Au Bourg-Palette, c'est la fête ! Une fête dédiée à Sacha pour être dans le Top 16 de la Ligue Pokémon. La Team Rocket s'empare de Pikachu. Avec l'aide de Dracaufeu, Pikachu est libéré. Mais la Team Rocket tombe dans le nid d'un Piafabec. Leur chef, un Rapasdepic qui est le Piafabec que Sacha a rencontré le jour de son départ et qui a évolué, s'en prend à une tribu de Roucool et de Roucoups. Sacha, grâce à Roucoups qui évolue en Roucarnage, réussit à éloigner le Rapasdepic. Puis Sacha décide de laisser Roucarnage à la tribu de Roucool et de Roucoups.

Sacha, Ondine et Pierre cherchent un moyen d'aller sur l'île de Valencia afin de récupérer une mystérieuse Pokéball. Pierre dit qu'une journée en dirigeable suffit pour atteindre l'île. Ils arrivent dans un magasin où des vendeurs organisent un jeu dont le prix est un voyage en dirigeable vers l'île Valencia. Sacha gagne le jeu. Il arrive près du dirigeable ou trois mécanistes disent qu'il est hanté. Ils montent, Rondoudou et la Team Rocket aussi. Mais soudain, ils se demandent qui pilote le dirigeable.

Sacha et ses amis sont donc arrivés sur Valencia et se mettent en route pour trouver le Professeur Flora. Arrivés au laboratoire, ils ne trouvent personne. Trois filles les emmènent auprès du Professeur Flora qui joue avec des Pokémon Eau. Le Professeur montre une étrange Pokéball : c'est une GS Ball. Sacha avertit le Professeur Chen. La Team Rocket décide de réparer le dirigeable. Flora montre à Sacha, Pierre et Ondine comment elle s'occupe des Pokémon sauvage. Le lendemain, Flora et Pierre regardent des Rafflesia utiliser Para-Spore.

Sacha et Ondine se réveillent et sortent du dirigeable puis découvrent qu'ils sont dans la jungle. Mais ils découvrent très vite qu'ils sont en fait dans le parc touristique de Gélatine. Puis, sur la plage, ils s'aperçoivent que trois voyous embêtent un Lokhlass. Sacha décide de faire un combat contre eux.

Sacha, Ondine et Jacky sont en route pour l'arène de l'île de la Dame-Blanche, où se trouve la première arène de la Ligue Orange. Jessie, James et Miaouss les suivent discrètement à bord de leur sous-marin Magicarpe mais des algues ont vite fait de les arrêter. Sacha et ses amis arrivent sur l'île, font un petit détour vers le Centre Pokémon, puis se dirigent vers l'arène. Sur le chemin, Sacha ramasse une noix de coco et reçoit un seau d'eau ! Une farce d'un garçon.

Le groupe est en route vers l'île Mandarine sur le dos de Lokhlass quant ils font une escale sur une petite île pour se reposer. Alors qu'il sont sur le port, ils voient des Pokémon attaquer leurs propres entraîneurs sans que personne ne comprenne pourquoi... Soudainement, Pikachu se retourne vers Sacha avec des yeux rouges, et Togepi aussi. Sacha tente de le récupérer mais 4 Magneti l'électrocutent et un Voltorbe arrive pour s'autodétruire. Tous les Pokémon ont disparu. Officier Jenny arrive pour prendre compte de la situation.

Nos héros sont sur le dos de Lokhlass, naviguant vers la prochaine île. Ils remarquent une bouteille dans l'eau avec à l'intérieur un message disant : « Si vous savez quelque chose sur l'Onix de cristal, je vous en prie, faîtes le moi savoir, signé Marisa sur l'île Feusoleil ».

Sur Lokhlass, Ondine et Jacky se demandent pourquoi Togepi n'a toujours pas appris d'attaque (du peu qu'ils savent). Un ouragan surgit alors et les fait échouer sur une île.

Sacha et ses amis continuent leur route tranquillement lorsque des bateaux foncent vers l'île. Sacha et ses amis les suivent et se retrouvent sur l'île, où des journalistes sont en train de parler de Kabuto, un Pokémon fossile. Une expédition semble avoir lieu et l'infirmière Joëlle en fait partie. Les fouilles commencent. La Team Rocket s'empare des fossiles qui, au clair de lune, reprennent vie. L'île s'effondre et coule. Les habitants quittent l'île sur un radeau et tout le monde est sain et sauf.

Sacha et ses amis aperçoivent sur l'île un bateau spectacle de Pokémon qui parlent. Ils montent à bord du bateau et, à la fin de la représentation, grâce à Togepi un peu trop curieux, Sacha et ses amis se rendent comptent que ce sont des hommes qui parlent en étant synchronisés avec les Pokémon. Ils rencontrent en même temps une jeune femme, Nora, qui a un problème avec son Raichu.

Sacha et ses amis ont décidé de se reposer sur une plage avant de reprendre le chemin du Bourg-Palette. Psykokwak qui faisait la planche dans l'eau disparaît. Avertie par Pikachu, Togepi et Lokhlass, Ondine commence à lancer des recherches pour retrouver son Pokémon. D'ailleurs Jacky ne manque pas de faire remarquer qu'Ondine tient à lui malgré les apparences. Une dresseuse possédant un Tentacruel et se reposant près de là trouve Psykokwak et le ramène à Ondine. Elle lui montre que son Psykokwak a la queue qui brille, ce qui, selon elle, signifie qu'il va évoluer. Elle se présente : c'est Marina, une dresseuse spécialisée en Pokémon aquatique, comme Ondine.

En voyage sur la mer, nos amis aperçoivent une infirmière, Joëlle, super en forme et musclée. Pas étonnant puisqu'elle doit constamment voyager entre les îles pour soigner les Pokémon. Elle possède un énorme Magicarpe qui, plus tard, évoluera en Léviator pour aider nos amis à se débarrasser de la Team Rocket.

Après une série d'épreuves, qui finit par une course acharnée sur une luge en glace, Sacha réussit et remporte le badge Rubis des mers !

Sacha réussit à capturer un Ronflex, sauvant ainsi les récoltes.

Un trophée de la ligue Orange est trouvé aux abords d'une épave. Elle est alors exposée, mais malheureusement elle sera volée par la Team Rocket. Celle-ci va aller le cacher dans le navire, mais ce dernier est hanté par Fantominus et Spectrum, qui veulent récupérer le trophée que leur maître a gagné il y a trois cents ans. Sacha et ses amis réussissent à les arrêter et le navire s'envole au loin.

Miaouss atterrit sur une île où il est vénéré telle une divinité. C'est ainsi qu'il va renier Jessie et James. Cependant, les habitants veulent que Miaouss lance l'attaque Jackpot. Miaouss, incapable de lancer une telle attaque, finit par retrouver ses anciens amis.

Lors de leur périple, Sacha et ses amis tombent sur un Insécateur blessé. Jacky décide donc de le capturer, pour ensuite l'emmener dans un Centre Pokémon.

Vacances pour nos amis !!! Rivalisation entre Dracaufeu et Insécateur…

Sacha remporte son deuxième match de la ligue Orange. Trop sûr de lui, il perd son match contre Sirena, une grande dresseuse.

Deux dresseurs de Nidoran n'arrivent pas à se supporter et ne cessent de séparer leurs deux Pokémon, qui pourtant s'aiment. C'est en vainquant la Team Rocket qu'ils réalisent qu'ils combattaient très bien ensemble et cessent leur dispute.

Sacha et ses amis aident un dresseur de Magneti à les conduire jusqu'à la ville pour rétablir le courant.

Un monstre menace les citoyens. Nos amis découvrent qu'il s'agit finalement d'un Bulbizarre abandonné par le maire.

Sacha remporte son troisième badge.

La Team Rocket réussit à capturer Pikachu et décide de l'attacher à Miaouss. Ceux-ci se perdent et sont livrés à eux-mêmes. Lorsqu'ils sont finalement séparés, Miaouss regrette même de retourner avec James et Jessie.

Dracaufeu se retrouve sérieusement blessé à la suite d'un match. Grâce à la persévérance de Sacha à le soigner, il finit par se décider à lui obéir.

Carapuce aide les Carabaffe à sauver un garçon d'un immeuble en flammes.

Sacha casse la Pokéball de Ronflex. Ses amis doivent alors l'aider à traverser la ville pour pouvoir faire réparer la Pokéball.

Sacha gagne son dernier match de la ligue Orange.

Nos amis rencontrent un observateur de Magicarpes et de leur évolution en Léviator.

Sacha et Jacky sont paralysés par l'attaque de Rafflésia. Ondine part donc à la recherche d'algues salsifiques qui permettront de les soigner. Du côté de la Team Rocket, Jessie est également atteinte et c'est à James et Miaouss de chercher des algues. Ondine capturera un Ptitard.

Pikachu réussit à terrasser le Dracolosse du champion et Sacha remporte la victoire !

Lokhlass, le Pokémon de Sacha, retrouve sa famille.

Sacha et ses amis veulent aider un homme à transporter tous les Electrode et les Voltorbe qui envahissent la ville dans un endroit où ils ne nuiront à personne, rendant ainsi la ville de nouveau habitable.

Le plus lamentable chapiteau du monde Sacha et ses amis sont de retour au Bourg-Palette. Ils y revoient Pierre, qui aide la mère de Sacha. Le nom du professeur Flora est devenu pour lui tabou.

Sacha défie Régis, mais il perd.