En 2039, Shu Ouma es un estudiante socialmente incómodo que vive en Japón, donde se encuentra bajo el estricto control de la organización gubernamental llamada GHQ tras el brote del virus del Apocalipsis diez años antes. Mientras va al estudio de su almacén, se encuentra con Inori Yuzuriha, una cantante de Internet de la banda Egoist, que se está recuperando de sus heridas después de robar el Genoma del Vacío, un arma genética almacenada en un vial, de GHQ, manteniéndola a salvo dentro de su robot mascota. Funell.

A medida que el virus del Apocalipsis continúa propagándose por Tokio, Daryl mata a su padre, el general Yan, y a sus subordinados al enterarse de la aventura del general Yan con su secretaria Emily. Keido anuncia que asumirá el mando de GHQ, en el que la causa del brote del virus se informa falsamente en las noticias que iniciará Funeral Parlour. Shu, al enterarse de esto por Tsugumi, se pone en contacto con Yahiro, Souta, Hare, Kanon y Arisa para pedirles su ayuda para salvar a Funeral Parlor después de revelarles su poder para extraer sus vacíos.

Mana, ahora completamente resucitada, saluda a Shu, pero él la evita después de que ella habla mal de Inori, para su enojo. Gai saca el Vacío de Mana para luchar contra Shu mientras desencadena el Cuarto Apocalipsis, propagando el Virus del Apocalipsis por todo el mundo. Haruka se enfrenta a Keido, quien se suicida inyectándose el virus mientras admite la derrota. Mientras tanto, Funeral Parlor continúa su lucha con el grupo de Endlaves liderado por Daryl, quien cree que cambió gracias a ellos y quiere volver a ser el mismo de antes.