After BUGS1 was wiped out by the surprising life on mars, U-NASA deployed 15 people as a part of BUGS2 to go to Mars to investigate and if possible to exterminate the cockroaches.

Wir schreiben das Jahr 2619. Zwanzig Jahre ist die Tragödie der BUGS 2 nun her. Um seine Kindheitsfreundin Yuriko vor einer unbekannten Krankheit retten zu können, kämpft Hizamaru Akari in einer Untergrundarena in Bangkok.

Um einen Impfstoff gegen das Alien-Engine-Virus entwickeln zu können, bricht die Annex 1 in Richtung Mars auf. Akari und die anderen Crewmitglieder genießen ihre Zeit auf dem Schiff, bevor sie ihre lebensgefährliche Mission auf dem Mars antreten.

Das plötzliche Erscheinen der Terraformar verwandelt die Annex 1 in ein Blutbad. Um diese Situation bewältigen zu können, machen Akari und Marcos sich auf, die Droge zu holen, doch finden Terraformar in deren Aufbewahrungsraum vor, wie sie die Vorräte vernichten.

Shōkichi und seine Gruppe kommen sicher auf der Marsoberfläche an, geraten jedoch sofort in einen Angriff der Terraformar. Auch die anderen Gruppen werden angegriffen, und da sie jeweils nur einen Terraformar sehen, glauben sie sich zunächst in Sicherheit.

Marcos erinnert sich an seine Kindheit in Gran Mexico. Sheila, die einst strahlte wie die Sonne, weilt nicht mehr unter ihnen. Mit bitteren Tränen um einen gefallenen Freund in den Augen lässt Marcos seine Wut explosionsartig an den Terraformarn aus.

Ein merkwürdiger Terraformar mit eigenartig entwickelten Beinen ist auf die Rettungskapsel der Gruppe 2 gesprungen. Er übernimmt die Kontrolle und versucht, mit der Rettungskapsel davonzufliegen, während die Besatzung noch an Bord ist. Yaeko und die anderen machen sich aufs Schlimmste gefasst, während sie herauszufinden versuchen, wieso er die Maschine steuern kann.

Michelle und Akari kämpfen gegen die mysteriösen Terraformar. Als der Kampf vorbei ist, geht Michelle sich umziehen und Alex und Akari versuchen, einen Blick zu erhaschen. Ein nie dagewesener Akt sollte sich mitten auf dem Mars ereignen. Unterdessen erreichen Asimov und Gruppe 3 die rätselhaften Pyramiden, wo sie gegen den Terraformar kämpfen, der Elenas Leben auf dem Gewissen hat.

Adolf und Gruppe 5 begeben sich im Regen zur Absturzstelle der Annex. Doch plötzlich werden sie von der Rettungskapsel von Gruppe 4 gerammt und stecken fest. Während sie sich zum Kampf gegen die Horde der Terraformar vorbereiten, die sie draußen erwartet, erinnert Adolf sich an früher. An seine traurige Vergangenheit, die Operation … und schließlich den Tag, an dem jemand sein Leben für immer verändert hat.

After BUGS1 was wiped out by the surprising life on mars, U-NASA deployed 15 people as a part of BUGS2 to go to Mars to investigate and if possible to exterminate the cockroaches.

Adolf nutzt seinen Zorn und richtet ihn in Form von Elektrizität auf die Terraformar. Um wen weint er? Als der Staub sich legt, taucht der Anführer der Terraformar auf. Das Blatt wendet sich zugunsten der Terraformar und Adolf fällt. In dieser Zeit der Not erhebt sich nur noch einer...

Elektrisierender Donner trifft die Terraformar, als würde es sich um Gottes Zorn handeln. Adolf gibt sein Bestes und bricht zusammen. Doch da kommt Eva an seine Seite. Doch der Geschmack des Sieges verfliegt schnell, als der Anführer der Terraformar wieder erwacht und Division 5 mit all seiner Macht attackiert.

Division 1 wurde von den Terraformars zerschlagen. In den schwärzesten Tiefen erhallt der Gong, welcher den Kampf Erde gegen Mars ankündigt. Auf der Seite des Mars steht ein elefantöser Terraformar, auf der Seite der Erde steht Onizuka Keiji, der stets ein einfaches Leben geführt hatte. Um die Insel, welche seine Mutter liebt, und seine neuen Freunde zu beschützen, steigt er erneut in den Ring. So findet der brutale und unnachgiebige Schlagabtausch der Fäuste seinen Anfang...

Nachdem Shokichi in die Falle eines Terraformars mit der Kraft einer Seidenraupe getappt und von Fäden umgeben ist, erinnert er sich an Akita Nanao. Shokichi bereut, dass er ihren Körper nach ihrem Tod während der Mission auf dem Mars zurücklassen musste. Nun will er sie rächen. Wird Shokichi es schaffen, die Uhr neu zu starten, die vor zwanzig Jahren anhielt? In der Zwischenzeit findet die dritte Division in den Pyramiden etwas, das nicht hätte dort sein dürfen, und plötzlich durchdringt ein ohrenbetäubendes Geräusch den ganzen Mars.

Die erste Division kommt der zweiten gerade rechtzeitig zur Hilfe. Michelle und Akari nutzen ihre Kräfte und stellen sich den Terraformars entgegen. Nun, da sie wieder vereint sind, kommt auch die Wahrheit hinter Sheilas Tod ans Licht. Währenddessen treffen sich die Präsidenten der alliierten Nationen mit Hiruma Ichiro, dem Premierminister von Japan. Die Annex-Crew muss nun den wahren Überlebenstest bestehen!

2620 AD. Humanity tried a terraforming project on Mars, which lead to super evolved roaches, as well as the Alien Engine virus, which has a 100% death rate. To break through this nightmare, a crew that had undergone a special surgery has been sent to Mars. Hizamaru Akari and Michelle K. Davis lead crew members with special powers to try to resolve both of these issues.

No. 4 Division gets to the main ship, but finds they've walked into a trap. The Chinese division has betrayed them, and wants the two post-surgery humans as experimental samples. The Chinese have brought weapons, which they use to slaughter the Terraformars by the hundreds.

The battle between humans is interrupted by a horde of thousands of angry aliens. Will the crew of Annex 1 be able to work together long enough to survive the onslaught of a new Terraformar general?

The Chinese division has revealed their ultimate weapon: a girl with an anthrax surgery base. Unless she's killed, there is no hope of defeating them and reclaiming Annex 1. Alexander goes in alone into the anthrax-covered spaceship to assassinate her.

Separated from the group, Michelle and Hizamaru are attacked by Terraformars using the powers of the other Mosaic operation subjects who died. Overwhelmed and outmatched, their only hope is to use a cunning plan to trick No. 4 division into destroying their foes for them.

Michelle and Hizamaru use their unique weapons to defeat the Terraformars who possess the powers of the former crew. Will their Ninja-vibro-blades and acceleration-boosted martial arts be enough to stand up against the superpowered Terraformars?

Michelle and Akari are kidnapped by Bao from No. 4 division. He tries to take them back to Annex 1, but to get there, he'll have to break through a horde of thousands of Terraformars. He decides to sacrifice Yaeko to get away. Will her non-combatant rank powers be enough to hold off the swarm?

The mighty rank 1, Joseph G. Newton, arrives to save Yaeko from the horde! He easily dispatches Bao and rescues Akari and Michelle. But will he be able to achieve his greatest objective... and win Michelle's heart?

The engineering team, led by a few lower-ranking combat soldiers, mounts a desperate assault on the bioweapon-infested Annex 1. The Terraformars attack at the same time, making for a disastrous 3-way battle.

The engineering team continues its strike on Annex 1, but the Terraformars have infiltrated the ship as well. With foes on all sides, both human and inhuman, will they be able to make their way to the control room and alert Earth to No. 4 Division's treachery?

The battle for the broadcast tower rages on as the civilian crew of No. 1 division infiltrates the control room. But the Terraformars are there two! If they make any noise the trained killers of No. 4 Division will hear them, so they're forced to continue their work in total silence as the killer cockroaches get every closer...

The heroic sacrifice of the civilian crew allows No.1 and No. 2 division to temporarily take back control of the communications tower. But the last member of the crew passes out before she can tell Earth about No. 4 division's betrayal. Is all hope lost, or is there another way?

The No. 1 and No. 2 divisions have walked into a trap set by the Chinese team. They manage to neutralize the Chinese' superior weaponry, but they still have a few tricks up their sleeve, and their transforming power is greater than it may appear!

So the crew have made it back to Earth, but the Terra Formars have too! Akari takes on a mission in Japan and things get heated up while Earth forces try to figure out how to stop the Cockroaches.

Earth forces continue to battle over the Pacific in defense of the islands there.