联邦军的西罗少尉在飞往地球的航天飞机上，发现了陷入苦战的战友吉姆。西罗乘上铁球出击，救出了飞行员桑德斯中士，但与敌人的扎古打成平手，在宇宙漂流。扎古的女飞行员艾娜和西罗一边合作一边等待救援，两人之间开始产生了超越敌我的爱情。

第08ms小队接到了攻击吉翁炮台阵地的命令。为了夹击敌人的碉堡，西罗采取了只身绕到敌人背后的作战，那里是琪琪的父亲巴雷斯特率领的游击队支配的地区。西罗被游击队抓住了，在无法动弹的情况下，作战开始时间一分一秒地迫近。

桑德斯中士提出“想调离部队”。一直以来，他所属的部队就像被死神魅惑了一样全军覆没。西罗鼓励气馁的桑德斯，但吉恩军的新型莫比尔装甲阿普萨拉斯逼近第08ms小队。西罗他们能打破死神的厄运吗?

西罗等人忙于收集阿普萨拉斯的情报，就在这时，传来了艾雷多制作的歌曲即将出道的消息。有顶天的埃雷门违反待命命令，和米克尔一起上街，但街道被吉翁军占据。2人被吉翁军抓住了，西罗他们前去营救。

第08小队在喜喜的带领下前往被认为是吉翁军射爆场的沙漠地带。小队埋伏着不知道什么时候会出现的敌人，但是严酷的沙漠磨损了队员们的神经，收到恋人的分手信的米克尔向西罗发泄。然后继续等待敌人5天，阿普萨拉斯终于露面了!

希罗注意到阿普萨拉斯的飞行员是艾娜，拼命地呼唤。阿普萨拉斯和西罗的高达迫降在喜马拉雅山连峰的谷底，在狂风暴雨中确认了彼此的爱情。与那样的2人的所想相反联邦和吉翁的战斗，更加激烈地增加着。

等待从雪山生还的西罗的，是审讯会上严厉的审问。和爱娜在一起的西罗，被怀疑是间谍。西罗被判在自己的房间里禁闭，但是听说吉翁的MS前往了琪琪的村子，抱着惩罚的觉悟向小队下达了出动命令。西罗能阻止村民们和吉翁兵的冲突吗!?

第08小队接到了为了特定敌人基地的侦察任务。在空降的途中，卡伦搭乘的高达受到了gau的攻击，希罗前往救援，尽管有可能被击落，但希罗执意让gau逃走。但是，希罗想要避免杀戮的愿望变成了仇敌，错过的高的舰长向小队发动了袭击!

联邦军向吉昂军的秘密基地发起了总攻击。对联邦军的量量作战，对爱娜来说代替父母的吉恩军的王牌飞行员诺里斯冒死奋战想让爱娜等人逃脱。西罗用Ez-8与诺里斯的古夫对抗，却被英雄直接命中，陷入了绝境。

西罗宣布退出队伍，前往营救艾娜。另一方面，艾娜为了让载着伤病员的凯尔盖伦逃脱，暴露自己的身体呼吁联邦军停战，但由于基尼亚斯向联邦军开枪，凯尔盖伦被击落。还有对准艾娜的基尼亚斯的枪口。希罗能拯救爱娜吗?

随着战争的结束，米歇尔已经从联邦军队中退役，他和琪琪一起出发去看看四郎和艾娜是死是活。在丛林里，他们被一群神秘的孩子抓住了，他们给了他们一个令人震惊的消息。