1997年，外星人占领了欧亚大陆的大部分地区。人类用被称为tsf的巨型机器人进行反击，但逐渐输给了无尽的外星军队。现在外星人正在向日本进军，帝国警卫学院的学员高村雄将不得不与他们作战。

贝塔入侵了日本，正在向京都前进。一支外星先锋突破了日本人的防线，攻击了Yui的补给基地。寡不敌众，又失去了支援，她别无选择，只能逃跑。

育空基地新任美国试飞员布里奇斯(Yuuya Bridges)正在努力完成他的第一个任务:美国和日本军方的一个联合项目。为了掌握新的TSF，他必须首先学会像日本人一样思考，这意味着要直面自己的过去……

Yuuya继续尝试掌握日本TSFs，但收效甚微。在最后一次演习中，一个未知的TFS突然出现在训练场上，它径直朝他飞来……

作为士气建设活动的一部分，Argos Flight被派往加勒比海拍摄照片。在一次划船比赛中，Yui, Cryska和yuya被困在一个荒岛上。Cryska生病了，受伤的Yui试图强迫自己帮忙，但雨越来越大……

Yui, yuya和Cryska在一场可怕的暴风雨中被困在一个荒岛上。在他们被其他军队发现之前，可能有整整一周的时间，他们被迫试图在他们的小洞穴里解决他们的分歧……

Argos航班被派往苏联前线，在他们的TSFs中获得真实的战斗数据。与此同时，yuya被分配去测试一个全新的EM大炮，让他回到一个辅助角色。但在前线基地，事情并不像在育空地区那么和平……

终于到了尤亚的第一场战斗的时候了:一场精心准备的对抗有限数量的BETA的战斗，让他可以测试他的TSF和新的原型大炮。但事情很快就脱离了剧本，因为BETA压倒了前线，如果他不迅速行动，整个团队可能会被消灭。

尤亚用一门大炮摧毁了3000多个贝塔。整个基地为他举办了一个派对，但他没有参加，而是整个晚上都盯着他的TSF。他恳求Yui给他一次真正近距离作战的机会，但她说，改变行程将是非常困难的。

一支庞大的地下贝塔部队正朝苏联基地进发，除了收拾行李离开，我们没时间做任何事情了。Yui留下来摧毁99式加农炮，但苏联人自己想要它…

Yui被困在废弃的补给基地，贝塔已经突破了防线。在没有逃脱希望的情况下，她试图摧毁原型大炮，以防止它落入坏人之手……

尤亚从机库救出了Yui，并试图带着电磁辐射炮的核心逃跑。但是所有的贝塔突然开始朝他们走来，他们必须快速逃跑……

一个尤亚被迫逃离贝塔压倒基地和俄罗斯轰炸机前进。在没有希望恢复EM大炮的核心模块的情况下，他摇摇晃晃地回家，而扎尔营展开了最后的努力，以防止整个远东防线崩溃。

摄制组安全返回阿拉斯加并举办派对庆祝。晚会被中国保风队队长崔一飞打断了。她对尤亚的兴趣不止一时……

在蓝旗演习的第一阶段，Argos Flight与中国的宝峰对峙。Tarisa驾驶新的Shiranui 2单元，Argos被严重击败，当Yuuya挑战他们的领导人决斗时。

蓝旗演习正在如火如荼地进行，美国展示了它的猛禽和先进的隐形技术，但在战斗结束后，在猩红双胞胎告诉他他们需要和他紧急谈话后，尤亚发现自己在逃离城市的议员们……

文森特在第一轮的蓝旗比赛中赢了一大笔钱，并带着整个试飞飞机出去喝酒。尤亚坐在角落里和酒保说话。与此同时，崔想和高村少尉谈谈优也……

为了应对在蓝旗中竞争的国家之间日益激烈的竞争，参与突出项目的高层决定让Eishi进行一次野外背包旅行。在去目的地的路上，他们遇到了一只熊。原来熊其实是温泉……

每个人都如此专注于与BETA的斗争，并提高他们的力量来对抗威胁，他们忘记了他们的社会是如何被迫生活的。紧张局势不断加剧，有时会导致行动。Total Eclipse也不例外。

混乱随之而来，没有人知道发生了什么，谁从哪里发起攻击。阿尔戈斯测试飞行团队会面并试图击退一股看似未知目的的攻击力量，但当没有人知道他们可以信任谁时，谁会脱颖而出?

尤亚与24个TSFs战斗，为阿尔戈斯的其余成员争取时间，只有在伊尼亚的及时干预下才得以逃生。然而，在敌人的指挥官倒下之前，她打算把崔带走……

一群贝塔族正向红线冲去。如果他们到达那里，红移就会启动并摧毁阿拉斯加。桑德克有个计划可以阻止他们，而唯一能执行这个计划的人就是阿尔戈斯小队。

尤亚与猩红双胞胎和贝塔进行了最后的战斗，以阻止红移激活并摧毁阿拉斯加。