小智一行人来到大都会,满金市.刚抵达时,三人就为了应该先做什么而争论不休.好不容易取得共识,到满金道馆挑战.谁知当天道馆放假了.三人遂决定到百货公司吃大餐.可是满金市真的太大了.三人走到几乎迷路.这时带着皮皮的女孩小茜自告奋勇要带路,答谢三人替他找回皮皮.可是谁晓得,这个小茜是个更严重的路痴.迷路了很久来到百货公司后,火箭队看上罕见的皮皮,然后被打得满地找牙.这时候双方自我介绍,才知道小茜是满金道馆的训练家.小智的挑战是否能成功呢?

道馆挑战刚开始时,小智还占上风.但是在小茜的王牌,大奶罐出马以后,情势就逆转了.惨败的小智决定对大奶罐做彻底研究,而应小茜之邀到大奶罐牧场帮忙.在那里,小智又遇到企图偷大奶罐的火箭队.卑鄙的火箭队出动滚滚号机器人,简直是大奶罐的打滚功的翻板.在打倒火箭队的同时,小智灵机一动,决定用同样的战略对付大奶罐.小茜为了答谢小智的帮忙,破例在道馆外再比一场.这次小智的战略果然奏效,打败了大奶罐.

小智在满金市的餐厅被广播节目制作人找去上特别节目.原来获得满金道馆徽章的人,都会被邀请到节目中做特别来宾接受访问.由于火箭队弄乱了预定的播出带,为了避免节目开天窗,在制片的请求下,小智等人与火箭队一起现场演出广播剧,超越时空的战斗.

小智与奈奈报名参加自然公园举办的捕虫大会.但是在比赛时,奈奈与他的菊草叶,却为一点小事情吵了起来.这时候图谋不轨的火箭队又偷偷潜入会场,企图抓走皮卡丘与昆虫神奇宝贝.当然,这伙人最后还是被小智与奈奈给打败,奈奈也和菊草叶恢复感情.

小智一行人为了过河,向一位拥有渡船的老人借船.老人为了帮助孙女完成研究,要求小智一行人想办法抓到胡说树,才可借船.于是小智就去找胡说树了.可是胡说树不只躲藏的功夫很高,还会用所有绝招来反击.更糟糕的是,中途连火箭队都跑出来抢了.在一团混乱之后,老人的孙女完成了研究,小智等人再度踏上旅行.

小智一行人旅行途中遇到大木博士,一起来到了发现有很多古代神奇宝贝化石的阿露福遗迹.大木博士的学生在这里做研究,说发现了活着的菊石兽跟多刺菊石兽.同一时间,火箭队等人采集阿露福泉水,也在泉中发现这些活化石,而大肆捕捉.小智等人为了保护古代神奇宝贝,又与火箭队大打出手.

波波屋是利用传信波波送信与邮件的一种店铺.老板的孙子小渡喜欢波波,也想继承家业,但是他爷爷却有意在这一代就收起来,不想让孙子受苦.小智认识了小渡,与小渡成为好友的时候,发生了火箭队滥捕波波的意外状况.于是小智与小渡连手打倒了火箭队,同时也让小渡的爷爷改变了主意.

安娜小姐的诊疗所在森林深处,她是专门使用超音蝠为人治疗的医生.小智一行人为了躲雨而跑进来遇见了安娜小姐,小刚的老毛病又犯,跟安娜献殷勤.按照惯例,小智等人所到之处,火箭队也随之而到.因为某些缘故,小刚与安娜小姐与火箭队误入机关,掉到大宅的地下迷宫.后来在两队人马的同心协力下,才勉强脱困.

格斗道场的场主看上小智的妙蛙种子的格斗素质,安排让妙蛙种子与孙女的柯波朗决斗,企图点醒孙女对格斗术上的迷思.就在妙蛙种子与柯波朗对战时,士郎带着沙瓦郎来踢馆.躲在一旁的火箭队也出面想抢走珍贵的神奇宝贝,三两下就被士郎的沙瓦郎打倒.为了打倒沙瓦郎,妙蛙种子与柯波朗展开特训,才让柯波朗击倒了沙瓦郎.

小智一行人在丛林的温泉游玩,但是放出来玩球的菊草叶跟火球鼠跟小锯鳄却为了追逐滚出去的球,越跑越远,到最后竟然迷路了.这时候火箭队的武藏一心想圆温泉梦,拉着小次郎与喵喵到处找温泉,却迟迟找不到.碰到三只追球的神奇宝贝,误以为温泉就在附近,一直跟在后面,哪知道却跟着迷路,误入洞窟,差点出不来.

小智一行人来到了钓金鱼王大赛.小霞便报名参加,谁知小霞遇到了一位使用快泳蛙的训练家时夫,被他嘲笑小霞的神奇宝贝是弱者.小霞咽不下这口气,决定要在钓鱼大赛中击败时夫.到底小霞和她的蚊香蛙能击败这次的强敌吗?

小刚遇见了以前送他六尾的小雪,二个人要参加一年一度的神奇宝贝选美比赛.结果没想到火箭队又跑出来破坏整个会场.小智一行人有办法解决这次的危机吗?

小智等人来到一个地方,发现了叫壶壶的神奇宝贝.而且发现不同的壶壶可以做出各式各样不同的药.于是小智等人带着喇叭芽波奇去寻找.但是壶壶们都被火箭队的人抢走了.小智他们有办法找回壶壶吗?

小智一行人在途中遇见了小茂,小茂的伊布已经进化成月精灵了。碰巧发生地方上的电力都消失了.仔细调查后发现是火箭队占据了发电厂才会使镇上电力都消失了。小智他们和小茂有办法把发电厂的电力抢回来吗?

小智一行人在途中遇见了一个男孩士郎和安瓢虫,他是森林巡逻队的见习生.这时火箭队突然出现把波克比和皮卡丘抓走了.士郎和小智在强风中拼命追逐火箭队,他们有办法救出波克比和皮卡丘吗?

小智在旅途中到了果然翁之村，那村里有很多的果然翁，但没想到小智一行人才刚到村里就发现有三人组正在到处捣乱，小智就在怀疑那三个人，会不会就是火箭队，于是到了混乱现场，但捣乱的人并不是火箭队，而是....到底小智能不能解决这次事件呢？

小智一行人与久违的百变怪训练家伊美蒂重逢,伊美蒂正为了她的第二只百变怪而伤脑筋.这时,火箭队出现并且把她的百变怪给夺走了.到底小智他们有没有办法救出百变怪呢?

金代夫人为了寻找她离家出走的布卢而出外旅行.但是没想到火箭队竟然把布卢给抢走了.正当小智等人想要去救布卢时却遭受到喵猫机器人的攻击,这时布卢突然进化布卢皇了....到底他们接下来会怎样呢?

小智一行人来到了神奇宝贝忍术学园,遇见以前在浅红道馆认识的馆长的妹妹阿雅.阿雅正在为她的阿利多斯做忍术特训.这时,火箭队把忍术学园学生们的神奇宝贝都抢走了.小智他们有办法救回被抢走的神奇宝贝吗??

小智一行人遇见了小广和他的阳阳玛.小广和他的阳阳玛感情非常好,但是阳阳玛常恶作剧把镇上的玻璃都震碎,让小广伤脑筋.没想到火箭队又出现,并且把他的阳阳玛带走并且利用它来做坏事.到底小智等人有办法把阳阳玛抢回来吗?

小实和他的毽子花在做影子分身的特训,他们俩个都是第一次参加神奇宝贝大会.但是,这个时候火箭队又闯了进来,在会场引起大恐慌!小智他们能阻止这次的事件吗?

小智一行人来到一处果园.没想到果园主人误以为皮卡丘是偷水果的小偷,幸好小智等人查出原来是皮丘们饿的受不了才偷吃.此时,火箭队又跑出来想把果园中全部的水果抢走.皮丘们这时跑出来要保护果园.到底小智他们有办法阻止火箭队的计划吗?

小智一行人突然受到火箭队的攻击,虽然勉强把火箭队给赶跑了,但是这时波克比却不见了.只留下波克比和神秘的神奇宝贝的脚印.到底小智等人有办法找回波克比吗?

小智一行人终于抵达圆朱市了.但是他们竟然迷路了,把烧焦塔当成道馆冒然闯入.这时,尾随的火箭队突然出现,正想要做坏事时被一只耿鬼赶跑了.原来这只耿鬼是道馆训练家小松拥有的.难道小智的对战对手就是他吗?

小智在圆朱市道馆的比赛开始了.小松的神奇宝贝是难缠的幽灵系神奇宝贝,虽然他们以最佳状态来挑战了,可是火球鼠和皮卡丘却一个一个被打倒.但小智不到最后关头他绝不投降,小智他一定要把鬼魅徽章拿到手,小智他能够挑战成功吗?

小智一行来到了樱花和她的姐妹们所举办的茶会.樱花和她的姐妹们各自拥有不同伊布的进化型神奇宝贝.这时火箭队出现并且破坏茶会,小智他们有办法对付火箭队吗?

小智一行人来到了一座森林,当他们在森林中行走时小智的徽章竟然被黑暗鸦给抢走了.虽然小智一行拼命的追逐黑暗鸦,但是黑暗鸦非常的狡猾,躲躲闪闪的根本就很难抓住.到底小智他们有办法把重要的徽章抢回来吗?

小智一行人在旅行的途中却发现天空出现了不可思议的景色.据说这种现象是好几年才会出现一次的.在这片天空下的荒地里,住着一群没有水也能生存的铁炮鱼.这时,火箭队又出现了,并且想把铁炮鱼一次抓走.小智他们能保护铁炮鱼们不让火箭队破坏它们的栖息处吗?

小智在森林里遇到了可爱的熊宝宝,但是在熊宝宝加入成为同伴后,小智们的食物突然快速的减少,犯人也好像不是火箭队.小智不懂到底是谁做的,小智一定要把真凶找出来,到底小智能够查出来吗?

小智一行人在路上遇见了好久不见的天才神奇宝贝摄影师阿彻.阿彻正在寻找传说中的神奇宝贝急冻鸟.这时,天上突然掉下结冰的向日种子,而且附近的气温竟然开始变冷.到底这些异象和阿彻寻找的急冻鸟有什么关系呢?

小智一行人与阿彻继续追逐急冻鸟.中途遇见带着小山猪要寻找温泉的一对父子,小智他们也帮忙一起寻找温泉.但是火箭队这时忽然出现把小山猪给抢走了,小智他们能把小山猪抢回来吗?

小智一行人与阿彻继续追逐急冻鸟.他们到达了一座大雪山,并且进入寻找.但是他们忽然碰上暴风雪的袭击,严厉的寒冷使得他们不停发抖.此时,在风雪中突然出现了蓝色的大翅膀...到底阿彻能拍到急冻鸟的相片吗?

小智一行人遇见一群利用风速狗运送火焰之石的人,他们并且也答应顺便带小智他们前往下一个城市.但是中途却被火箭队的人抢走了火焰之石,有人还因此受了伤.到底小智他们有办法把火焰之石从火箭队手中抢回来吗?

小智一行人来到了一个城市,这个城市的每个孩子都拥有一只土龙弟弟.小智他们遇到了一个小孩叫小翼,他却没有土龙弟弟,于是小智等人便帮忙小翼寻找土龙弟弟.在此同时,其它孩子的土龙弟弟却被火箭队给抢走了.到底小智他们能解决这次的风波吗?

火箭队突然出现并把皮卡丘给关在笼子里,而笼子的钥匙在果然翁身上.但是果然翁却突然下落不明了,小智他们拼命的寻找果然翁,但是火箭队却是一再的阻挠小智一行人.到底小智他们能找回果然翁并且拿回笼子的钥匙吗?

小刚突然生病病倒了.小智和小霞为了慎重起见,决定停下来扎营来照顾小刚.但是煮饭,洗衣,照顾神奇宝贝等工作,这些事都让小智多到做不完.正当小智手忙脚乱时,火箭队又跑来偷袭小智他们.到底小智他能克服这道难关吗?

小智一行人遇上了神奇宝贝相扑大会,他们也马上报名参加.可是参加的神奇宝贝都是有蛮力的大个子.这时,小智决定要拿卡比兽来一决高下,小智他们有办法赢得胜利吗?

小智一行人遇见了一位叫蓝贾的先生,他忽然找上了皮卡丘说话,原来他好像可以和神奇宝贝说话.这个时候,一群不怀好意的人把蓝贾先生抓走了,并且想利用他来赚钱.小智他们能救出蓝贾先生吗?

小智他们来到一个遗迹.地下遗迹有一个宝藏,那是可以随心所欲控制神奇宝贝的假面具和令牌.这时,火箭队突然出现了,他们抢走了宝藏,想要来控制皮卡丘.小智他能不让火箭队的诡计得逞吗?

小智一行人在前往浅葱市途中时,忽然碰上一位女孩子,并且她竟然对小刚一见钟情.这对经常主动示爱的小刚来说,显得有点意外,这女孩身上还带着一只可爱的尼多娜...到底这整起事件是女孩的一厢情愿,还是小刚人在福中不知福呢?

小智一行人来到了山丘上的一座风力发电厂,结果没想到火箭队竟然抢先一步占领了发电场,并且把小智的菊草叶夺走了.小智拼命的追逐,但火箭队一直使用神奇宝贝阻挠.到底小智有办法救出菊草叶吗?

月桂叶突然不见了,因为它以为受到小智的讨厌而逃走了.于是小智一行人开始拼命寻找月桂叶,当小智发现它时,这时火箭队又来搞破坏了.到底小智能否把月桂叶救出来并且能和好呢?

小智一行人遇到了一个人叫小勇,他想朝神奇宝贝杂耍等方面目标前进.但是他的个性很内向,自己的天然雀也训练不出预测未来的能力.这时火箭队又出现了,并且把小勇的天然雀抢走了.到底小智能否帮小勇把天然雀抢回来呢?

小智他们来到一场神奇宝贝热气球大赛.他们在小飞父子的协助下也参加了这场比赛.但是比赛过没多久,却遭受到火箭队的干扰,而且还受到了暴风雨袭击,情况可说是非常混乱.到底小智他们能获得优胜吗?

小智一行人遇到了一位行迹可疑的男子,并且帮他保管迷唇娃.但没想到这只迷唇娃其实是一位动作明星所拥有的.这时,火箭队也出现想抢走迷唇娃,到底小智他们有办法保护住迷唇娃吗?

小智一行人来到一座岩山附近遇见一位女孩,为了要在岩山中开穴道,她拼命的追逐铁甲暴龙,小智他们也帮忙捕捉,没想到火箭队竟把铁甲暴龙给抢走了.到底小智他们能成功吗?

小智一行人突然被一片巨大的黑影给覆盖着,原来是一艘巨大的飞船通过小智们的上空.船舱内,小智他们遇见一对姊妹,她们的神奇宝贝是叫做变隐龙的神奇宝贝.就在这时,火箭队开始攻击飞船,且企图想要夺走飞船,到底小智他们能阻止火箭队吗?

小智一行人来到一间以治疗水系神奇宝贝而闻名的神奇宝贝中心,这里有很多治疗中的神奇宝贝.这时,火箭队也跑来,并且想夺走这里的神奇宝贝,小智他们能阻止火箭队吗?

小智一行来到了一座沙漠中的绿洲,这里有一种拥有神奇力量的大奶罐,是属于神奇宝贝的乐园.此时,火箭队又想抢走这里的神奇宝贝,绿洲里的神奇宝贝遇上了危险了.小智能维护绿洲的和平吗?

小智等人终于来到了浅葱市.好久没有到道馆挑战了,小智兴奋地敲浅葱道馆的大门.在里面等着他的,是一个勇敢迎接小智等人的娇小女孩.为了得到徽章,小智提出挑战的要求,可是突然被眼前出现的美少女给阻止.原来这个美少女才是真的道馆训练家.接受挑战的女孩叫做可夏,是道馆的见习生.道馆训练家阿蜜很遗憾的说现在不能举行道馆比赛.为什么?其中到底有什么原因呢?

小智一行人暂时放弃浅葱市的道馆战.接下来是去湛蓝道馆挑战了!于是一行人就坐船来到湛蓝市.途中,沿海的路上传出搏斗的声音,一行人好奇瞧瞧.原来是一个穿着道服的中年人跟豪力在做猛烈的特训.这个中年人很厉害,详细探问,竟然就是湛蓝市的道馆训练家!知道是这么强的对手,小智吓得浑身冒冷汗…到底,他有没有办法从这个中年人手中得到徽章呢?