Saya Kisaragi es una niña alegre, honesta y amable, que se entrena como una sacerdotisa del santuario en virtud de su padre Tadayoshi Kisaragi , pasar sus días tranquilamente con sus compañeros de clase Itsuki Tomofusa, Yuka aminoácidos y Nene y Nono Motoe. Durante su viaje a la escuela, Saya se encuentra con un pequeño perro.

Saya se ve cazando un murciélago Elder Bairn por la noche. Al día siguiente, se detiene por la cafetería para ver a Fumito Nanahara, que le ofrece un poco de guimauve -como un malvavisco color rosa. Durante el almuerzo escolar, Itsuki trata en vano de atraer a Saya. Saya se siente atraída por Shinichiro Tokizane, otro compañero de clase que rara vez habla, pero la observa. Esa noche, Saya pelea con una flor Bairn Elder.

Después de disfrutar del desayuno con Tadayoshi en la cafetería, Saya llega tarde a la clase de química, y tiene que quedarse después de clase para limpiar con su maestra Kanako Tsutsutori. Saya invita a algunos de sus compañeros de clase a la cafetería, donde se enteran de que un panadero ha desaparecido.

Saya pregunta Tadayoshi el significado detrás de las palabras del tren Elder Bairn, pero él la sacude. En la escuela, Saya se encuentra tanto a el perro misterioso y a Shinichirō. Esa noche, un antiguo Gryphon Bairn y sus dos esbirros Bairns Elder devoran un grupo de pescadores, sosteniendo uno de ellos en cautiverio.

Saya comienza a experimentar dolores de cabeza cuando ella intenta recordar su pasado. Ella vence más adelante con éxito un monje antiguo Bairn. Debido a la lluvia, suspenden la clase de Saya para contar historias de fantasmas, lo que lleva a Kanako a contar una leyenda acerca de los Bairns Elder, en el que Saya sufre otro dolor de cabeza y se desmaya.

Saya derrota al Bairn Elder ciempiés, pero Nene ya está muerta. Al día siguiente, Nono también está ausente de la escuela, y Kanako informa a la clase que se cerrará la escuela debido a las recientes desapariciones. Saya se reunió más tarde con el perro del primer episodio, lo que revela su capacidad de hablar.

Entristecida por la muerte de Nene y Nono, Saya lucha para recordar a quien hizo su promesa de proteger a todos. El perro más adelante dice que está allí para supervisar la concesión de un deseo. Al día siguiente, Saya llega a la escuela para encontrarla vacía, además de a Kanako.

Saya le dice a Shinichirō sobre los Bairns Elder y el se ofrece a ayudar. Al volver a casa, Saya encuentra a Tadoyoshi desmayado. El perro de nuevo se enfrenta a Saya, preguntando qué pasaría si ella rompe su promesa. Ella sufre otro dolor de cabeza, donde recuerda que la promesa se hizo con un premio y un castigo adjunto.

Saya lucha contra el Bairn Elder araña mientras está inmovilizada por dolores de cabeza y flashbacks. A pesar de que mata al antiguo Bairn, sus compañeros han muerto. Al volver a casa se encuentra con el perro, que plantea más preguntas acerca de su naturaleza. Saya es visitada por Shinichiro, que no asistió a la escuela.

Saya sigue luchando con sus recuerdos, cuando un esqueleto Bairn Elder ataca, matando Shinichirō cuando este aparece para ver a Saya. Después de matar al Bairn Elder esqueleto, Saya empieza a cuestionar su identidad antes de desmayarse. Ella es cuidada por Fumito, que le da su café y guimauve antes de ir a ver Tadayoshi.

Kanako, Shinichiro, y Nene y Nono se revelan como parte de un "reparto principal" que rodea a Saya, desempeñando papeles destinados a despertar recuerdos de Saya por sus propias razones. Todos los miembros del elenco "principal" que murieron están todavía vivos, mientras que los extras estan realmente muertos.

Saya recuerda su naturaleza como un Bairn Elder, capturada y sometida a lavado de cerebro por Fumito, que desea liberarla de un juramento de no alimentarse de humanos. Saya mata al Bairn Cerberus Elder, el enloquecido Elder Bairn Tadayoshi, y un ejército de Bairns Elder conejo que matan a las personas del pueblo.