作品讲述的是主人公哈洛克告别陈腐的地球，乘上宇宙战舰“阿尔卡迪亚号”进行战斗的故事。哈洛克船长曾多次在包括名作《银河铁道999》等松本零士漫画中登场，在读者中人气极高。

On an archaeological mission to the end of the known universe, Professor Daiba unwitting unleashes an ancient horror from its confines. Five years later the malevolent alien force sets in motion a plan which reunites the various crewmembers of the Arcadia to sail the stars once more as well as bring Tadashi Daiba to meet Harlock for the first time (again).

Des extra-terrestres à l'apparence de spectres répondant au nom de Noo ont débarqué sur Terre. Tadashi Daiba fait leur rencontre, chez lui, alors qu'ils viennent de tuer son père. Tandis qu'ils s'apprêtent à s'en prendre au jeune homme, celui-ci est sauvé in extremis par Herlock, le pirate de l'espace disparu depuis 20 ans. Il lui propose de le rejoindre à bord de son vaisseau spatial, l'Arcadia dont il a retrouvé l'équipage. Débute dès lors le combat de ce duo contre les Noo, alors que la Terre disparaît, frappée par un étrange rayon provenant de l'espace.

Der Weltraumpirat Captain Herlock steht für Freiheit im riesigen Sternenmeer der Galaxie; er kämpft für seine Überzeugungen und gegen die Unterdrückung durch die Regierungen. Herlock ist ein Pirat und ein Dieb - und ein Retter der Menschen in Not. Als Verbrecher von der Erde verbannt, zog Herlock durch den Weltraum und stellte unterwegs eine Besatzung für sein Raumschiff Arcadia zusammen. Als letzter der Weltraumpiraten, Zerstörer eines feindlichen Imperiums und Beschützer eines Planeten, der ihn verstoßen hat, ist Herlock ein wahrer Held der Freiheit.

Ora che l'equipaggio dell'Arcadia si è sciolto e sembra prevalere la pace nello spazio e con esso la fine dell'era dei pirati, l'ultima compagna del pirata spaziale Capitan Herlock, Kei Yuki, viene catturata dalle forze dell'ordine. Inoltre, i 4 scienziati posseduti da Noo tornano in vita e fuggono dal loro pianeta Panopticon, con l'astronave Fata Morgana e derubano il professor Daiba della sua lastra. Herlock giunge in tempo, mantenendo la promessa che fece al professore, eliminarlo se lui fosse stato per cedere alla tentazione di tradire l'umanità. I quattro Noo fuggono in direzione del sistema solare distruggendo la Terra con un raggio d'energia. Nel contempo spargono paura nei cuori degli abitanti dei vari pianeti, facendo scoppiare una guerra interplanetaria. Herlock libera i suoi ex compagni dalla prigione sul pianeta Panopticon ed organizza una spedizione con loro tutti e Tadashi verso il Sistema Solare. Tadashi però spera di poter vendicare la morte del padre che lui crede ucciso dai Noo, senza sapere che è lo stesso Herlock il vero responsabile. Grazie all'anima del suo grande amico, Tochiro, Herlock sconfigge i Noo

松本アニメの中でも特に人気の高いキャラクター“ハーロック”が２１世紀に復活！　キャプテン・ハーロックと、宇宙の支配を企む邪悪な意思“ヌー”との時空を越えた戦いを描く。原作＝「宇宙戦艦ヤマト」「銀河鉄道９９９」の松本零士。脚本＝「千年女優」の村井さだゆき。キャラクターデザイン＝「ヒートガイジェイ」の結城信輝。監督＝「メトロポリス」のりんたろう。ハーロックの存在自体が伝説となり、かつての仲間たちも宇宙のあちこちに散り散りになってしまった時代。人生に何の目的も持てず、無為な時間を過ごしていた台羽少年は、突如現れたヌーと名乗る４人の死人に父を殺され、自身も殺されかける。そこを救ったのはハーロックだった。父の復讐を誓い、アルカディア号に乗ることを決意する台羽少年。だが、活動を開始したヌーは、地球を亜空間に閉じこめたうえ、人間に精神攻撃をしかけてくる。ハーロックと乗組員はヌーの謎を解き明かすため、宇宙の果てをめざす…！

Em uma missão arqueológica até o fim do universo conhecido, o professor Daiba, sem querer, libera um antigo horror de seus confins. Cinco anos depois, a malévola força alienígena põe em ação um plano que reúne os vários tripulantes do Arcadia para navegar pelas estrelas mais uma vez, bem como trazer Tadashi Daiba para encontrar Harlock pela primeira vez (novamente).

Продолжение сериала про капитана Харлока, снятого в 1978 году. Легендарный пират капитан Харлок исчез много лет назад, а его команда разбрелась по галактике... Но мир и покой не продлился долго - на планете К12 группа считавшихся погибшими учёных убивает профессора Дайбу и пытается убить его сына Тадаши, но им мешает вернувшийся из ниоткуда капитан Харлок. Однако враг не успокаивается, и вот - Земля, родина человечества, бесследно исчезает!

Харлоку приходится отправиться в новое путешествие и он собирает свою команду, чтобы противостоять Нуу, древним демонам, стремящимся вновь захватить власть во всей галактике.

Inicialmente pensada como serie de TV, esta serie de trece OVA sirve como secuela del manga y anime Captain Harlock