1999年、4月。東方という姓の人物を探して日本にやって来た空条承太郎は、駅前で不良に囲まれた少年に遭遇する。亀を傷つける不良に対して怒りもせず、頭を下げて謝る少年の姿に承太郎は不快感を抱くが…。

杜王町に潜む凶悪殺人犯・アンジェロのスタンドを目撃した仗助。何らかの方法で人間の体内に入るタイプのスタンドだと考えた承太郎は、自分が行くまで物を一切口にするな、水場に近づくなと仗助に注意するが…。

アンジェロのスタンド能力は、謎の弓と矢によって引き出されたものだった。しかも、それらにはどうやらDIOも関わりがあるらしい。仗助と承太郎は、弓と矢の行方を追うことを決意する。それから数日後…。

弓と矢で射られ瀕死の重傷を負った康一を助けるため、仗助は虹村邸の中へと歩を進める。すると天井の闇の中から無数の光が仗助を攻撃。間一髪でかわすも、攻撃を受けた億泰の顔面には無数の穴が開き…。

形兆を打ち破った仗助と康一は、これ以上被害者が出ないよう弓と矢を探して破壊することに。屋根裏部屋の奥でそれを見つけた2人だが、薄暗い部屋の奥からは何かを引っ掻くような音と奇妙な叫び声が聞こえ…。

自転車で学校へ向かう途中、康一は袋に入った猫をひいてしまう。慌てふためく康一の前に、小林玉美という男が現れる。事故にもかかわらず、彼は「猫を埋葬してやるから金を出せ」と言い、康一は呆気に取られるが…。

玉美から、ぶどうヶ丘高校の間田敏和がスタンド使いかもしれないと聞いた仗助と康一。仗助は間田のロッカーの中を調べるが、不思議な木製の人形が入っている以外、特に変わったところは見当たらず…。

同級生の山岸由花子から好きだと告白された康一。はじめは嬉しさを隠せなかったが、突然キレたり、しおらしくなったりする由花子の姿に引いてしまう。やがて、康一は彼女の好意に異常さを感じ始め…。

エスカレートする監禁生活に耐え切れなくなった康一は脱出を試みる。エコーズを使って周囲を捜索し、公衆電話を発見した康一は仗助たちに連絡を取ろうとするが、その考えは由花子に読まれていた。

杜王町に新しくできたイタリア料理店を訪れた仗助と億泰。この店は、シェフのトニオが客を見て料理を決めるという変わった料理店だった。トニオは億泰を快適な気持ちにするために、まず水を提供するが…。

ジョセフ・ジョースターの命を狙うレッド・ホット・チリ・ペッパーを倒すべく、仗助たちは港に集まっていた。承太郎は仗助と康一を港に残し、何かが飛び立ったら本体を探して撃退するよう命じる。

音石明を捕まえ、弓と矢を無事に回収することができた仗助たち。事件は解決し、杜王町には平和が戻る。そんなある日、仗助は遠くから母を見るだけという条件で父・ジョセフを自宅まで連れて行こうとするが…。

大人気漫画「ピンクダークの少年」の作者・岸辺露伴が杜王町に住んでいると知った康一と間田は、サインをもらおうと自宅を訪ねる。露伴はサインだけでなく、仕事場を見学するよう家の中へ招き入れてくれるが…。

いつの間にか露伴の自宅前にやって来ていた康一が恐る恐る家の中に入ると、そこにはものすごいスピードで漫画を描く露伴の姿があった。昨日、康一の体験を読んだことで創作意欲がかき立てられたのだという。

突然、承太郎からハンティングに誘われた仗助。その目的は、音石明によってスタンド能力を身に付けたネズミを狩りに行くというものだった。仗助たちは用水路で何十匹ものネズミの異様な死体を発見し…。

康一と露伴は、目の前に現れた地図にはない謎の小道を進む。するとそこには、空き家や電気の切れた自動販売機、地図に載っていない曲がり角や道が広がっていた。不思議に思う康一たちは、さらなる異変に気付き…。

貯金が底を突いた仗助の前に、1円玉を持った小型のスタンドが現れる。仗助が後を追うと、そこには新たなスタンド使い・矢安宮重清（重ちー）がいた。彼は自身のスタンド・ハーヴェストを使って小銭を集めており…。

500万円の当選宝くじを手に入れ銀行へ換金にやって来た仗助たちだったが、行員に怪しまれてしまう。自分たちで買ったとしらを切る仗助だが、宝くじの裏には別の人物の名前と電話番号が書いてあると指摘され…。

康一に全く振り向いてもらえず落ち込んでいた由花子は、幸福の顔を作るというエステを訪れる。エステティシャンに「愛と出会う顔」にしてもらった由花子が街に出ると、康一と遭遇しとても良い雰囲気になるが…。

パン屋でサンドイッチを買い、公園でランチを楽しむ吉良吉影。そこへ通り掛かった重ちーは、誤って自分のサンドイッチと吉良のサンドイッチの袋を取り違えてしまう。それに気付いた吉良は重ちーを追い掛けるが…。

吉良は杜王町に潜んでいた殺人鬼でありスタンド使いでもあった。秘密を知った重ちーを消そうとする吉良にハーヴェストで応戦した重ちーは、吉良のスタンド・キラークイーンの特殊能力により瀕死の重傷を負い…。

ボタンの持ち主を捜していた承太郎と康一は、靴のムカデ屋で吉良のスタンドが放つ第2の爆弾・シアーハートアタックに遭遇。逃げる吉良を追おうとする康一に、承太郎はシアーハートアタックを警戒するよう促す。

進化したエコーズACT3の能力でシアーハートアタックを重くした康一は何とか難を逃れるが、そこへ殺人鬼・吉良が姿を現す。強い怒りを感じた康一はACT3で吉良に対抗するが、全く歯が立たず…。

吉良の手掛かりを得るため、かつて吉良が住んでいた家を調査する仗助たち。承太郎は家の中の物から、吉良が高い知能と能力を隠すため、わざと自分の長所や短所を人前に出さない男だと分析する。

弓と矢を奪い仗助たちの元から逃走した吉良吉廣は、息子の吉影を守るためスタンド使いを探していた。矢に射抜きたい物を選べと告げると、矢はある人物を差す。その頃、露伴は通勤中の会社員を撮影していた。

顔を奪い、川尻浩作として生活を始めた吉良は、本性を隠したまま生きることにいら立ちを覚え始めていた。道行く女性を見ては自分の本性を打ち明けたい、その首を絞め殺してみたいという衝動を懸命に抑えていたが…。

チンチロリン勝負でのイカサマを感じた露伴は、自身の小指にペンを突き立てる。次の勝負で仗助のイカサマを見破れなければクレイジー・ダイヤモンドに治療を頼むが、見つければ仗助の小指をもらうと言い…。

露伴に窮地を救われた仗助は、謎の足跡型スタンドの本体を探す。どこまでも追ってくるスタンドをバイクで振り切り、康一に電話をしてエコーズで探してもらおうとするが、気付くと目の前には海が迫っていて…。

しのぶから、地下室で喉に大きな穴が開いたブリティッシュ・ブルー種の猫を見つけたと聞いた川尻。あの矢で射抜かれた猫なのではないかと考えた川尻が地下室へ様子を見に行くと、そこには死んだ猫の姿があり…。

吉影を捜していた吉廣は、川尻の姿を発見。間違いなく吉影だと確信した吉廣は近づこうとするが、その後ろで早人が川尻を隠し撮りしていた。このままでは見つかってしまうと考えた吉廣は、ある行動に出る。

火事の修理と見積もりのため、露伴の家に一級建築士の乙雅三がやって来る。乙を招き入れた露伴は、彼の奇怪な行動に興味を引かれる。その頃、仗助は未起隆を助けるため、再び鉄塔内で鋼田一と対峙していた。

乙の背中を見たことで、露伴はスタンドのチープ・トリックに取りつかれてしまう。チープ・トリックへの攻撃はそのまま本体である露伴自身に返ってきてしまうため、むやみに攻撃できない露伴は窮地に立たされる。

チープ・トリックの攻撃に困り果てた露伴は、康一を自宅に呼び出し助けを求める。だが、スタンドが取り憑いた背中をどうしても見せようとしない露伴の姿に不信感を抱いた康一は、怒って帰ってしまう。

追い詰められた川尻浩作は、早人を手に掛けてしまう。事故に見えるよう早人を殺害したが、露伴たちが早人の存在に気付き、明日にも川尻家を調べに来ようとしているという最悪のタイミングだった。

キラークイーン第3の能力、バイツァ・ダストで露伴を爆破し、同じ朝に戻ったと聞かされた早人は、キラ・ヨシカゲを倒せるのは露伴のような能力を持つ者だけだと思い、露伴を死なせずにキラのことを伝えようとする。

ストレイ・キャットの空気弾で吉良を殺そうとした早人の作戦は失敗に終わる。早人が何度も同じ朝を往復していると察した吉良は、これ以上同じ朝に戻らせるのは危険だと思い、バイツァ・ダストを解除しようと考える。

キラークイーンとストレイ・キャットの攻撃によって追い詰められた仗助と早人は近くの民家に逃げ込むが、そこへ空気弾が壁を擦り抜けて入り込んでくる。仗助は空気弾を視認できる状況にしてかわそうとするが…。

仗助たちはついに吉良を追い詰める。承太郎たちも集まり、絶望の淵に立たされた吉良だったが、それでもなお助けにやって来た救急隊員の女性にバイツァ・ダストを仕掛け、時間を吹き飛ばそうする。