Después de la destrucción de los archivos mutantes, los X-Men se escapan, pero son detenidos por los Centinelas. Durante la lucha con los Centinelas, Morfo es asesinado y Bestia capturado y encarcelado por el gobierno. Los X-men logran localizar la sede de los Centinelas y rescatan a Júbilo. Ella decide unirse a la academia de Charles Xavier.

Magneto intenta liberar a Bestia de la prisión, pero Bestia prefiere esperar su juicio. Leónidas [Sabretooth] exige que Bestia sea liberado y se deja llevar por una ira destructiva, haciendo que los guardias le disparen y lo lastimen. Cíclope ayuda a Leónidas y lo lleva a la enfermería de la Mansión, lo cual no le agrada a Guepardo [Wolverine]. Más tarde, Magneto ataca una bodega militar de misiles.

El Profesor X trata de curar a Leónidas [Sabretooth] contra las advertencias de Wolverine, mientras Magneto ataca una planta química para atraer la atención de Charles.

Cíclope y Jean son capturado por un grupo de mutantes llamados los "Morlocks" (mutantes demasiado deformados para pasar por humanos ordinarios, lo que impide que vivan en la superficie) cuando intentaban tener una cita romántica, lo que lastimaba los sentimientos de Logan. Tormenta lucha contra su líder Callisto para controlar al grupo de Morlocks.

Wolverine encuentra a Sabretooth en el Ártico, mientras Tormenta, Gambito y Júbilo se dirigen a la isla paradisíaca de Genosha "amiga de los mutantes".

Los X-MEN descubren la verdad detrás de Genosha pues Gambito, Júbilo y Tormenta, junto con otro grupo de mutantes, son obligados a trabajar como esclavos para completar una represa con la cual dar energía a la fábrica de Centinelas. Mientras tanto, Gambito conoce al misterioso Cable.

Cuando la Mansión X es destruida, los X-Men culpan primeramente al mutante ruso Colossus, antes de descubrir que el verdadero culpable es Leviatán.

Titania va a la Isla Muir por un tratamiento experimental para librarse de sus poderes mutantes y escapa por poco de convertirse en una esclava de Apocalypse.

Apocalipsis convierte a los mutantes que viajan a la Isla Muir buscando la supuesta cura en Jinetes. Apocalypse y sus Cuatro Jinetes atacan la Conferencia de la Paz en París. Titania absorbe el lado maligno de Arcángel.

En un futuro controlado por Centinelas, Bishop es enviado atrás en el tiempo para evitar que un miembro de los X-MEN asesine a una importante figura política.

Aparecen las lápidas de las tumbas de Cyclops (2032), Rogue (2033), Storm (2021) y Jubilee (2010).

Bishop y los X-Men viajan a Washington e impiden el asesinato del senador Robert Kelly; pero Bishop regresa para darse cuenta que el futuro no ha cambiado.

Los X-Men y Magneto se unen para detener a Master Mold que intenta reemplazar el cerebro del Senador Kelly con un computador, e involucrarse en una fuerte batalla contra una tropa de Centinelas. Kelly retira su campaña anti-mutante y Beast es liberado de la prisión