高校入学を機に、バレーボール部漬けだった生活から一転、フルートが似合うようなキュートガールを目指すチカ。音楽講師である草壁先生に心をときめかせつつ、幼なじみのハルタとの再会も果たす。既に吹奏楽部に入学していたハルタと共に、音楽室へ向かったチカだったが、そこに待っていたのは、草壁先生に宛てられた謎の手紙と、血のように赤い絵の具で黒板に書かれた音符という、不気味な謎だった。

あまりに少人数なため、コンクールへの出場すら危ういチカたちの吹奏楽部。部員を確保しようと、チカは勧誘活動に余念がない。中でも、全国大会に出場経験のあるオーボエ奏者・成島美代子は、普門館を目指すチカやハルタたちにとって、どうしても欲しい人材だった。ハルタと共に、成島の元へと向かったチカだったが、当の本人は｢もう吹奏楽をやるつもりはない｣とそっけない態度。困ったチカに、ハルタはある策を提案する。

新たに吹奏楽部に加わった成島から、有力な部員の心当たりをチカとハルタは聞く。それは、プロのサックス奏者を父に持ち、自身の腕も確かなマレン・セイという生徒だった。早速、チカたちはマレンを勧誘に向かったのだが、彼は既に演劇部に入部していた。しかしどこか翳りのあるマレンは、演劇に熱心なわけでもなさそう。マレンを吹奏楽部に引き抜こうとしたチカの前に、演劇部部長の名越が立ちはだかる。

冬休み。クリスマスイブも関係なしに、チカたちは練習に励んでいた。そこに突如、ハルタの姉・南風が姿を現す。アパートが取り壊され、学校でホームレス生活を続けていたハルタを案じてのことだった。だが、姉達におもちゃにされる実家には、ハルタは帰りたくないと言う。急遽始まったハルタの新居探しに、同行するチカたち。これ以上ない好条件の物件が見つかるも、そこは謎の間取りと、奇妙な音の響く不気味なアパートだった。

春休みの学校に現れた不法侵入者、後藤朱里。この春に中学を卒業して、新年度からはチカたちの後輩になるらしい。さらにバストロンボーン奏者である後藤に対し、チカは既に歓迎ムード。そんな後藤がわざわざ忍び込んでまでやって来た理由は、ハルタに会うためだった。どんな謎でも解くというハルタの噂を聞き、その力を頼ってきたのだ。安請け合いするチカに呆れるハルタに、後藤が尋ねる。｢エレファンツ・ブレスって、どんな色でしょう？｣

それは、春の幻――。まだ春休み中ながら、他の弱小クラブ同様、新入部員確保に精を出すチカ。手続きに来た新入生に声を掛けてはトラブルを起こし、先生から怒られる始末。だが今のチカには、それとは別に気にかかっていることがあった。春休みにも関わらず、朝練前の音楽室に誰かが出入りをしているようなのだ。屋上で自主練中のハルタと合流したチカだったが、どこからかクラリネットの音が響いてきて……。

二度目の四月の新学期。夜の勉強中、チカは偶然耳にしたローカルFM放送に惹きつけられる。それは若いパーソナリティと七人の老人による、自由で無秩序なトーク番組。ハルタもリスナーとわかり、ある投稿について問いただすも、ハルタはそのFM放送自体に興味を示していた。そんな折、生徒会長の日野原から、奇妙な依頼をされるチカたち。それは元引きこもりたちの集う｢地学研究会｣の部長、麻生美里を捕まえるということだった。

ある日の練習中、過労で草壁が倒れてしまった。間もなく南高にやって来たのは、名門・藤が咲高校の吹奏楽部部員。彼らが言うには、自宅謹慎中となった顧問の堺に代わり、草壁が自分たちを指導してくれていたらしい。堺の謹慎理由も、復帰時期も不明で、草壁への負担を懸念したチカとハルタは、藤が咲に潜入調査へと乗り出した。堺のクラスでひと月に三回も、席替えが行われたことを不審に思ったチカたちは、教育実習生の大河原に接触を図るが……。

二年目の夏、コンクールの地区大会当日。落ち着きなく、どこかへと向かったハルタに気付くチカ。ハルタの後を追ったチカは、大会の取材で来ていた記者の渡邊に話しかけられる。だが、彼の目的は草壁の過去を探ることだった。困惑するチカの前に、巨大な迷い犬を連れたハルタが助けに現れた。チベタン・マスティフという珍しい犬種で、飼い主を探していたハルタだったが、そこにそれは自分の犬だという者が、二人も名乗り出てきてしまう。

地区大会、県大会を突破し、東海大会を目前に控えた南高吹奏楽部。練習に励んでいたチカたちの元に、謎の旅人風の美女がやって来る。挑発に乗り音楽勝負を挑んだ芹澤を、返り討ちにするほどの実力者だった彼女の名は、山辺真琴。クラビエッタ奏者で、草壁の恩師の孫だという。草壁との親密さに、胸を痛めるチカとハルタは、無粋にも二人の密会を盗み聞こうと試みる。しかし、聞こえてきたのは破産寸前の山辺家に伝わる、貴重なピアノの話だった。

大会まで一週間を切り、気合だけは充分のチカ。しかし、ある日の練習帰り、草壁が交響楽団の男たちと会っているところを、ハルタと一緒に目撃してしまう。指揮者としてオファーを受けたのではと、推測するハルタ。それを知り、落ち込むチカだったが、芹澤から檄を飛ばされて持ち直す。一方、片桐をはじめ何も知らない部員たちは、今までのお礼も兼ねて、草壁に新しいタクトをプレゼントしようと考えていた。楽器店からの帰り道、自宅とは異なる方へ向かう草壁を見かけたチカとハルタは、思わずそのあとを追うのだった。