Quand le roi de Mon Calamari est assassiné, les pourparlers sont rompus entre le peuple de Mon Calamari et les Quarren, cohabitants du monde aquatique. Pour empêcher une guerre civile, la République envoie Padmé Amidala et Anakin Skywalker, mais à leur insu, les Quarren sont déjà soutenus par les Séparatistes. Maintenant, les Jedi doivent protéger le nouveau leader, le jeune prince Lee-Char.

Anakin Skywalker et le reste de son équipe Jedi ont été envahis par l'attaque surprise des Séparatistes menés par Riff Tamson. Le jeune prince Lee-Char et Ahsoka doivent alors éviter d'être capturés. Devant l'impossibilité d'envoyer plus d'aide de la République, Yoda appelle à l'aide la puissante Armée Gungan, mais leurs forces ne seront peut être pas suffisantes face à l'assaut Séparatiste. Tamson redouble d'efforts dans la traque du Prince Lee Char, déchaînant les renforts fournis par le Comte Dooku.

Les forces de la République et les Gungan ont été capturés par Riff Tamson. C'est maintenant à Ahsoka et le jeune prince Lee-Char d'unir le peuple déchiré de Mon Cala et de chasser les envahisseurs Séparatistes.

Lorsque le chef des Gungans, Boss Lyonie, est blessé, une étrange ressemblance entre lui et Jar Jar Binks est découverte. Binks doit influencer son peuple pour qu'il ne se soulève pas contre les Naboo et arrête une invasion Séparatiste menée par le Général Grievous.

Après que des tremblements souterrains ont dévasté la planète Aleen, une équipe de secours de la République arrive, menée par les droides R2-D2 et C-3PO. Mais les réclamations des autochtones de la planète ne sont pas entendues et les droides doivent alors embarquer dans un voyage irréel au cœur des entrailles d'Aleena, afin de sauver la planète.

Les aventures extraordinaires de C-3PO et R2-D2 continuent. Forcés de fuir à une attaque Séparatiste à bord d'un Y-Wing, les droïdes visiteront l'étrange planète Balnab, berceau des Patitites, et l'intérieur d'un vaisseau de guerre dans lequel ils seront obligés de combattre dans une arène de gladiateurs.

Lorsqu'Anakin est obligé de céder temporairement le commandement de ses clones à un nouveau commandant, le Jedi Pong Krell, la tension monte, et les clones sont assignés sur une mission particulièrement mortelle ayant pour but de prendre la capitale d'Umbara.

Le Général Krell ordonne au capitaine Rex et aux soldats clone de la 501ème Légion de conquérir une base aérienne Umbaranne lourdement fortifiée, et n'acceptera rien d'autre que la victoire. C'est une mission suicide, à moins que les clones n'usent de leur ingéniosité pour défaire leur nouvel ennemi.

Après que la République a conquis une base aérienne Umbarane, le Général Krell ordonne à Rex et ses hommes de se diriger vers la capitale, lourdement fortifiée. Réalisant qu'il existe un meilleur plan, quelques soldats clones désobéissent à cet ordre et lancent une opération rebelle, sous couverture.

Deux de ses hommes étant menacés de mort pour avoir désobéi aux ordres, le Capitaine Rex doit affronter son commandant extrêmement agressif, le General Krell. Risquant la mutinerie, Rex va devoir faire un choix sombre alors que l'ennemi dévoile son véritable visage. Mais les clones font preuves d'une grande intelligence !

Des esclavagistes zygerriens sont responsables de la disparition soudaine d'une colonie tout entière sur la planète Kiros. Pendant qu'Anakin et Ahsoka se précipitent pour désamorcer une série de bombes laissées par les escalvagistes, Obi-Wan doit affronter leur puissant chef.

Afin de localiser les colons manquants, Anakin, Obi-Wan et Ahsoka infiltrent en secret les esclavagistes sur Zygerria. Anakin lutte contre ses émotions lorsqu'une astucieuse reine Zygerrienne le force à accomplir des actes douteux afin de pouvoir mener à bien sa mission.

Anakin essaie de convaincre la Reine Zygerrienne qu'elle aussi est une esclave et un pion dans un diabolique complot Séparatiste. Pendant ce temps, Obi-Wan s'infiltre dans les camps d'esclaves de Kadavo, et constate une situation très précaire, qui va devenir de plus en plus macabre.

Une conférence de Paix entre Séparatistes et Républicains est interrompue par Lux Bonteri, fils d'une ancienne Sénatrice Séparatiste. Il engage Ahsoka pour l'aider dans sa quête de justice, afin de punir la mort de sa mère.

Lorsque les Jedi apprennent l'existence d'un complot Séparatiste visant à l'enlèvement du Chancelier Palpatine, Obi-Wan est envoyé dans une prison Républicaine déguisé en détenu pour récupérer des informations auprès du conspirateur. Mais à l'intérieur, Obi-Wan va découvrir la présence du chasseur de primes Cad Bane et les deux hommes vont devoir travailler ensemble s'ils veulent s'échapper.

S'enfuyant à travers la galaxie, Obi-Wan, toujours déguisé, Cad Bane et Morallo Eval sont trois fugitifs en fuite poursuivis par Anakin et Ahsoka. Bane et Obi-Wan vont travailler ensemble pour échapper à la traque sans répit menée par Anakin, mais c'est à Obi-Wan d'affronter son ancien Apprenti et cela, sans mettre à mal sa couverture...

Obi-Wan, toujours déguisé, accompagne Cad Bane et Moralo Eval sur Serenno, où ils s'engagent dans une compétition brutale face à d'autres chasseurs de primes originaires des quatre coins de la galaxie, afin de déterminer qui participera au complot visant à enlever le Chancelier.

Le Chancelier Palpatine, protégé par des Chevaliers Jedi, voyage vers Naboo pour y présider une cérémonie publique. Dooku et ses chasseurs de primes, dont un Obi-Wan toujours sous couverture, lancent leur plan pour le capturer.

Asajj Ventress, déboussolée, rejoint une équipe de chasseurs de primes sous le commandement du jeune Boba Fett. Sur un monde alien, ils entreprennent une dangereuse mission qui va tester les limites de leurs aptitudes ainsi que la force de Ventress.

Le sombre guerrier Savage Opress traverse la galaxie dans sa quête visant à retrouver son frère perdu, le légendaire Dark Maul. Celui-ci vit, brisé, dans les profondeurs d'un monde désolé, et ne doit sa survie qu'à ses rêves de vengeance. Savage complote alors avec Mère Talzin pour soigner le corps et l'esprit de Dark Maul, afin que les deux frères puissent entamer leur croisade contre les Jedi.

Dark Maul et Savage Opress forment une impressionnante équipe dont le but est de se venger d'Obi-Wan Kenobi et d'Asajj Ventress. Le Jedi et l'ancienne assassin arriveront-ils à s'entendre pour se défaire des deux guerriers Zabrak ?