Después de los eventos de Danganronpa 2: Goodbye Despair, Makoto Naegi, la última esperanza, y sus compañeros de antiguos compañeros de clase, Kyoko Kirigiri, Aoi Asahina, y Yasuhiro Hagakure, se unen a una sucursal en el extranjero de la Academia abandonado el Pico de la Esperanza, donde los miembros superiores de la Fundación Futuro se ensamblan. A su llegada, el vicepresidente Kyosuke Munakata pone a Makoto bajo arresto, acusándolo de traición por albergar a los Remnants of Despair; aquellos que continuaron los malos deseos de la Máxima Desesperación, Junko Enoshima, después de su muerte. En ese momento, la instalación es atacada por un misil, cortando todas las salidas y atrapando a Yasuhiro en el exterior, antes de que una ronda de gas para dormir deje inconscientes a todos los demás.

FUTUR ARC. Monokuma revela las reglas de su nuevo juego "Monokuma Hunter", en el que cada uno de los participantes lleva un brazalete que, después de un límite de tiempo, pondrá a todos a dormir durante un corto período de tiempo. Durante este tiempo, un atacante designado se despertará entre ellos y matará a uno de los otros participantes, lo que significa que deben tratar de determinar quién es el verdadero atacante y matarlos antes de que maten a los demás. Además, si alguien realiza una acción prohibida personalizada, se le inyectará un veneno mortal. La terapeuta Miaya Gekkogahara intenta hackear a Monokuma con su programa Usami, pero Monokuma le rompe la espalda y transforma a Usami en Monomi. Cuando el boxeador Juzo Sakakura comienza a actuar violentamente contra el animador Ryota Mitarai, el granjero Daisaku Bandai termina desencadenando su acción prohibida, siendo testigo de la violencia de los participantes, y es asesinado por el veneno en su brazalete. Mientras Kyosuke y Juzo acusan a Makoto de ser el traidor e intentan matarlo, el luchador Great Gozu se enfrenta a ellos y escapa con Makoto, Aoi y Miaya. Sin embargo, después de que todos se duermen después del segundo límite de tiempo, Makoto se despierta y descubre a Aoi aparentemente empalada con un cuchillo.

FUTUR ARC. Makoto se siente aliviado al descubrir que el presunto apuñalamiento de Aoi fue solo una broma infantil, solo para descubrir que el atacante realmente había matado a Great Gozu en su lugar. Con la esperanza de evitar nuevos asesinatos, Makoto utiliza el intercomunicador para comunicarse con los otros participantes, explicando cómo trató de ayudar a los Remanentes de la Desesperación, mientras que también revela su acción prohibida, corriendo en los pasillos, para ganarse su confianza. Mientras tanto, la farmacéutica Seiko Kimura acusa a la dulcera Ruruka Ando de ser la traidora, tomar algunas drogas para transformarse y perseguir a Ruruka y al herrero Sonosuke Izayoi. Mientras Juzo persigue a Kyoko, que está con Ryota y el presidente Kazuo Tengan, Kyosuke, creyendo que Makoto no tiene la desesperación de hacer que sus palabras sean creíbles, ataca a Makoto.

FUTUR ARC. Cuando Kyoko termina torciéndose el tobillo después de que Ryota aterriza sobre ella, Kazuo logra noquear a Juzo cuando baja la guardia. Mientras tanto, Kyosuke logra capturar a Makoto, anunciando su intención de ejecutarlo para atraer al atacante. Le explica a Makoto que sospecha que el traidor puede elegir terminar el juego de matar prematuramente, encuadrar a uno de los líderes muertos por sus crímenes y manipular a Makoto para que destruya la Fundación del Futuro desde el interior, sintiendo que todos, incluido él mismo, deberían morir para evitar esta. Mientras Kazuo se enfrenta a Kyosuke, ayudando a Aoi y Miaya a escapar con Makoto, Kyoko y Ryota, junto con el explorador Koichi Kizakura, observan los cadáveres y reflexionan sobre los motivos del atacante. Después de una batalla feroz, tanto Kyosuke como Kazuo terminan cayéndose de una pasarela, y Kazuo está empalado en un pedazo de escombros abajo. Mientras tanto, cuando Juzo persigue a Makoto y Aoi, se revela que Miaya es en realidad un robot controlado por el ex líder de los Guerreros de la Esperanza, Monaca Towa.

FUTUR ARC. Enfrentada por Sonosuke y Ruruka, Seiko recuerda cómo su amistad con Ruruka se agrió con el paso de los años. Justo cuando arrincona a Ruruka, ella deduce la acción prohibida de Seiko, dejando que alguien pise su sombra. Mientras tanto, Kazuo, cuya acción prohibida lo obliga a responder preguntas con sinceridad, le dice a Kyosuke la identidad del atacante, sacando su ojo antes de matarlo. Cuando Yasuhiro, atascado fuera del edificio después del ataque inicial, es atacado por un helicóptero, la explosión revela una entrada secreta oculta que Sonosuke descubre. Rechazando la oferta de Ruruka de matar a Kyosuke a cambio de su vida, Seiko toma más drogas y destruye todas las luces en la habitación, pero su persecución se detiene cuando es noqueada por las armas de Miaya. Lamentando que no pudo salvar a nadie,

FUTUR ARC. Después de mirar por encima del cuerpo del Gran Gozu, el grupo de Kyoko descubre que, junto con Seiko, Sonosuke también ha sido asesinado con un cuchillo en el pecho, y pronto se encuentra con un asustado Ruruka. Mientras tanto, Makoto se da cuenta de que las reglas del juego en realidad no prohíben a nadie escapar, logrando ponerse en contacto con su compañero Byakuya Togami para contarles sobre el juego de matar de Monokuma. Byakuya le informa a Makoto que, junto con el hecho de que el juego de matar no se está transmitiendo como lo dijo Monokuma, Kyosuke ha declarado un asalto a Jabberwock Island, donde se encuentran los Restos de la Desesperación recuperados. Ocultando el hecho de que la verdadera Miaya Gekkogahara está realmente muerta, Byakuya, creyendo que Monaca es la mente maestra, recurre a la ayuda de Komaru, la hermana de Makoto y su ex compañero de clase Toko Fukawa en Towa City para buscarla, mientras que él mismo se pone en camino para rescatar a los miembros de la Fundación del Futuro capturados. Mientras tanto, una flota de acorazados se acerca rápidamente a Jabberwock Island, donde Hajime Hinata, que aún porta el ojo rojo de Izuru Kamukura, espera indiferente.

Recibiendo ayuda de los antiguos Warriors of Hope, Komaru y Toko, junto con el alter ego psicótico de este último, Genocider Sho, se dirigen al escondite de Monaca. Al enfrentarse a Monaca, las chicas se sorprenden al descubrir que Monaca ha abandonado repentinamente la desesperación. Revelando que ella ha tenido ninguna participación en el juego de matar fuera de la sustitución de Miaya con un robot y fingiendo la muerte de Aoi por su propia diversión, Monaca deja tras de sí algunas palabras inquietantes sobre Makoto antes de lanzarse a sí misma en el espacio para convertirse en un NEET . Después, Komaru contacta a Makoto y Aoi a través del robot Miaya, transmitiendo la advertencia de Monaca de que uno de los sobrevivientes originales de la escuela de mutilación mutua de Hope's Peak Academy supuestamente morirá por culpa de Makoto.

FUTUR ARC. Cuando Byakuya llega a la instalación, logrando sacar el helicóptero que perseguía a Yasuhiro, el robot Miaya cambia a control automático y se enfrenta a Kyosuke. Mientras tanto, mientras Juzo se prepara para atacar a Kyoko, Koichi, deduciendo que la acción prohibida de Juzo le impide golpear a alguien, lo atrae hacia una trampa activada en el piso. En ese momento, Ruruka se desploma en el suelo debajo de Kyoko, lo que provocó que Koichi rompiera su acción prohibida; abriendo su mano izquierda, para salvarla, muriendo por el veneno de su brazalete como resultado. Después de que Ruruka no logra controlar a Juzo con sus dulces, Kyoko deduce que Ruruka fue quien mató a Sonosuke, quien en realidad murió por el veneno de su brazalete después de comer uno de sus dulces. Kyoko luego revela la salida secreta que Sonosuke había encontrado, deduciendo que Ruruka había matado a Sonosuke para evitar que desencadenara su propia acción prohibida; dejar que alguien salga del área de juego. Justo cuando Byakuya se las arregla para entrar en la instalación, él y su equipo activan inadvertidamente una bomba que hace que la instalación comience a colapsar.

FUTUR ARC. La salida secreta resulta ser un callejón sin salida, con Kyoko que revela que el área del juego se está llevando a cabo en una instalación idéntica ubicada bajo el agua. Después de destruir el robot Miaya y recuperar un módulo de datos que contiene información sobre las acciones prohibidas de todos, Kyosuke de repente se vuelve contra Juzo y lo apuñala con su espada. Mientras tanto, Makoto y Aoi se encuentran con Kyoko y Ryota para discutir la situación antes de que se pongan a dormir antes del próximo límite de tiempo, durante el cual Ruruka es asesinado por el atacante. Sin embargo, al despertar, Makoto y los demás se sorprenden al descubrir que Kyoko ha sido envenenada por su acción prohibida, que se activa si Makoto sobrevivió más allá del cuarto límite de tiempo. En ese momento, Kyosuke llama a Makoto para que se establezca de una vez por todas, cuya esperanza es más justa.

FUTUR ARC. futur arc.Al darse cuenta de que Kyoko se mantenía callada sobre su acción prohibida para poder seguir viviendo, Makoto deja a Aoi y Ryota con Kyoko mientras se pone en camino para enfrentarse a Kyosuke. Kyosuke comienza a buscar a Makoto en todas las instalaciones, superando cada trampa que Makoto establece para él. Aprovechando la acción prohibida de Kyosuke, abriendo puertas, Makoto logra atraer a Kyosuke a una habitación cerrada donde matarlo lo dejaría atrapado, dándoles la oportunidad de hablar. Kyosuke revela el mensaje final de Kazuo de que el atacante no es solo una persona, sino todos los miembros de la Fundación Futuro que participan en el juego, presentando evidencia que encontró probando que Chisa era un Remanente de la Desesperación. A pesar de escuchar esto, Makoto afirma que incluso si todos fueran Remanentes de la Desesperación, todavía se sentiría feliz de haber conocido a Kyoko, llevando a Kyosuke a darse cuenta de lo mucho que se preocupaba por Chisa. A medida que Kyosuke pierde su voluntad de seguir luchando, aparece Aoi con la libreta de Kyoko, que supuestamente revela quién es el verdadero atacante. Mientras tanto, en Jabberwock Island, un solo barco se escapa del bloqueo de Future Foundation alrededor de la isla.

FUTUR ARC. Las notas de Kyoko revelan que todos los que presuntamente fueron asesinados por el atacante se suicidaron, y todas las muertes se produjeron en habitaciones con monitores. Para probar esta teoría, Makoto hace que los otros lo amarren delante de un monitor antes del próximo límite de tiempo. Mientras los otros duermen seguros en otra habitación, Makoto se despierta con una grabación de Monokuma y muestra un video subliminal que lo vuelve loco con visiones de todos sus compañeros de clase muertos. Justo cuando Makoto llega al borde de la desesperación y se prepara para suicidarse, es detenido por Juzo, que se había cortado la mano junto con su brazalete para observar al atacante. Al enterarse de lo que Makoto había descubierto sobre el atacante, Juzo se niega a volver con los demás, sintiéndose culpable por haber traicionado a Kyosuke después de haber sido chantajeado por Junko. Juzo además revela que odiaba a Makoto por ser el que derrotara a Junko, negándole su propia oportunidad de vengarse de ella. Después de que Makoto informa sus hallazgos, Kyosuke les dice a los demás que el juego probablemente fue creado por Kazuo, creyendo que era uno de los Remanentes de la Desesperación y señalando que solo él podría haber manipulado los monitores. Usando lo último de su fuerza, Juzo se dirige a la sala de energía para cortar el suministro de energía en las cercanías y deshabilitar los monitores y brazaletes, desangrándose para cuando Kyosuke lo encuentre. Mientras tanto, cuando Ryota se enfrenta a Makoto por las técnicas utilizadas en el video de Monokuma, recibe un mensaje en su teléfono de Kazuo. Kyosuke les dice a los otros que el juego probablemente fue creado por Kazuo, creyendo que él era uno de los Remnants of Despair y señalando que solo él podría haber manipulado los monitores. Usando lo último de su fuerza, Juzo se dirige a la sala de energía para cortar el suministro de energía en las cercanías y deshabilitar los monitores y brazaletes, desangrándose para cuando Kyosuke lo encuentre. Mientras tanto, cuando Ryota se enfrenta a Makoto por las técnicas utilizadas en el video de Monokuma, recibe un mensaje en su teléfono de Kazuo. Kyosuke les dice a los otros que el juego probablemente fue creado por Kazuo, creyendo que él era uno de los Remnants of Despair y señalando que solo él podría haber manipulado los monitores. Usando lo último de su fuerza, Juzo se dirige a la sala de energía para cortar el suministro de energía en las cercanías y deshabilitar los monitores y brazaletes, desangrándose para cuando Kyosuke lo encuentre. Mientras tanto, cuando Ryota se enfrenta a Makoto por las técnicas utilizadas en el video de Monokuma, recibe un mensaje en su teléfono de Kazuo.

FUTUR ARC. El mensaje de Kazuo contiene un video que revela que él era el cerebro detrás del juego de matar. Al negarse a huir, Ryota explica cómo Junko usó sus técnicas de lavado de cerebro para crear un video de desesperación que hipnotiza a las personas para que se conviertan en Remnants of Despair. Con su acción prohibida que ya no le impide usar su talento, Ryota anuncia sus intenciones de transmitir un "video de esperanza" que lavará el cerebro de todos en el mundo para seguir la esperanza, usándola para controlar temporalmente a Aoi y hacerla contener a Makoto mientras escapa . Makoto pronto se da cuenta de que Kazuo no era en realidad un Remanente de la Desesperación y solo había iniciado el juego de la muerte para obligar a Ryota a utilizar su video de esperanza, sin pretender que fuera un participante. El grupo se da cuenta de que un mundo consumido por la esperanza no sería mejor que uno consumido por la desesperación y la determinación de detener a Ryota. Son atacados por un equipo de soldados con el cerebro lavado por Ryota; Kyosuke lucha contra los soldados para comprar el tiempo a los demás, Aoi recibe un disparo y se ve obligada a quedarse atrás, y Makoto es acorralado por los soldados. Mientras Ryota prepara su video para la transmisión mundial, Makoto es rescatado por Byakuya y Yasuhiro, mientras que Hajime llega y comienza a hacer su movimiento.