2011년, 미국 플로리다. 누명을 쓰고 수감된 죠린에게 변호사가 전해준 펜던트. 아버지 죠타로가 남겨 두었단 이 물건에 닿는 순간, 죠린의 눈에 환각이 보이기 시작한다.

그린 돌핀 스트리트 교도소에 수감된 죠린이 이중인격자 게스와 한방을 쓰게 된다. 이 감방 동료는 수상한 앵무새를 키우고 있는데. 그건 분명 새의 탈을 쓴 다른 무언가였다.

어떻게 여기 어린애가 있지? 교도소 안에서 야구복을 입은 소년을 만난 죠린. 그런데 이 정체불명의 아이가 죠린에게 경고한다. 내일 면회 올 사람을 절대 만나면 안 된다고.

모든 것은 디오의 옛 부하 존갈리 A가 꾸민 함정이다. 수년 만에 만난 아버지 죠타로로부터 뜻밖의 얘기를 들은 죠린. 하지만 생각을 정리할 새도 없이 놈의 총탄이 날아든다.

죠린은 탈옥 미수로 징벌동에 수감된다. 한편 그 무렵 교도소 병실에 있던 에르메스는 새로운 스탠드 유저로 각성하는데. 그런데 그녀 앞에 맥퀸이라는 남자가 나타난다.

농장에서 수감자 두 명이 실종됐다. 수색대에 자원한 죠린과 에르메스. 둘은 화이트 스네이크가 농장에 숨긴 디스크를 찾아보는데. 그때 에르메스가 기묘한 사실을 눈치챈다.

습지대에서 돌연 죠린과 에르메스를 기습하고, 교도관을 살해한 정체불명의 스탠드. 그 본체를 찾기 위해 둘은 현재 남아 있는 다른 세 명의 멤버를 의심하기 시작한다.

캐치볼을 하는 죠린과 F.F에게 밀라숀이라는 여자가 내기를 제안한다. '둘이 백 번 연속 공을 주고받지 못한다'에 백 달러를 걸겠다는데. 수상하지만 거절하기엔 큰돈이다.

아버지 죠타로의 스탠드 디스크를 스피드왜건 재단에 전달하기로 한 죠린. 이제부터 교도관에 눈을 피해 교도소 중앙 정원으로 가야 하는데. 게다가 주어진 시간은 단 20분뿐.

새로운 적, 점핑 잭 플래시가 만든 무중력 공간에 갇힌 죠린과 웨더 리포트. 그리고 그 내부는 점점 진공 상태로 변해가는데. 빠져나가는 공기를 잡아둘 방법은 없는 걸까?

중앙 정원에 도달한 죠린을 기다리고 있는 낯선 교도관. 이 자가 스피드왜건 재단에서 보낸 사람인가? 한편 과거를 회상하는 푸치 신부는 '그 남자'와의 대화를 떠올린다.

에르메스의 모습이 보이지 않자 그녀의 과거를 조사하는 죠린. 같은 시각, 에르메스는 어떤 수상한 남자의 일거수일투족을 감시하고 있다.

에르메스가 원수를 갚기로 결심한다. 죠린과 F.F의 도움을 받아 스포츠 맥스와 싸우는데, 림프 비즈킷의 보이지 않는 공격은 너무나도 강력하다.

울트라 시큐리티 징벌동에 직접 가서 죠린을 구하려는 F.F. 동료 수감자인 나르시소 안나수이의 도움을 구해야 한다. 하지만 그건 그 자체로 위험한 선택일지도.

스탠드 서바이버가 징벌동 곳곳에서 난투를 일으킨다. 여기에 휘말린 죠린도 교도관과 격투를 벌이던 중, 상대가 스탠드 유저라는 것을 알게 된다.

아직 서 있는 수감자들을 수상하게 생각하며 주시하는 죠린. 그때 켄조라는 이름의 묘한 노인이 죠린에게 다가온다.

켄조의 스탠드와 F. F의 전투가 시작됐다. 체내의 수분이 줄어든 F.F는 곧 위기를 맞고, 죠린은 안나수이에게 도움을 요청한다.

뼈를 가지고 도망친 수상한 난쟁이를 죠린이 뒤쫓는다. 그리고 바싹 따라잡은 순간, 난쟁이의 몸에서 무언가가 자라기 시작한다.

습지대를 지나 탈주하는 죠린 일행. 하지만 정말 두려워해야 할 것은 추적해 오는 교도관들이 아닌, 다른 어떤 공격이었다.

안나수이와 죠린이 어떤 사실을 눈치채고 동요하기 시작한다. 한편 D&G를 쫓던 F.F는 화이트 스네이크 뒤에 있던 스탠드 유저가 누구인지 알게 된다.

웨더 리포트가 부른 폭우 덕분에 푸 파이터즈가 간발의 차이로 목숨을 건진다. 그리고 둘은 죠린, 안나수이와 합류하지만, 바로 불의의 기습이 이들을 덮친다.

죠린은 그린 돌핀 섬 탈옥이라는 불가능한 일을 실행하기로 결심한다. 그리고 그때 뮤뮤라는 이름의 교도관이 나타나 화이트 스네이크의 메시지를 전해주는데.

제일 하우스 록의 능력 때문에 한 번에 세 가지밖에 기억하지 못하게 된 죠린. 하지만 자신이 손에 적어둔 어떤 중요한 메모를 보게 된다.

다음 신월까지 남은 시간은 5일. 그 사이 죠린보다 앞서기 위해 북쪽으로 가던 푸치 신부는 한 병원 앞에서 인질로 붙잡힌다.

스탠드 보헤미안 랩소디의 공격을 받고 육체와 영혼이 분리돼 버린 안나수이. 자기 몸을 되찾기 위해 웨더 리포트와 떨어져 개별 행동을 하기로 한다.

로메오의 헬리콥터를 타고 케이프커내버럴로 향하는 죠린 일행. 그러나 비행 도중 무언가의 기습을 받고 어쩐지 자꾸 눈이 감기는 증상을 겪는다.

리키엘과의 싸움을 끝낸 죠린은 웨더 리포트와 관련된 충격적인 사실을 알게 된다. 그리고 에르메스와 함께 병원에 들어간 죠린은 바닥에 뚫린 구멍을 발견한다.

베르사스의 스탠드 능력에 당한 죠린은 추락하는 비행기의 기억 속에 갇히고. 죠린이 비행기 밖으로 뛰어내려 공격을 날려 보지만 베르사스에겐 닿지 않는다.

기억을 되찾은 웨더 리포트가 무의식중에 자신의 가공할 능력인 헤비 웨더를 발동시킨다. 그리고 여기에 휘말린 사람들이 속속 달팽이로 변해 간다.

쌍둥이 동생과 함께 태어난 푸치 신부. 그런데 누군가 이 동생을 불운한 어떤 아기와 바꿔치기한다. 그 뒤 청년이 된 푸치는 디오라는 이름의 낯선 남자를 만난다.

한시라도 빨리 웨더 리포트의 스탠드를 막기 위해 죠린 일행은 본체가 있는 곳으로 달려간다. 한편 웨더 리포트는 푸치 신부를 응징하기로 결심한다.

웨더 리포트의 스탠드 디스크를 손에 넣은 죠린은 푸치 신부를 쫓아 케이프커내버럴로 향한다. 그리고 그 무렵, 푸치 신부의 몸에선 이변이 일어나기 시작하는데.

푸치 신부의 새로운 '스탠드 씨 문'. 화이트 스네이크와 녹색 아기를 합친 듯한 모습에, 접촉한 모든 것의 안과 밖을 뒤집어 버리는 능력을 갖추었다. 죠린은 이 강적을 상대로 고전하는데.

씨 문의 공격을 받고 안팎이 뒤집어진 죠린. 그럼에도 아직 죠린이 살아 있다는 것을 느낀 푸치 신부는 죠스타 가문의 혈통을 완전히 끝내기 위해 그녀의 뒤를 쫓는다.

푸치 신부의 몸에서 눈부신 빛줄기들이 쏟아져 나온다. 그리고 죠린 일행이 정신을 차리자, 신부의 모습은 보이지 않고 중력은 정상으로 돌아와 있다.

푸치 신부의 새 '스탠드 메이드 인 헤븐'의 초월적인 스피드에 압도당하는 죠린 일행. 그때 안나수이가 스스로 미끼가 돼 죠타로가 반격할 기회를 만든다.

맹렬한 속도로 가속한 시간은 우주를 일주하게 해 원점으로 되돌린다. 엠포리오는 그린 돌핀 스트리트 교도소에서 눈을 뜨고, 인류는 새로운 세계에 들어선다.