与47名村人一起住在小村庄的少女艾，从过去是“守墓人”的母亲手中，接下了“守墓人”的工作。艾每天都持续挖掘还用不到的墓穴，但是某一天，她发现村人都不见了。艾在村子里到处找人，这时她面前出现一名自称是“食人玩具”的男性。汉普尼说要委托艾进行守墓人的工作，在他带领下，艾看到了难以置信的景象。

艾与汉普尼遇见一位自称叫做疤面的守墓人。汉普尼说疤面那样的人才是守墓人，艾并不是。但是疤面却说艾是守墓人，这让艾非常高兴。在告别疤面之后，艾离开了已空无一人的村子，要去寻找需要自己这个守墓人的人。可是汉普尼却逼艾忘掉自己是守墓人的事，遭到拒绝后还举枪相向。

对于艾询问去向的问题，汉普尼回答说他要寻找哈娜，还说不老不死的他要寻找死去的方法。就在两人边谈边走过吊桥的时候，艾突然被汉普尼一脚踢下河。艾差点溺死，不过惊险的被尤力给救上岸。汉普尼的行为让艾很生气，可是尤力告诉她，吊桥在那之后立刻就遭人袭击了。

弄到破旧的厢型车，继续旅行的艾等人，救起了一名倒在路上、蓝发黑眼的美少年。这名叫做齐利科的少年告诉众人，他是遭到强盗攻击后趁隙逃出来的。听到齐利科是在附近的大都市欧塔斯的公所实习，尤力提议要送他到邻近城镇。艾质疑为什么不能直接送他回去，尤力也只是回答说有点不方便，含混带过。

欧塔斯是个有无数死者居住的城市。隐瞒活人的身分，进入城里的艾，很享受在欧塔斯的生活。看到这样的艾，齐利科产生疑问，问艾为什么不像普通活人一样厌恶死人。结果艾直接告诉齐利科，自己是由死人养大、以及自己是守墓人的事。而且艾还开口询问，为什么在欧塔斯这里，只有齐利科是活人。而齐利科的回答是，他也是死人。

艾被强行带入葛拉学园,发现葛拉学园强制监禁有超能力的孩子,并与艾利斯在钟塔相遇.艾利斯和男生们在夜晚准备挖地道逃出学院,由于幽灵故意的错误指挥,挖入了女生们正在洗的浴室里。

艾组织大家召开出逃大会，可蜜蜜、梅梅和塔尼亚说即使逃出去也无家可归，拒绝逃跑，然而艾仍旧锲而不舍的劝说塔尼亚，当天艾利斯打开了铁格栅，大家决定今晚就出逃，蜜蜜、梅梅也决定和大家一起，可不愿留下塔尼亚一人的艾希望大家给她一天时间说服塔尼亚，她将逃跑的时间告诉塔尼亚，被艾勇气所鼓舞的塔尼亚最终和大家一起逃出学院，恰好这时尤力赶来接艾，而回到车上的艾发现疤面离开了。

安顿好葛拉学园的朋友们，艾利斯、蒂伊和艾等人在巫拉双胞胎姐姐瑟利卡的指引下，踏上了寻找疤面的旅程。途中，蒂伊想起艾利斯被遗忘的生日，大家开开心心的为艾利斯庆祝生日之后继续前进，前方雾气原来越大，蒂伊决定离开，原来这里是守墓人诞生之地，找到疤面后，在尤力的劝说下，她和大家一起离开。

一行人来到一座废墟之城，在艾利斯的带领下大家穿过未名境界线，到达彼岸被禁锢的三年四班所在的世界。这里安静平和且没有死人气息，艾等人还见到了实体蒂伊，几日后，艾察觉到了这里的异样，艾利斯告诉她这个世界是三年四班强烈祈愿而建筑的虚构之所，是以一年为周期而进行循环假象空间，对于想要打破这个世界的艾利斯来说他还有个敌人，那就是蒂伊。

在艾13岁的生日上，艾利斯告诉她蒂伊曾和他一起为拯救三年四班而努力，但渐渐的蒂伊像变了个人，她希望这个世界可以一直存在下去。在文化祭节目投票上，因为艾的存在颠覆了原有的结果，世界因此发生变化，艾一路跟随艾利斯留下线索的足迹，却碰了蒂伊，原来蒂伊已死，她为了能和艾利斯存在于同一个世界，不断的进行阻挠，即就是，要想打破这个世界，蒂伊必须牺牲。

为了不让自己消失，蒂伊把艾利斯和艾骗到篮球场，而自己则去三年四班解除所有人的记忆限制想要将世界重置，空间也因三年四班同学们回忆的解除而不断发生变化，当艾利斯和艾赶到教室时，蒂伊已准备从教室跳下去，然而就在那一瞬间，艾利斯将蒂伊拉住，这时蒂伊才知道，原来死去的不是自己而是艾利斯。