В хозяйственной сумке, оставленной на Таймс-сквер, найдена обнажённая женщина, полностью покрытая недавно сделанными татуировками, среди которых есть имя специального агента ФБР Курта Уэллера. Она страдает от медикаментозной амнезии. Её не смогла идентифицировать лаборатория ФБР, не смог опознать Курт, поэтому ей присвоили имя Джейн Доу. Они также находят старую татуировку «Морских котиков», которая была перебита поверх черным прямоугольником. Одна из её татуировок с китайскими иероглифами оказалась адресом, что привело их к террористу Чао. Джейн и Курт задерживают его, что вызывает у Джейн воспоминания о том, как она занималась стрелковой подготовкой под присмотром неизвестного мужчины. Этот же человек появляется в больнице, чтобы убить Чао. Ретроспекция демонстрирует, как тот самый человек дал Джейн препарат для стирания памяти по её же просьбе. Число на теле Джейн совпадает с номером досье на ассистент-директора Бетани Мейфейр.

Команда разгадывает зашифрованную татуировку, которая указывает на майора Артура Гибсона, пилота ВВС с болезненным прошлым и смертельным послужным списком. Джейн продолжает искать ключи к своей личности и ей не по себе, когда вспышки тревожных воспоминаний заставляют её расследовать её прошлое. Между тем, Уэллер думает, что он знает истинную личность Джейн.

Печально известная банда воров почти сбегает после идеальной кражи драгоценностей, за исключением одного вора с татуировкой «Морских котиков», идентичной татуировке Джейн, которого схватили на месте преступления. Знает ли этот человек Джейн? Между тем, Джейн посещает с неоднозначным предупреждением таинственный бородатый мужчина из ее воспоминаний, в то время как Уэллер и Мейфейр спорят по поводу роли Джейн в команде.

После того, как обычная ситуация с заложниками оказывается несущей более глубокие международные последствия, ЦРУ и ФБР начинают гонку друг с другом с целью ареста одного и того же преступника с темным прошлым. Картер выражает обеспокоенность по поводу надежности Джейн, что вызывает трения с Мейфейр и ставит под сомнение лояльность Рида команде. Встреча с семьёй Уэллеров оказывается сложной для Джейн, поскольку она сомневается в своей личности.

Когда убийство выводит команду на опасное мобильное приложение, которое позволяет преступникам отслеживать правительственные машины, им приходится работать с неожиданным создателем приложения, чтобы отключить его. Джейн и Уэллер пытаются сохранить свои отношения в рамках профессиональных. Запата же борется с моральной дилеммой.

Одна из татуировок Джейн отправляет команду в отдаленное место, где они оказываются лицом к лицу с опасным преступником из дела, которое испытывает натянутые отношения Джейн и Уэллера на прочность и угрожает раскрыть секреты Мейфейр. Между тем, Паттерсон нарушает правила, чтобы решить загадку одной из татуировок.

После убийства сотрудника полиции Паттерсон разгадывает настораживающую татуировку, которая, кажется, предсказала его убийство, и команда идёт по следу жестокой зацепки, чтобы остановить дальнейшие нападения. Мейфейр раскрывает секреты из своего прошлого Уэллеру, серьезно испытывая их взаимоотношения.

Джейн и Курт работают под прикрытием в качестве пары киллеров мирового класса, чтобы предотвратить попадание смертельно важной информации в чужие руки. Парное задание делает их ближе, чем когда-либо, друг к другу. Между тем, Дэвид отправляется на одиночную миссию, чтобы вернуть Паттерсон обратно, а Картер наседает на Мейфейр с тем, как обращаться с такой опасной личностью.

В середине захватывающего сезона команда преследует группу спящих шпионов, которые были внезапно активированы и спешит остановить множество убийств.

Джейн потрясена серией массовых разгадок её татуировок и сомневается, стоит ли доверять Оскару. Между тем, татуировка приводит команду к шокирующему открытию в Черном море.

После того, как разозлившийся ветеран войны в Ираке устраивает стрельбу на военной базе, команда раскрывает зловещий заговор. В то время, как Джейн и Уэллер торопятся остановить упертого ученого, Джейн вспоминает своё собственное таинственное боевое прошлое и намеревается возобновить отношения с Оскаром.

После того, как наводка показывает, что в Нью-Йоркском офисе ФБР есть " крот", команда должна обнаружить его за очень короткое время, подвергаясь опасной проверке инспектором Фишером. Глубочайшие тайны команды могут быть раскрыты, и каждый из команды - потенциальный подозреваемый, но некоторым, особенно Джейн Доу, действительно есть, что скрывать.

Анонимный источник приводит команду к расследованию важного дела о смертной казни, в конечном счете, отправив Ташу Запата работать под прикрытием. После того, как её почти поймали во время охоты на "крота", Джейн решает уйти из ФБР.

После того, как картину, копирующую одну из татуировок Джейн, украли из галереи, команда выясняет, что главной целью этого преступления является Джейн. Для того, чтобы защитить свою команду, Джейн отправляется в самоволку.

После того, как был ограблен бронированный грузовик, команда обнаруживает, что украденным товаром было химическое оружие и они должны поспешить, чтобы сорвать террористический заговор. Между тем, к Джейн приходит запутанное воспоминание об Уэллере - в то время, как она становится всё ближе к Оскару. Тем временем Паттерсон получает телефонный звонок от кого-то из её прошлого.

После того, как Паттерсон обнаруживает скрытое послание в кроссворде в газете " The New York Times", она отправляется в " квест" по следам татуировки, что приводит её к опасной ситуации. Оскар, наконец, рассказывает Джейн о том, кем она была, а Уэллер требует ответа у своего отца о том, кто похитил Тейлор.

Когда Джейн и Уэллер вновь обращаются к старому знакомому для того, чтобы выследить грозного международного преступника, образовывается нежелательный союз. Между тем, Джейн сталкивается с трудным решением из-за того, что сомнительный заказ от Оскара может поставить под угрозу Уэллера.

Когда началась стрельба в школе после расшифровывания татуировки, команда разделяется, чтобы поймать стрелка. Мейфейр борется с некоторыми проблемами из прошлого.

Когда таинственная маленькая девочка, связанная с изображением на татуировке, попадает под надзор Бордена, он рассказывает о её случае команде ФБР, но её связи с террористической организацией оказываются опасными для всех. Между тем, конфликтующая сама с собой Джейн начинает снова приближаться к Уэллеру, а между Борденом и Паттерсон зарождается дружба.

Агенты ФБР оказываются в ловушке, когда хакеры проникают в здание, заперев команду внутри СИОЦ (Стратегического информационного оперативного центра) ФБР. В то время, как они пробивают себе путь, теснота помещения заставляет Мейфейр, Запату, Рида и Сару противостоять личным конфликтам.

После того, как был обнаружен брошенный ребенок с татуировкой, идентичной татуировке Джейн, команда спешит идентифицировать по кусочкам личность ребенка и спасти десятки малышей. Разъяренная Джейн ругается с Оскаром по поводу результатов его секретных миссий.

Уэллер ищет истину в душераздирающем и оскорбительном факте. Джейн обращается к бывшему подозреваемому за помощью в ситуации с Оскаром. Тем временем, остальная часть команды всеми силами старается помочь другу.