Saitama è un ragazzo che fa l'eroe per hobby. Dopo aver salvato un bambino da morte certa, decise di diventare un eroe e si allenò duramente per tre anni. Anche se ora è così forte da poter sconfiggere qualsiasi avversario con un solo pugno, ultimamente sente come se, in cambio di una potenza travolgente, avesse perso qualcosa di ancora più importante.

Un mostro si sta dirigendo verso la città Z, uno che è stato creato da una misteriosa organizzazione chiamata The House of Evolution. Genos, un giovane cyborg, tenta di fermarlo ma la situazione precipita prima che Saitama capiti lì per caso.

Saitama e Genos raccolgono informazioni su The House of Evolution e sul suo fondatore Dr. Genus, uno scienziato con idee pericolose sull'evoluzione umana artificiale. Nel frattempo, il dottor Genus viene a conoscenza della straordinaria forza di Saitama e ha progetti per il One-Punch Man.

Un gruppo di terroristi con tuta da combattimento chiamato "Gli Utopisti" appare nella City F, guidato da un uomo enorme noto come Hammerhead. Chiedendo la ridistribuzione della ricchezza, il gruppo si rivolge a Soldoni, che a sua volta invia la sua guardia del corpo per sconfiggerli. Sfortunatamente, Saitama si ritrova coinvolto.

Sono passati cinque giorni da quando Saitama è diventato un eroe professionista e non ha ancora fatto nulla di eroico. Quando Genos lo informa che gli eroi della classe C che non combattono i cattivi vengono cancellati dal registro degli eroi dopo una settimana di inattività, Saitama va in ricognizione, ma non riesce a trovare criminali o mostri da fermare.

Un'enorme meteora precipita verso la Città Z, costringendo l'Associazione degli Eroi a chiedere agli eroi della Classe S di intervenire. Quando tutti i loro sforzi si rivelano inutili, Genos decide che spetterà a lui proteggere la casa del suo maestro e fermare la meteora, indipendentemente dal costo.

Un branco di mostri che si autoproclamano "la stirpe degli abissali" arriva sulle rive della Città J intento a invadere la Terra. Quando l'eroe inviato per combatterli è sconfitto facilmente dal Re degli Abissi stesso, Saitama e Genos si dirigono verso la città per aiutare.

Mentre la battaglia con il Re degli Abissi raggiunge il suo apice, altri eroi cadono nei brutali attacchi del despota acquatico. Quale di loro ha quello che serve per essere un vero eroe?

Saitama partecipa ad un incontro di emergenza degli eroi di Classe S e scopre che una veggente ha predetto un grave pericolo che minaccia la Terra. Anche se la crisi potrebbe verificarsi in qualsiasi momento nei prossimi sei mesi, gli eroi sono sorpresi nel sentire il rumore delle esplosioni in quella stessa ora!

Mentre un'astronave colossale fluttua nei cieli sopra la Città A, un membro del suo mostruoso equipaggio combatte a terra contro un gruppo di eroi della Classe S. Nonostante i loro poteri, non riescono a finirlo. Nel frattempo, Saitama è salito a bordo della nave nemica da solo.

Il potente Lord Boros ha percorso distanze innumerevoli alla ricerca di qualcuno che possa curare la sua noia: Saitama! Con il destino dell'umanità in bilico, i due campioni troveranno finalmente l'uno nell'altro l'avversario degno che stavano cercando?