Fraîchement arrivée à Méanville, Bianca compte défier Inézia, la championne d'arène. Malheureusement, son père l'a retrouvé et veut l'obliger à retourner à Renouet, loin des combats Pokémon.

Après le combat proposé par Bianca, Inézia doit relever celui Sacha. Mais il semblerait que vouloir une stratégie parfaite ait rendu ce dernier un peu tête en l'air...!

Avec un badge en plus, Sacha et Co s'aventure dans le métro de Méanville. Pendant que Iris et Sacha en profitent pour visiter le parc, Rachid s'engage dans une course aux cachets. Sur son chemin, il croise une jeune fille qui semble avoir perdu quelqu'un. Et du côté de Sacha et Iris, ils ont aperçu un Coupenotte perdu...!

Sacha, Iris et Rachid arrivent à la rue de artistes de Méanville, là ils rencontrent Niko qui prétend être à la recherche de Goyah, le champion d'Unys. Goyah va servir d’électrochoc aux enfants en ce qui concerne leur objectif dans la vie. Goyah affronte alors Sacha dans un match, mais un Gigalithe sème la pagaille en ville et Goyah se doit d'agir.

Sur la route vers Port Yoneuve, Sacha et Co rencontre un dresseur avec un trio de Maracachi peu prometteur. Le dresseur veut faire revivre sa ville natale grâce au spectacle que les Maracachi vont faire au Musical de Méanville. Mais un des Maracachi a peur du vide et le pas final est une pirouette dans les airs.

La Scrutella d'une dresseuse semble être tombée amoureuse du Bagguiguane de Sacha. Etant très capricieuse, elle demande à sa dresseuse de faire un marché avec Sacha : S'il perd en combat Pokémon, Bagguiguane devra suivre Scrutella dans son voyage. Et cette nouvelle semble effrayé Coupenotte.

Dans une garderie Pokémon, Sacha et Co doivent aider le pauvre gardien Pokémon dans son travail. En visitant le jardin, Iris aperçoit un jeune Solochi qui ne se plait pas beaucoup avec ses autres amis Solochi. Son dresseur lui manque. Iris décide d'attendre ledit dresseur avec lui.

Bardane, le champion d'arène, ayant refusé le combat de Sacha, le PokéGroupe font une petite visite au célèbre marché du port... et font la connaissance d'un super héros pas aussi super que ça : Limagarde le Puissant et son Limaspeed !

Tandis que Sacha s’entraîne en vu du match contre Bardane, Armando, le frère de Rachid, apparaît. Il demande un combat contre Rachid et le perd. Du coup, lui et Flamajou se disputent et se séparent.

Sacha lance un nouveau défi à Bardane, mais celui-ci refuse de combattre, encore. Cette fois-ci, c'est parce qu'il n'a plus d'Herbe Rappel. Sacha accepte de lui en ramener à condition qu'à la fin, il ait son match. Mais durant son aventure pour trouver de l'Herbe, Boréas, Démétéros et Fulguris commencent un combat sans merci entre eux.

Démétéros vient d'être invoqué. Il doit stopper le combat entre eux 3, lui, Boréas et Fulguris. Mais vu la ténacité des Pokémon, ce ne sera pas chose facile !

Chose promise, chose due. Sacha obtient enfin un combat contre Bardane. Il va devoir vaincre le roi de la mine s'il veut obtenir un Badge Sismique.

Un nouveau badge avec lui, Sacha, et ses amis, continue sa route vers Parsemille. Mais tout à coup, les Pokémon électriques de la bande sont tout déchargés. Les Statitik volent leur électricité parce qu'ils sont chassés de leur grotte. Mais par qui ?

Le Prof.Keteleeria et Bianca font ensemble un échange : Carabing contre Escargaume. Elles testent ensuite leurs nouveaux Pokémon en combat double mais Lançargot ne semble pas écouter Bianca et celle-ci ne sait pas quoi faire.

Le père du Prof.Keteleeria fille, Spruce Keteleeria, a une idée en tête : trouver le trésor du héros, le Gallet Noir. Pour cela, il doit fouiller des ruines protégées par des Pokémon antiques .

Pikachu rencontre une fois de plus son éternel rival Escroco. Pendant leur combat, une des attaques de Escroco propulse Pikachu à l'autre bout de la ville et c'est un petit garçon qui le retrouve. En accord avec Sacha, il veut utiliser Pikachu pour vaincre deux camarades de classe et leur prouver son talent pour les combats Pokémon.

Pendant leur déjeuné, Sacha et Co se font courser par un groupe de Frison sauvage et sont séparés en deux. Il n'y a qu'un moyen pour ne pas se faire charger par ces Pokémon : porter des coupes afro.

Arrivé à Parsemille, Sacha veut tout de suite affronter le champion de l'arène de la ville. Manque de bol, Carolina la championne ne semble pas très enthousiaste à l'idée de faire un vrai combat : à la place, elle imagine dans sa tête l'issue du match suivant le choix des Pokémon du challenger et si la stratégie des types est bonne, alors elle donnera un badge. Rachid ne semble pas du tout d'accord avec cette façon de faire et défie Carolina dans un vrai match Pokémon.

Suite à la défaite de Rachid face à Carolina, c'est à Sacha de prendre sa revanche dans un combat d'arène comme il faut.

Après son combat d’Arène contre la Championne d'Arène Carolina, Sacha a repris sa route et nos héros rencontrent leur vieil ami Jules, qui leur parle du festival de la Cloche des Souhaits. C'est un concours durant lequel des équipes formées d'un Dresseur et d'un Pokémon tentent d’obtenir l'honneur de faire sonner la célèbre Cloche des Souhaits au sommet de la Tour de Parsemille.

Nos héros arrivent avec leur ami Jules au Stade des Tournois Pokémon pour le Tournoi Donamite de Don George. Ils découvrent bientôt que certains de leurs rivaux habituels vont également y participer : Bianca, Niko, Bérénice et Juliette. Le premier tour commence avec un combat qui oppose Jules à Edmond. Le Crapustule d'Edmond est redoutable ! Mais le Karaclée de Jules est extraordinaire, et Jules finit par l'emporter, ce qui le qualifie pour le second tour.

Les combats du premier tour du Tournoi Donamite continuent, et c'est au tour de Bérénice et Mateloutre d'affronter Iris et Minotaupe. De puissantes attaques sont lancées de part et d’autre, mais même si Bérénice multiplie les remarques acerbes sur la façon de combattre d'Iris, le Tunnelier de Minotaupe vient à bout de son adversaire, et notre héroïne remporte ainsi la victoire. Betty l'emporte ensuite sur Gilles, puis c'est au tour de Gaëlle et Juliette de s’affronter.

Le dernier combat du premier tour du Tournoi Donamite bat son plein. Niko et Bétochef affrontent Bianca et Roitiflam. Ce dernier est sur le point d'être vaincu, mais quelques mots d'encouragement de Bianca renversent la vapeur et lui permettent d'accéder au deuxième tour. Les huit Dresseurs qui devront s'affronter au deuxième tour sont Jules contre Rachid, Betty contre Sacha, Juliette contre Bianca, et Iris contre Antoine.

Les demi-finales du Tournoi Donamite commencent avec la rencontre de Jules et Karaclée contre Bianca et Roitiflam. Bien que Bianca et Roitiflam aient remporté deux victoires d'affilée, un terrible Poing-Karaté de Karaclée les élimine du tournoi. Jules est donc qualifié pour la finale. C'est ensuite au tour de Sacha et Baggiguane d’affronter Antoine et Judokrak. Mais plusieurs attaques Exploforce inefficaces de Baggiguane, ainsi que la puissance exceptionnelle de Judokrak, causent la défaite de Sacha et Baggiguane.

En chemin vers Flocombe et le prochain combat d'Arène de Sacha, notre héros et son Couverdure s'entraînent en compagnie d'Iris et de son Emolga. Les attaquent fusent de toutes parts lorsque soudain Couverdure évolue en Manternel ! Manternel se met immédiatement au travail. Il commence par confectionner des vêtements pour trois Larveyette de la forêt, puis pour Pikachu, Coupenotte, Baggiguane, Gruikui, Moustillon, Vipélierre et Emolga, mais tous les Pokémon ne sont pas du même avis au sujet du résultat final.

Nos héros se retrouvent perdus dans les nombreuses galeries qui traversent le Mont Foré. Heureusement, ils rencontrent un Chercheur Pokémon nommé François, qui vient de découvrir un fossile du Pokémon Tortantique préhistorique, Carapagos. Nos héros et François sont bientôt chassés de la montagne par l'amie d'enfance de ce dernier, Lina, qui dirige une mission d'extraction minière.

Dans l’épisode précédent, comme ils traversaient le Mont Foré, nos héros ont rencontré un Archéologue Pokémon nommé François, qui venait de découvrir un Fossile Plaque. Mais la Team Rocket cherchait elle aussi ce Fossile Plaque, et a réussi non seulement à s'en emparer mais aussi à restaurer le Pokémon préhistorique Carapagos ! Mais Carapagos, terrorisé et désorienté, s’est enfui, entraînant nos héros à sa poursuite.

En chemin vers l'Arène de Flocombe, nos héros décident de passer la nuit au Club de Combat Pokémon de Don George, dans la ville d'Astilbe. C'est là qu'ils assistent à un Combat Duo entre deux Dresseurs : Alcide, qui combat avec ses Guerriers du Feu Aflamanoir et Roitiflam, contre Frédéric, dont l’équipe comprend un Shaofouine et un Miradar. Alcide a facilement raison de son adversaire, et exige que celui-ci lui cède ses Pokémon en guise de paiement. Nos héros découvrent alors qu'Alcide n'est autre que le Dresseur qui a abandonné Gruikui à Arabelle !

Nos héros n'ont plus qu'une montagne à franchir avant d’arriver à Flocombe, où Sacha doit livrer son prochain Combat d’Arène. Mais soudain, d'énormes pierres dégringolent d'une paroi rocheuse. Heureusement, les blocs de roche sont tout à coup démolis par un personnage étonnant que Rachid reconnaît aussitôt. Il s'agit de Zhu, la star des films d'arts martiaux. Rachid fait un compte-rendu détaillé de la carrière de Zhu, et explique à ses amis que ce dernier a fini par abandonner le cinéma.

En arrivant à Flocombe, nos héros sont surpris de découvrir son Arène entièrement faite en glace! Après leur avoir souhaité la bienvenue, Zhu accepte le défi de Sacha, et un combat commence. Zhu choisit d'abord son Sorboul et Sacha son Escroco. Mais ce dernier est vite dépassé par les événements et Sacha choisit de le rappeler. Il appelle alors Baggiguane, qui va livrer son tout premier combat d'Arène !

Nos héros se dirigent vers Janusia et le prochain combat d'Arène de Sacha mais, à la grande déception de ce dernier, l'Infirmière Joëlle les informe que l'Arène est fermée. C'est à ce moment-là que surgit une énorme limousine. Un homme bien vêtu en sort et demande à parler à Rachid. Il jette ensuite le jeune Connaisseur et ses amis dans la limousine, qui démarre ! Il s'avère que cet homme est un majordome qui travaille pour un homme très riche du nom de Monsieur Germain.

En chemin vers Ondes-sur-Mer et le prochain combat d'Arène de Sacha, nos héros sont surpris de rencontrer un Sorbouboul accompagné de sa Dresseuse, qui n'est autre que leur amie Juliette. Iris, comme d'habitude, est terrorisée devant le Pokémon Glace. Juliette explique à nos héros qu'elle est en route vers un laboratoire appelé le centre de recherches Grindur, dirigé par le Professeur Malveaux.

Nos héros arrivent à Ondes-sur-Mer et, après s'être émerveillés sur l'histoire de cette ville, ils rencontrent leur ami réalisateur, Luc. Ce dernier vient de remporter le premier prix d’un festival grâce au film qu'il a tourné avec nos héros. Luc leur apprend qu'il est venu assister à l'ouverture du Pokéwood, un parc sur le thème du cinéma, dans l’enceinte des studios. Il les informe également qu'il va participer à un concours de réalisation pour lequel il aurait besoin de leur aide.

Sacha défie la championne Strykna, une jeune rockeuse spécialiste du type poison, dans le but de remporter son huitième badge de la région Unys. Cependant Strykna est un adversaire de taille, le poison de ses Pokémon est connu pour sa puissance et pour être impitoyable. Strykna est si forte qu'elle refuse d'affronter un adversaire à moins de le faire à trois Pokémon contre six. Sacha bien que déçu d'avoir un tel avantage relève le défi.

Sacha défie la championne Strykna, une jeune rockeuse spécialiste du type poison, dans le but de remporter son huitième badge de la région Unys. Cependant Strykna est un adversaire de taille, le poison de ses Pokémon est connu pour sa puissance et pour être impitoyable. Strykna décide d'affronter Sacha à trois Pokémon contre six, pour l'instant, Sacha a déjà perdu Géolithe et Déflaisan alors que le Smogo de Strykna vient seulement de tomber K.O Alors que le Manternel de Sacha venait de remporter une victoire, Strykna appelle Brutapode qui empoisonne directement Manternel qui s’effondre sur le sol.

Tout à la joie d'avoir remporté son huitième Badge d'Arène, et certain de pouvoir participer à la Ligue d'Unys, Sacha découvre que celle-ci n'aura lieu que dans trois mois. Nos héros sont déterminés à profiter de ce laps de temps pour s'entraîner sérieusement, mais seulement après avoir goûté les célèbres Polaglaces d'Ondes-sur-Mer, sur le conseil de Rachid. En faisant la queue devant le vendeur de ce délice glacé, Sacha remarque une silhouette familière. C'est Cynthia, le Maître de la région de Sinnoh. Elle a été invitée à participer à un match de démonstration lors de la Coupe Junior du Pokémon World Tournament qui doit avoir lieu prochainement à Vaguelone.

Nos héros s'envolent avec Cynthia vers Vaguelone, et s'émerveillent des Pokémon variés qu'ils aperçoivent en chemin. À peine ont-ils atterri qu'ils sont conduits à la superbe maison de vacances de Cynthia, à bord d'une somptueuse limousine conduite par son majordome, Juan. Ils ne se doutent pas que Meloetta les a suivis jusque-là lorsque, soudain, elle apparaît dans la voiture, sur les genoux de Sacha. Mais elle est un peu timide et disparaît après quelques instants. Pendant ce temps, la Team Rocket observe leurs moindres mouvements.

Dans la maison de vacances de Cynthia à Vaguelone, Sacha, Iris et Rachid s'astreignent à un entraînement acharné en vue de la Coupe Junior du Pokémon World Tournament. Aurore décide qu'ils ont besoin d'une pause et parle alors à ses amis d'une île déserte toute proche où vit un Onix hors du commun. Elle leur suggère d'aller l'explorer. Le majordome de Cynthia, Juan, les emmène sur l'île en bateau. Il les dépose sur le rivage et leur promet de revenir les chercher un peu avant le dîner. Il les avertit ensuite que l’île n’est pas sans dangers. Nos héros découvrent bientôt qu'il a dit vrai. Une immense grotte de l'île sert de foyer à un grand troupeau d'Onix.

Nos héros séjournent à la villa de Cynthia et se préparent à la Coupe Junior du Pokémon World Tournament. Sacha et Aurore terminent justement un combat sur une égalité, lorsqu'un jeune voisin nommé Adam, très inquiet, s'approche d'eux. Il explique à nos héros que son Polarhume est sorti, on ne sait comment, de sa maison Pokémon, la nuit dernière. Pourtant, la maison ne possède qu'une seule porte et Adam est sûr de l'avoir verrouillée de l'extérieur. Qui va bien pouvoir l'aider à résoudre ce mystère ? Le Connaisseur Détective Rachid, bien entendu.

Un Trioxhydre et un Dracolosse se livrent un terrible combat aérien. Leur affrontement dérange un vol de Poichigeon qui se retrouve pris entre les deux adversaires alors qu'il essaye de s'échapper. Dracolosse essaie de protéger les Poichigeon. Mais il s'expose ainsi aux attaques de Trioxhydre et s'écrase au sol. Dracolosse tente de décoller de nouveau, mais son aile a été blessée dans sa chute, et il s'écrase sur la centrale électrique, causant beaucoup de dégâts. Pendant ce temps, nos héros sont sur le point de commencer une nouvelle journée d'entraînement lorsque le courant est coupé dans toute la maison de Cynthia. L'Agent Jenny arrive alors pour demander l'aide de la maîtresse de maison.

Dans le stade d'Entrelasque, les spectateurs frémissent d'impatience. La Coupe Junior du Pokémon World Tournament est sur le point de commencer. Les combats seront commentés par Freddy Grandécran et le Maître Goyah. Le tournoi commence par un combat de démonstration qui oppose Cynthia, le Maître de la Ligue de Sinnoh, et Percila, membre du Conseil 4 d'Unys. Ces deux superbes Dresseuses rivalisent d'élégance, et ainsi la Sidérella de Percila et le Carchacrok de Cynthia finissent à égalité à la fin du temps imparti.

Le second tour de la Coupe Junior du Pokémon World Tournament commence, et Sacha, Rachid, Iris, Aurore et Niko sont prêts à faire le maximum ! C'est un Niko plein de confiance en lui qui ouvre le feu et remporte rapidement une victoire éclatante en dépit de son désavantage de type. Il se qualifie ainsi pour les demi-finales. Pendant ce temps, Iris sort pour tenter de convaincre Dracolosse d'écouter ses ordres au cours du combat au lieu de faire ce qu'il veut. Mais le Pokémon têtu semble décidé à n'en faire qu'à sa guise, même si Cynthia intervient avec sa sagesse habituelle.

Le second combat de demi-finale de la Coupe Junior du Pokémon World Tournament commence. Sacha et son Escroco vont affronter Iris et son Dracolosse. Dracolosse lance de puissantes attaques sur Escroco. Mais Escroco est déterminé à s'accrocher et finit par évoluer en Crocorible ! L'affrontement devient alors encore plus intense. Crocorible touche soudain Dracolosse avec une terrible attaque Dracogriffe, ce qui a pour effet immédiat de déclencher la colère du Pokémon Dragon. Ignorant à nouveau les ordres d'Iris, il lance attaque sur attaque de façon désordonnée. Iris tente désespérément de calmer Dracolosse.

Niko a gagné la Coupe Junior du Pokémon World Tournament, ainsi que le grand honneur de combattre Goyah, le Maître de la Ligue d'Unys ! Avec son Majaspic il tente une stratégie contre le Frison de Goyah, mais l'expérience et l'habileté du Maître sont écrasantes et Niko est battu. Le jeune Dresseur reçoit avec reconnaissance les conseils pleins de sagesse de Goyah et, en prenant congé de nos héros, il semble bien plus calme et plus heureux. Sacha, Iris, Rachid et Aurore sont encore surpris de cette métamorphose quand ils rencontrent Alexis, un jeune Dresseur plutôt turbulent, venu pour être le premier dans la file d’attente de la Coupe Junior.

Alexis, le nouvel ami de nos héros, a décidé de se rendre à l'Arène de Papeloa pour y gagner son huitième Badge d'Arène, et Sacha, Rachid et Iris ont décidé de l'accompagner ! En route, Sacha et Alexis se rendent compte qu'ils se ressemblent beaucoup, et se lancent dans de grandes discussions. Si bien qu'ils se trompent de chemin et ne s'aperçoivent pas qu'ils perdent de vue Iris et Rachid. Bientôt, leurs amis sont introuvables !

Sacha et Baggiguane s'entraînent pour la Ligue d'Unys lorsqu'ils sont témoins d’une dispute qui oppose un Furaiglon et un Vostourno ! Alors qu'ils essaient de calmer le conflit, une assistante de crèche Pokémon arrive pour s'occuper des deux Pokémon bagarreurs. Lilia se présente puis ramène Furaiglon et Vostourno à la crèche. Sacha, Iris et Rachid l'accompagnent. Quand Rachid apprend que Furaiglon et Vostourno se chamaillent sans cesse, ses compétences de Connaisseur Pokémon lui permettent de déterminer qu’il s’agit sans doute d’un problème de compatibilité.

Alors que Sacha s'entraîne dur dans la maison de vacances de Cynthia pour se préparer aux combats de la Ligue d'Unys, les membres de la Team Rocket finissent de mettre au point l'ultime étape de leur plan diabolique : l'Opération Tempête ! Après avoir regardé un combat d'entraînement, Meloetta veut prendre part à l'action ! Sacha et Crocorible acceptent de s'entraîner avec elle, lorsqu'un énorme Golemastoc atterrit dans la zone de combat. Son Dresseur, Hugo, accuse immédiatement Sacha d'être un bandit et d'avoir kidnappé Meloetta !

La Team Rocket a capturé Meloetta, l'a emmenée dans le Temple Englouti et a utilisé un enregistrement de son chant pour ramener le temple à la surface des eaux. L'Opération Tempête continue. Giovanni s'empare du mystérieux Miroir Sacré et l'utilise pour faire apparaître les trois Pokémon légendaires Boréas, Fulguris et Démétéros ! Le Protecteur de Meloetta, Hugo, explique que celui qui contrôle Meloetta contrôle aussi ces trois puissances ancestrales.