Teniendo lugar un año antes de la llegada de los Zentraedi a la Tierra, Macross Zero narra los últimos días de la guerra entre la ONU Spacy y anti-ONU. facciones. Después de ser derribado por el avión de combate más nuevo de la anti-ONU, el piloto as Shin Kudo se encuentra en la remota isla de Mayan, donde la tecnología es casi inexistente. Mientras Shin permanece en la isla para curar sus heridas, la tranquilidad de la isla se ve destrozada por una batalla que involucra al luchador más nuevo de la ONU: el VF-0.

Es war das Jahr 1999, als ein großes außerirdisches Kampfschiff auf die Erde fiel und überlegene Technologien mit sich brachte, welche zum Auslöser des Krieges zwischen U.N. und Anti-U.N. wurden. Acht Jahre strichen ins Land und so viele erfahrene Piloten waren inzwischen gefallen, dass selbst Jungen im Teenageralter auf das Schlachtfeld geschickt wurden, um den Krieg weiter zu führen. Shin Kudou, ein Junger U.N. F-14 Pilot und der Hauptcharakter der Geschichte, wird von einer unbekannten Feindeinheit während eines Einsatzes abgeschossen und landet auf einer einsamen Insel.

Zufälligerweise wird eine anormale Energiereaktion auf der Insel festgestellt und diese Energiereaktion könnte von der in der Technologie überlegenen Hinterlassenschaft der Protoculure herführen, welche von den Außerirdischen in längst vergangenen Zeiten auf die Erde gebracht wurde. Diese technologische Hinterlassenschaft ist dem vor acht Jahren gefundenen Kampfschiff sehr ähnlich. Nun invasieren sowohl die U.N. als auch die Anti-U.N. die Insel, um nach der Hinterlassenschaft und der überlegenen Technologie, die es besitzt, zu suchen...

Taking place one year before the events of the original Macross series, Macross Zero chronicles the final days of the war between the U.N. Spacy and anti-U.N. factions. After being shot down by the anti-U.N.'s newest fighter plane, ace pilot Shin Kudo finds himself on the remote island of Mayan, where technology is almost non-existent. While Shin stays on the island to heal his wounds, the tranquility of the island is shattered by a battle that involves the UN's newest fighter - the VF-0.

ปีในเรื่อง 2008 AD เป็นเหตุการณ์ที่เกิดหลังจากเหตุการณ์ยานอวกาศขนาดยักษ์ตกลงสู่พื้นโลกได้ 9 ปี เป็นช่วงสุดท้างของสงครามระหว่าง UN กับ anti-UN เรียกได้ว่าเป็นวันสุดท้ายเลย หลังจากนั้น 1 ปีก็เกิดสงคราม Space War I [ช่วงที่โลกถูกโจมตีจากเซนทรานดี - Zentraedi] หลังจากที่ศึกษายานอวกาศที่ตกลงมา พวกนักวิทยาศาสตร์สามารถสร้างระบบเรด้าชนิดใหม่ และทำให้ตรวจพบซากโบราณใต้ทะเลซึ่งปล่อยพลังงานแบบเดียวกับยานอวกาศ สงครามแย่งชิงซากโบราณระหว่างกองทัพUNและฝ่ายต่อต้านจึงเริ่มขึ้น...!!!

Наш главный герой, младший лейтенант Шин Кудо, непосредственный участник боевых действий, а точнее пилот F-14 Tom Cat. Именно его звено принимает на себя первый удар нового оружия — антиООНовских трансформирующихся истребителей. Потерпев неизбежное поражение в неравном бою, он оказывается на острове Майян. Местные жители, которые спасли его, знают легенду о неких "людях-птицах" некогда посетивших землю. Вообще весь основной сюжет завязан на этой легенде.

Одновременно с этими событиями, силы ООН находят глубоко под водой останки второго инопланетного корабля, которому по предварительному анализу не менее десяти тысяч лет. Это доказывает, что чужие посещали Землю, когда люди были ещё в каменном веке. Для проведения исследований полученного образца посылают старшего антрополога по культуре Ариес Тёрнер. Ей поручено разрешить вопрос о возможном чужом вмешательстве в земную протокультуру…

שין קודו – טיס בחיל האוויר של האו"ם – נתקל במטוסי אויב המסוגלים לשנות את צורתם לרובוטים דמויי אדם. באחד הקרבות מטוסו נפגע ושין מוצא את עצמו על אי מיושב ומוזר שנקרא "מאיאן", האפוף באווירה מסתורית של סיפורים על "אנשי-ציפור שבאו מהכוכבים". בעוד שין מנסה להבין את תושבי האי ולחזור לבסיס שלו, נראה שהמלחמה מגיעה גם אל האי חסר החשיבות, לכאורה, וחושפת יותר ממה שנגלה לעין על האגדות הקשורות לאי ועל מקור האנושות כולה.

En 1999, un énorme vaisseau extra-terrestre s'écrasa sur Terre. Les Humains parvinrent à maîtriser cette nouvelle technologie et l'utilisèrent dans un but militaire, aboutissant à une guerre entre les forces gouvernementales et antigouvernementales. De nombreuses vies furent perdues lors de ces combats, et les forces militaires furent petit à petit obligées de recruter leurs soldats parmi les jeunes. C'est ainsi que Kudô Shin, jeune recrue qui n'était encore qu'un enfant lorsque le conflit commença, se retrouve au sein des forces gouvernementales en tant que pilote de F-14. Lors d'une mission, son appareil est touché et s'écrase en mer. A son réveil, il s'aperçoit qu'il a été sauvé par une tribu habitant une île qui semble avoir été oubliée par le temps : Maya.

Era 1999 quando uma gigantesca nave de guerra extraterrestre caiu na Terra e trouxe tecnologia avançada que levou ao início da guerra entre a ONU e a Anti-ONU. Oito anos se passaram e vários pilotos veteranos foram perdidos, um após o outro, e vários adolescentes foram levados ao campo de batalha para lutar a guerra. Shin Kudou, um jovem piloto de um F-14 da ONU e protagonista desta história, é atingido por uma nave inimiga desconhecida (VF-0) durante uma missão solo e caiu em uma ilha remota, a Ilha de Maia, onde a tecnologia é quase inexistente, enquanto permanece no local para curar seus ferimentos. Coincidentemente, uma reação elétrica incomum foi detectada na ilha e esta reação elétrica poderia vir de um dispositivo de tecnologia avançada da Protocultura que foi trazida por extraterrestres nos tempos antigos. Esta tecnologia é muito parecida com a da nave de guerra extraterrestre de oito anos atrás. Agora, ONU e Anti-ONU estão invadindo a ilha em uma jornada para recuperar o dispositivo e a tecnologia avançada que ele possui.

　　多年过去了，工藤真——这位地球统合海军的F-14飞行员，驾驶技术高超，但目中无人，连副驾驶艾德加有时也必须对他忍气吞声。某日，真和队友执行任务归舰途中，突然遭到不明的可变战斗机袭击，所在小队的全数战机亦被击坠。

　　在飞机爆炸前弹出逃生的真，被玛雅岛上的当地人救起，负伤的他不仅不感恩，反而对这里的居民抱有敌意。但是随着和岛上的风之巫女莎拉以及她的妹妹玛奥相处一段时间后，他渐渐对纯朴的她们消除了隔阂，也从这里的古老传说以及莎拉的特殊能力中，感觉到这个小岛并非只是与外界来往较少，它似乎有着不同寻常的地方。

　　与此同时，统合军不仅对外星飞船的研究中发现了成果，还在海底找到了极有可能是史前文明的残骸，领导此项研究的阿莉斯博士的前男友——罗伊‧福克亦正担任海军骷髅小队的队长，正是由他驾驶最新型的VF-0可变形战斗机率队进行第一次实战！

　　激烈的变形机空战在小岛的周围展开，不断将坠落的碎片、枪弹倾泻到了这个弹丸之地，而此时去圣泉的玛奥被这些从天而降的天火所包围，生命也危在旦夕……。

　　玛雅岛在战火中颤抖……人类正在自相残杀，除了灭亡，也许什么也得不到。

　　莎拉神奇的力量会平熄灾难的降临？还是会将人类拉入深渊？

　　……当鸟人再次出现之时……世上会响起毁灭之歌……。

1999年，一顆巨大隕石墜落在南太平洋亞塔利亞島。經過調查之後發現，宇宙中有可能為人類歷史上最大強敵的高等生物存在，於是各國政府凍結了國家之間的利害關係，成立了統合軍，意圖整合世界現有國家組成單一人類政府，並開始重建這艘代號為 ASS-1 的外星太空船。

然而，也就是在這個時候，以蘇聯為首的華約集團，卻主張應重視各國之間文化的差異，而反對這項同盟，並組成反統合軍同盟，與由西方國家主導的統合軍對抗。在2000到2007年之間，雙方為取得外星人的遺跡與科技而在世界各地進行激烈的爭奪與互角。後世稱為（第一次）統合戰爭。

2008年，統合戰爭告一段落，反統合軍勢力亦大致遭到壓制。據報在南太平洋的瑪雅島上發現外星人的遺跡，統合軍便出動特遣艦隊前往回收。然而，同樣得知消息的反統合軍同盟殘存勢力也派出了特遣艦隊，企圖搶在統合軍之前回收這項重要的技術，並扳回當前的頹勢。雙方在這太平洋小島的周邊，展開了一場激烈的海空大戰。

此時，主角工藤真以統合軍戰鬥機飛行員的身分，加入了這場戰鬥。

Macross Zero是1980年代日本著名科幻戰爭動畫超時空要塞的前傳故事，也是21世紀的第一部超時空要塞系列作品，以蘇聯並未於20世紀90年代解體的架空平行世界為舞台，描述第一代超時空要塞中所提及，人類為爭奪外星科技而爆發的統合戰爭。為接續90年代後真實世界之現況，故全片有不少現代武器登場的場面。全劇共五集，於2002至2004年以OVA之形式發行。

1999年，一顆巨大隕石墜落在南太平洋亞塔利亞島。經過調查之後發現，宇宙中有可能為人類歷史上最大強敵的高等生物存在，於是各國政府凍結了國家之間的利害關係，成立了統合軍，意圖整合世界現有國家組成單一人類政府，並開始重建這艘代號為 ASS-1 的外星太空船。

然而，也就是在這個時候，以蘇聯為首的華約集團，卻主張應重視各國之間文化的差異，而反對這項同盟，並組成反統合軍同盟，與由西方國家主導的統合軍對抗。在2000到2007年之間，雙方為取得外星人的遺跡與科技而在世界各地進行激烈的爭奪與互角。後世稱為（第一次）統合戰爭。

2008年，統合戰爭告一段落，反統合軍勢力亦大致遭到壓制。據報在南太平洋的瑪雅島上發現外星人的遺跡，統合軍便出動特遣艦隊前往回收。然而，同樣得知消息的反統合軍同盟殘存勢力也派出了特遣艦隊，企圖搶在統合軍之前回收這項重要的技術，並扳回當前的頹勢。雙方在這太平洋小島的周邊，展開了一場激烈的海空大戰。

此時，主角工藤真以統合軍戰鬥機飛行員的身分，加入了這場戰鬥。

地球統合戦争の最中、統合政府と反統合勢力は、未知の遺産をめぐって戦っていた。一方、愛機で戦闘に出た青年の工藤シンは、敵の戦闘機に撃墜されて不時着した島でサラ・ノームという少女に出会う。伝説と最新兵器が交錯する中、彼らは戦いの果てに何を見るのか？

지구 통합군과 비통합군간의 치열한 전쟁 이야기를 다룬 애니메이션