnéticas de su cerebro.

El equipo se desplaza a Pensilvania para investigar una serie de extraños asesinatos. Todas las pruebas apuntan como culpable a David Burton, un miembro del equipo de fútbol que parece tener pocas amistades, pero pronto se darán cuenta de su error cuando David se convierta en la siguiente víctima.

El gobierno va tras un joven Alpha que posee la capacidad de transformar aparatos de tecnología común en artículos de alta tecnología. El equipo Alpha se movilizará para ayudarlo. Mientras, Bill considerará la posibilidad de convertirse en padre y Gary mantendrá un fuerte enfrentamiento con su madre.

El equipo atraviesa problemas graves cuando un Alpha utiliza sus poderes para controlar a Nina y Cameron. Pronto descubrirán que ésta fue la causa de un suicidio masivo años atrás. Mientras tanto, Rachel centra sus esfuerzos en buscar un tratamiento para su padre, que padece cáncer.

El equipo captura a un Alpha que se dedica a la obstetricia y utiliza células madre para incrementar los nacimientos de Alphas. Cuando Rosen y los suyos regresan a la oficina, descubren que están bajo el punto de mira de un Alpha capaz de evitar cualquier forma de detección.

Cuando Nathan Cley sospecha que uno de los miembros del equipo es un Bandera Roja, encierra a todos en Binghamton para descubrir quién de ellos es un traidor. El equipo debe descubrir la identidad del topo mientras intentan escapar del centro.

El equipo Alpha busca a Isaac, uno de los miembros más conflictivos de Bandera Roja. Mientras tanto, Isaac va tras su propia presa: la hija del doctor Rosen, Dani, que es también un Alpha. Además, tras una gran confrontación entre Bandera Roja y el Departamento de Defensa, Rosen toma una drástica decisión que afectará el destino de todos los Alphas.