その歌は、東京にロストクリスマス以来のカタストロフを引き起こした。キャンサー化の波は、敵・味方の区別無く広がり、東京が大混乱に陥る中、アンチボディズ局長・ケイドウはクーデターを起こし、全権を掌握する。そして全ての責任を葬儀社に帰し、彼らを掃討しようとするケイドウ。ガイやいのり、葬儀社のメンバーたちが窮地に立たされる中、一人残されたシュウは…。――罪を乗り越え、もう一度立ち上がるシュウのもとに、奇跡の唄が響き出す。

後戻りのできない罪にまみれ、暴君と化したシュウ。その支配を覆す秘密を知ってしまったアリサは、何者かの手にかかり口を閉ざす。しかし、それでもなお学園に広がっていく噂は、生徒たちの鬱屈を限界まで高めていく。いのりにすがり、周囲を省みないシュウ。向けられた怨嗟と憎悪は、彼に信じるべき友すら見失わせる。そんな中、シュウはついに、東京脱出をかけた“エクソダス計画”を発動させる。――その裏で張り巡らされた策略が、自身をかつてない絶望の淵に突き落とすとも知らずに…。

人類の命運を賭けた戦いの火蓋が、切って落とされる。巨大な力がぶつかりあう中、いのりを救いだすために、仲間たちと共にガイの待ち受ける24区に攻め入るシュウ。一刻も早く、いのりのもとへ――。急ぐシュウの前に、立ちはだかる最悪の敵。――淘汰されゆく者の歌が、シュウを導き…。