Alors que leurs réserves d'énergie diminuent dangereusement, les Autobots quittent Cybertron à bord de leur vaisseau spatial à la recherche de nouvelles réserves. Leur plans sont découverts par les Décepticans, qui les pouchassent et les attaquent sous une pluie de météorites. Ils abordent le vaisseau Autobot, qui est endommagé pendant la bataille et s'écrase sur la Terre avec les deux armées à son bord. Plusieurs millions d'années après, une éruption volcanique provoque la réactivation de l'odinateur du vaisseau, Télétran 1. Son programme de réparation s'enclenche et reconstruit le Transformer le plus proche selon les caractéristiques de véhicules terrestres réunies par une sonde. Ce Transformer s'avère être Skywarp, qui place les autres Décepticans sous le rayon réparateur. Ils abandonnent les Autobots derrière eux et se préparent à piller les ressources du monde entier, mais Starscream, en tirant sur le volcan, provoque involontairement la réactivation des Autobots. Quelques Autobots, dont Cliffjumper et Bumblebee, localisent la base des Décepticans, mais ils sont découverts et s'échappent de justesse. Les Décepticans attaquent une plate-forme pétrolière occupée par les humains Spike et Sparkplug Witwicky, et quand les Autobots arrivent, ils sont pris avec les humains dans la destruction de la plate-forme.

Les Autobots s'échappent des décombres et sauvent les humains. Spike et Parkplug retournent au QG Autobot avec eux pour les aider dans leur combat. Les Décepticans continuent à piller les ressources de la Terre et à fabriquer des cubes d'Energon, en projetant de retourner sur Cybertron avec assez d'énergie pour les conduire à la victoire. Les Autobots s'interposent, mais ne parviennent pas à enrayer les plans des Décepticans. Pour tenter de piéger les Décepticans dans la grotte dont ils sont en train d'exploiter les gisements, Bumblebee et Sparkplug s'y introduisent pour poser un engin explosif. Ils se heurtent à des difficultés et Optimus Prime envoie Roller pour les aider. L'engin se déclenche, piège Bumblebee et Sparkplug et endommage Optimus à travers Roller.

Bumblebee et Sparkplug sont rapidement secourus, mais les Décepticans parviennent à se frayer un chemin et à s'enfuir. Hound et Optimus Prime dressent un plan pour attraper les Décepticans. Ravage, capturé en tentant d'infiltrer la base des Autobots, parvient à s'enfuir après avoir découvert la ( fausse ) position d'une base de fusées. Les Autobots attendent l'attaque des Décepticans auprès d'un hologramme de base de fusées créé par Hound. Mégatron parvient à déjouer cette ruse et oppose aux Autobots des mannequins, tandis que les véritables Décepticans attaquent la véritable base. A bord d'un nouveau vaisseau, les Décepticans s'apprètent à retourner sur Cybertron. Optimus Prime et les Autobots tentent l'impossible pour les en empêcher mais échouent. Pourtant, Mirage qui s'est embarqué clandestinement dans le vaisseau des Décepticans réussit à le saboter et à l'envoyer s'écraser au fond de l'océan.

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The Secret Files of Teletraan II were a series of short (1–2 minute) profiles which aired in 1986, after select episodes of the third season of the original Sunbow cartoon series. They included recaps of past events, character and group profiles, and "where are they now" guides, helping to explain the 20-year time gap between seasons 2 and 3 to viewers who had not seen The Transformers: The Movie.

Featurette about the hardcore keepers of the franchise, the fans, get a chance to show off their love for all things Transformers.

Beginning with a recap of the coming of the Transformers to Earth and the story of Devastator, the OVA then gets its original story underway, as the Autobots are shown to be in the midst of constructing the powerful "Scramble City," overseen by their newest arrival, Ultra Magnus. When the Decepticons learn of this, their combiner robots are deployed to attack, and a battle between them and their Autobot counterparts ensues, focusing on their "Scramble Power" - the interchangeability of the individual limbs - to the extent that at one point, Breakdown of the Stunticons connects to Superion to damage him. At the OVA's conclusion, Scramble City is activated and assumes its robot mode of Metroplex to rout the Decepticons. However, from the ocean depths, the Decepticons' own city, Trypticon, rises.