Sur une planète décharge, les nostalgiques se remémorent l'époque ou le légendaire capitaine pirate sillonnait l'espace. Mais Herlock a disparu depuis longtemps, et le dernier membre en activité de son ancien équipage vient d'être capturé. Une puissance maléfique terrifiante s'apprête pourtant à frapper... Herlock reviendra-t-il honorer sa vieille promesse ?

Le capitaine Herlock est réapparu sur la planète décharge, et la police locale est sur les dents. Après l'assassinat du professeur Daiba, son jeune fils Tadashi découvre la nature des travaux qu'il avait entrepris avec quatre autres scientifiques qui ont tragiquement disparu.

La Terre s'est volatilisée suite à la mystérieuse attaque du Fata Morgana, vaisseau fantôme de l'ancienne expédition scientifique du professeur Daiba. Tadashi décide alors d'accepter la proposition du capitaine Herlock, et d'embarquer à bord de l'Arcadia.

Yattaran, Kei Yuki et les autres anciens compagnons d'Herlock détenus sur la planète prison sont condamnés à la peine capitale. Tandis que l'Arcadia s'élance vers le piège, le commandant Ilita prend la tête d'une armada pour aller combattre le Fata Morgana.

L'Arcadia fait route vers le système solaire afin d'investiguer sur la disparition de la Terre. Pendant ce temps, l'armée du commandant Ilita s'apprête à engager le combat, mais elle ne tardera pas à goûter de l'arme redoutable du vaisseau fantôme : la peur !

L'armada est décimée, et Ilita est le seul survivant. Alors que l'Arcadia approche du champ de bataille, Tadashi brûle d'impatience de pouvoir venger la mort de son père. Le valeureux équipage du vaisseau pirate résistera-t-il à l'emprise des serviteurs du mal ?

Sur une planète minière, un rugissement maléfique résonne au coeur de la montagne. Un mineur a disparu. Maji, ancien compagnon d'Herlock, part à sa recherche. Pendant ce temps, l'équipage de l'Arcadia découvre une mystérieuse pyramide enfouie sous un cratère de la Lune.

Yuki est ramenée à bord de l'Arcadia. De son côté, Maji est témoin de l'enlèvement de Tadashi, ce qui lui vaut d'être capturé à son tour. C'est un bien triste sort qui leur est réservé par Noo : ils n'ont d'autre choix que celui de s'entretuer !

Venu sauver ses amis, Herlock parvient à trouver assez de force en lui-même pour vaincre une des entités maléfiques de Noo. Mais tandis que l'équipage de l'Arcadia s'affaire à percer le mystère de la disparition de la Terre en décryptant le médaillon de Tadashi, une menace sournoise s'introduit à bord du vaisseau...

Possédé par Noo, le corps de Kei Yuki arpente les couloirs de l'Arcadia dans le but de détruire l'ordinateur du vaisseau. Pendant ce temps, Kei, prisonnière de son rêve, rencontre les esprits des scientifiques disparus, qui lui racontent la tragique destinée de l'équipage du Fata Morgana.

Après que Noo ait provoqué Herlock en duel, l'Arcadia se rend sur la planète Néoterra pour y livrer son combat contre le Fata Morgana. Noo fait alors preuve de toute sa puissance destructrice en provoquant un séisme qui ébranle tout l'univers. Pris au piège, l'Arcadia parviendra-t-il à en réchapper ?

L'équipage doit trouver un moyen de sauver l'Arcadia sans l'aide de l'ordinateur de bord. Pendant ce temps, Irita engage le combat contre le Fata Morgana. Dans un ultime acte d'héroisme, il précipite son appareil contre le vaisseau pour y encastrer un traqueur qui permettra à Herlock de suivre la trace de Noo...

L'heure du combat final est venue. C'est seul à bord de l'Arcadia qu'Herlock se lance à la poursuite de Noo et parvient à suivre le vaisseau dans la dimension où la Terre a disparu. Pendant ce temps, Tadashi reçoit la visite du fantôme de son père, qui vient lui révéler une vieille promesse qu'Harlock lui avait faite...