Deathstroke (Slade) veut tester Mammoth, Jinx et Gizmo, trois jeunes talents de la H.I.V.E Academy, en leur demandant d'éliminer les Jeunes Titans. Les deux groupes se confrontent et s'ensuit la disparition de Robin. Les Titans retournent à leur tour, mais en sont chassés par leurs trois ennemis, qui s'y installent. Robin de retour, les cinq héros retournent chez eux pour déloger les trois intrus, c'est là qu'ils entendant parler de Deathstroke. Malgré la défaite des trois, Deathstroke est ravi, car son message a été transmis.

Starfire est poursuivie par de mystérieux robots-pieuvres roses, qu'elle neutralisent avec ses amis. Peu après survient Blackfire, sœur de Starfire, qui fait tout pour se faire apprécier des Titans. Cela donne à Starfire l'impression que ses amis l'oublient au contact de Blackfire. Les robots-pieuvres reviennent et les Titans les combattent. Ils s'avèrent qu'ils appartiennent à des policiers intergalactiques venus arrêter Starfire, qu'ils croient coupable d'un vol. Mais le bijou volé a été offert par Blackfire à sa sœur : c'est donc elle la coupable. Starfire aide les policiers à la neutraliser et elle se retrouve innocentée.

Tentant d'arrêter Cinderblock, Robin et Cyborg se télescopent, laissant échapper leur ennemi. Après une dispute entre les deux, Cyborg décide de quitter l'équipe. Entre-temps, sur la demande du mystérieux Deathstroke, Cinderblock libère Plasmus, contre lequel les quatre autres Titans devront combattre.

Mis en mauvaise posture, ils ne devront leur victoire qu'à l'intervention de Cyborg, qui a choisi de revenir vers ses amis, et en a profité pour neutraliser au passage Cinderblock ce qui met Deathstroke hors de lui.

Tonnerre et Éclair, deux frères ayant des pouvoirs liés à la foudre, cherchent à "s'amuser" en détruisant la ville. Les Titans les combattent, et Changelin (Beast Boy) cherche à raisonner Tonnerre, moins agressif que Éclair.Les deux frères seront ensuite guidés par Deathstroke (Slade), déguisé en vieux maître d'arts martiaux, afin de créer à leur insu un monstre géant. Raisonné une nouvelle fois par Changelin, Tonnerre décide de l'écouter et parvient à convaincre son frère d'aider les Titans à stopper le monstre, qui menace de détruire la ville. L'intervention des deux frères sera décisive pour la victoire finale des cinq héros.

Cyborg se retrouve confronté à un problème de batterie alors que le groupe combat le magicien Mumbo. Il finit par tomber en panne et ses amis perdent sa trace. Persuadés que Mumbo l'a enlevé, ils pourchassent ce dernier. Mais Cyborg a en fait atterri chez Fixit, un être spécialisé dans les réparations, qui veut retaper complètement Cyborg. Mais Fixit refuse ensuite de laisser Cyborg partir, car selon lui, il sera mieux avec lui, parmi les pièces détachées. Les Titans, de leur côté, finissent par neutraliser Mumbo, mais comprennent que leur ami est ailleurs. Ils finissent par le retrouver et celui-ci parvient finalement à raisonner Fixit.

Cyborg et Changelin (Beast Boy) s'introduisent dans la chambre de Raven et utilisent maladroitement un miroir magique, qui agit comme portail vers l'esprit de Raven. Une fois dans ce monde sombre, ils rencontrent différentes incarnations des émotions de Raven : la Raven Rose (Joyeuse), la Raven Grise (Timide) et la Raven Verte (Brave) qui détruit le gardien d'un labyrinthe ayant attaqué Cyborg et Changelin. La véritable Raven les rejoint et se fâche contre eux, mais à ce moment apparaît Trigon, le démon père de Raven. Les trois amis le combattent, mais leur énergie est insuffisante à le détruire. Raven fusionne alors avec toutes ses incarnations (six Ravens de couleurs différentes) et devient Raven blanche, qui elle parvient à vaincre Trigon... derrière lequel se cachait en réalité Raven Rouge (Furieuse). Les trois Titans reviennent dans leur monde et Raven pardonne à Cyborg et Changelin leur imprudence vis-à-vis du miroir.

Le Maître des marionnettes envoie cinq marionnettes à l’effigie des Jeunes Titans à ces derniers. Son but est d'enfermer les esprits des Titans dans les marionnettes, qu'il détruira ensuite. Mais Starfire et Raven échappent au sortilège alors qu'il n'était pas terminé et leurs esprits s'inversent dans leurs corps. Raven, emprisonnée dans le corps de Starfire, ne parvient pas à voler, et Starfire, bloquée dans celui de Raven, peine à maîtriser les pouvoirs sombres de son amie, qui sont liés aux émotions (et Starfire a tendance à hélas laisser ses émotions déborder sans retenue !). Conscientes de leurs handicaps, elles décident de s'entraider, chacune donnant à l'autre des conseils pour maîtriser leurs pouvoirs respectifs. Elles y parviennent finalement et retournent affronter le Maître de Marionnettes, qu'elles finissent par vaincre, libérant par la suite leurs amis après avoir détruit la commande de contrôle de l'inverseur d'esprits.

Trident des Abysses, se prenant pour un être parfait, veut conquérir la surface en se multipliant. Dans ce but, il dérobe des cargaisons radioactives et s'en sert pour ses noirs desseins. Les Titans partent à sa recherche à bord de leur appareil amphibie, mais se retrouvent en mauvaise posture après un combat contre Trident. Ils doivent leur salut à Aqualad, un être originaire d'Atlantis, qui ne laissent pas les deux jeunes filles indifférentes. Changelin et lui vont désormais entretenir une rivalité, chacun prétendant vaincre Trident à lui tout seul. Mais après avoir combattu sans succès Trident, chacun de son côté, ils comprennent qu'il y a en fait plusieurs Tridents. Ils découvrent une grotte dans lequel des centaines de matrices fabriquent de nouveaux Tridents. Unissant leurs efforts au lieu de se quereller, ils parviennent à contrer Trident, avant que leur amis, dont l'appareil a été réparé par l'ami d'Aquald, ne scellent la grotte d'un tir de missile, y emprisonnant pour toujours l'armée de clones.

Les Titans doivent à nouveau affronter les sbires de Deathstroke, qui volent des puces dans un but mystérieux. Mais leur tâche se complique lorsqu'un nouvel ennemi, Red X, fait son apparition. Ce dernier propose à Deathstroke une association, mais le vieil ennemi des Titans lui fait passer un test : il devra encore voler 2 autres puces pour prouver sa loyauté. Red X s'exécute, neutralisant au passage nos 5 héros, et propose à Deathstroke de se rencontrer. Or, il s'avère que Red X n'est autre que Robin, qui espère, grâce à son déguisement et à ses actes de bravoure, pouvoir approcher son ennemi et le vaincre. Mais celui-ci le démasque et Robin le combat, tandis que ses amis se chargent de ses hommes de main. Mais il s'avère que le soi-disant Deathstroke est en fait un simple robot. Robin devra donc attendre encore avant de rencontrer face-à-face l'antagoniste principal des Titans.

Mad Mod, un Anglais obsédé par les bonnes manières, retient les Titans prisonniers dans sa dimension et tente de les éduquer grâce à l'hypnose. Seul Changelin y succombera. Ses amis combattent de leur mieux Mad Mod, dont l'univers est rempli de trompe-l'œil, de faux-semblants et autres illusions d'optique. Mais les pièges ne manquent pas et les contrer devient difficile. Après une folle course-poursuite, les Titans rattrapent finalement Mad Mod, qui envoient tous ses gadgets contre eux simultanément. Mais Robin parvient à trouver une faille et découvre celui qui tire les ficelles. Ayant détruit l'ordinateur, il provoque du même coup l'effondrement de la dimension parallèle. Les Titans peuvent donc s'échapper et revenir dans leur monde.

Robin, que ses amis recherchent, est forcé d'abandonner son costume pour un autre semblable à celui de Deathstroke. Il se voit obligé de dérober des armes et les ramener à son "nouveau maître" afin que celui-ci augmente sa propre puissance. De plus, le malfaiteur borgne ambitionne de devenir comme un père pour Robin, celui-ci répond qu'il a déjà un père, phrase suivie d'une envolée de chauve-souris. Les Titans, intervenant lors d'une nouvelle effraction, ont la surprise de voir que le voleur n'est autre que leur ami disparu.

Mais, n'ayant d'autre choix, ils sont forcés de le combattre, sans toutefois parvenir à l'arrêter. Robin se rebelle et combat Deathstroke, cherchant également à reprendre la télécommande dont dépend la vie de ses amis. Mais Deathstroke appuie sur le bouton fatal, condamnant les 4 autres Titans. Robin fait en sorte d'être lui aussi envahi de nano-explosifs, donc condamné à mourir, mais son ennemi, ne supportant pas de voir son "fils" mourir, élimine les mini-explosifs chez les 5 Titans. Robin le combat une nouvelle fois, mais Deathsroke parvient in extremis à s'enfuir, au moment où sa véritable identité risquait d'être révélée.

Cyborg a mis au point une voiture pour les Titans, baptisée la T-Car. Il l'étrenne en emmenant ses amis en ville... mais sa voiture est volée ! , Raven le console, puis tous deux retrouvent les voleurs et les poursuivent. Ils récupèrent la voiture mais doivent affronter Gizmo, des H.I.V.E. Five (voir "Examen Final"), puis Overload, un monstre constitué d'électricité. Au terme de l'affrontement contre ce dernier, la voiture de Cyborg finit... en pièces détachées !, Très affecté, il est une fois encore consolé par Raven, qui décide de l'aider à reconstruire la T-Car. Et une fois le travail achevé, une fois n'est pas coutume, Raven offre à son ami... un large sourire !