Ciclope e Jean si sono sposati, e sono partiti per la luna di miele, mentre Kelly è stato eletto presidente, schierandosi dalla parte dei mutanti. Questo dà però il via a molte proteste, provocando grosse azioni vandaliche. Gli X-Men partono per sistemare la situazione, e proprio in tal occasione alla loro base arriva Morph sotto mentite spoglie. Il suddetto, misteriosamente vivo e ritrovatosi abbandonato dai suoi compagni, è stato persuaso da una voce misteriosa a vendicarsi di loro, arrivando a finire in uno stato di pazzia che lo ha convinto a obbedire. Morph, utilizzando i suoi poteri trasformisti, riesce a mettere fuori gioco gli X-Men presenti.

Gli X-Men riescono, in un modo o nell'altro, a uscire dalle difficili situazioni in cui li ha messi Morph, ad eccezione di Xavier, che si ritrova in Antartide con Magneto (essendo stato anche lui attirato lì) e Morph prende le sue sembianze, venendo però scoperto dagli altri X-Men, che si rendono così conto del fatto che sia ancora vivo e che ce l'abbia con loro. Intanto Ciclope e Jean, in viaggio di nozze, vengono rapiti dal misterioso Sinistro e dai suoi scagnozzi e vengono poi raggiunti da Morph, che rivela di essere stato lui stesso a sposare i due, sotto le mentite spoglie di un sacerdote, facendo sì che il matrimonio non fosse valido.

In Russia alcuni uomini pianificano di far rinascere l'Unione Sovietica venendo aiutati dal mutante Omega Red, che porta distruzione ovunque vada. Colosso, essendo russo, va dagli X-Men per chiedere loro aiuto per salvare la sua patria, ma trova solo Jubilee. Va quindi in Russia con la ragazza, dove vede che la sua casa è stata completamente rasa al suolo, trovando però sua sorella Illyana ancora sana e salva. Questa rivela che i loro familiari e amici sono stati rapiti da alcuni soldati. Successivamente arrivano ad aiutarli anche gli altri X-Men, e Tempesta riesce a sconfiggere Omega Red congelandolo. Così facendo le persone rapite vengono liberate, e Colosso decide di rimanere in Russia per riparare i danni commessi da Omega Red.

Wolverine incontra Alpha Flight, un gruppo di mutanti canadesi capitanati da Vindicator di cui lui faceva parte in passato, e i suddetti lo catturano per sottoporlo a un esperimento: un generale di nome Chasen vuole infatti scoprire come abbia fatto Wolverine a sopravvivere dopo che gli è stato abusivamente impiantato dell'adamantio nelle ossa. L'esperimento viene condotto da Heather, moglie di Vindicator e amica di Wolverine, ma non ha successo. A questo punto i membri di Alpha Flight si rendono conto che Chasen non si è attenuto agli accordi che si erano preposti, perciò lo cacciano. I mutanti chiedono poi a Wolverine se voglia tornare a far parte del loro gruppo, ma lui rifiuta.

Ogni dieci anni due confraternite, quella degli assassini e quella dei ladri (di cui in passato faceva parte Gambit) sono tenute a dare un tributo alla potente External, una donna in grado di donare loro un enorme potere, ma anche di farli scomparire nel nulla nel caso in cui non le consegnino niente. Bella Donna, capo degli assassini nonché ex promessa sposa di Gambit, riesce a rapire quest'ultimo ingannandolo e a dare ai ladri un falso tributo, così che External li elimini. Dopo l'arrivo di External il suo piano sembra funzionare, ma Jean (che aveva raggiunto Gambit insieme a Wolverine e Rogue) riesce, tramite i suoi poteri telepatici, a far scoprire la verità a External, che scatena quindi la sua ira su Bella Donna.

Nell'anno 3999 Cable e altri uomini stanno combattendo contro Apocalisse, quando all'improvviso si scatena una cronotempesta, ovvero un evento che, a seguito di un cambiamento avvenuto nel passato, modifica il tempo per adeguarlo a quanto accaduto. Cable, intenzionato a fermare la cronotempesta, avendo scoperto che altrimenti la sua realtà cesserebbe di esistere, utilizza un oggetto futuristico per capire che cambiamento è avvenuto.

Per poter salvare la sua realtà, Cable viaggia nel tempo arrivando al momento in cui Alfiere è tornato negli anni '90 per fermare l'epidemia. Cable tenta inizialmente di far capire la situazione ad Alfiere discutendone ma, non riuscendoci, decide di usare le maniere cattive, e lo attacca. Utilizzando il suo elaboratore portatile, scopre poi che il superpotere di Wolverine è quello di avere un fattore di guarigione velocizzato, e crede quindi di aver trovato la soluzione ai suoi problemi: riesce a fare in modo che Wolverine venga infettato dal virus, venendo però guarito immediatamente. Così facendo il suo corpo può creare gli anticorpi necessari alla sopravvivenza dei mutanti, e Cable può tornare al suo tempo, ancora esistente.

Rogue è continuamente tormentata dalla visione di una donna misteriosa. Mystica prende le sembianze di tale donna per attirarla a sé e, non appena lei e Rogue si ritrovano insieme, Mystica le dice di toccarla. Così facendo Rogue scopre alcuni suoi vecchi ricordi che le erano stati tolti dalla mente da Xavier: dopo aver scoperto che fosse una mutante, il padre di Rogue l'ha ripudiata, e lei è scappata di casa. È stata quindi trovata da Mystica, che, trattandola come una figlia, l'ha accolta tra i suoi uomini e l'ha aiutata a comprendere al meglio i suoi poteri.

Bestia ha lavorato in un ospedale assieme al suo collega Bolson a un'operazione che dovrebbe permettere a Carly, una ragazza cieca, di riuscire a vedere. Tuttavia Bestia viene sollevato dal suo incarico poco prima dell'operazione, poiché il padre di Carly non sopporta l'idea che sua figlia venga operata da un mutante. Questo è un duro colpo per Bestia e Carly, dato che erano innamorati l'uno dell'altra. Bestia decide comunque di presentarsi alla fine dell'operazione, venendo visto dalla ragazza che, nonostante il suo aspetto mostruoso, ha una reazione totalmente positiva. Successivamente lei viene però catturata dagli Amici dell'Umanità, un gruppo di fanatici capeggiati da Creed che vogliono sterminare i mutanti.

In un mondo alternativo dove i programmi televisivi sono considerati della massima importanza, il mostro Mojo teme che un certo Longshot, che ha acquistato molta popolarità, possa superarlo per gradimento del pubblico. Rapisce quindi gli X-Men dalla Terra e li costringe a partecipare ai suoi programmi. Tuttavia Longshot, geloso del loro successo, boicotta la trasmissione e li fa tornare da dove sono venuti.

Nella Terra Selvaggia Xavier e Magneto vengono rapiti dai mutati, ovvero degli esseri a cui il secondo in passato aveva donato dei poteri che li fanno somigliare ai mutanti. Magnus infatti in passato era già stato nella Terra Selvaggia, e lì aveva creato una sorta di regno che aveva intenzione di governare. Tuttavia i mutati hanno ora un nuovo capo, e non ubbidiscono più a Magneto. Intanto Morph, ancora in uno stato confusionale che lo rende a volte rivale e a volte alleato degli X-Men, avverte questi ultimi del fatto che Sinistro voglia rapire Jean, cosa che in effetti riesce a fare. Successivamente la porta alla Terra Selvaggia, dove si scopre che è proprio lui il nuovo capo dei mutati. Uno dei suddetti, Sauron, riesce a ipnotizzare Xavier e a far sì che mandi un messaggio agli X-Men dicendo loro di raggiungerlo.

Gli X-Men raggiungono la Terra Selvaggia e, venendo privati dei loro poteri da Sauron, vengono facilmente catturati dai mutati, ad eccezione di Wolverine che riesce a fuggire. Sinistro ha quindi intenzione di utilizzare un macchinario per assorbire i poteri delle persone catturate e trasferirli ai suoi uomini, ma viene fermato da un gruppo di autoctoni, capitanati da Ka-Zar, un selvaggio che è stato incontrato da Wolverine e i cui compaesani sono stati in precedenza catturati da Sinistro. Gli X-Men riescono a sconfiggere il capo dei mutati facendolo andare in mille pezzi, ma nonostante ciò il suddetto risulta essere ancora vivo, e perciò Jean, tramite i suoi poteri, fa finire i suoi frammenti nello spazio, così da disperderli. Gli X-Men aiutano poi i selvaggi a riparare le loro abitazioni, che erano state precedentemente distrutte, e tornato poi alla scuola per mutanti con Morph, che Xavier ha intenzione di curare.