昊陵学园的新生九重透流，偶遇同为新生的少女永仓伊万里，两人一同前往举行入学式的讲堂。然而在入学式上，身为学园理事长的九十九朔夜宣布举行本校传统的入学仪式，即在座新生必须与邻座同学进行决斗，胜者才能取得正式的入学资格。无奈之下，透流与伊万里使用异能“焰牙”对战，而透流的焰牙之盾引起了神秘银发少女的好奇……

透流与银发少女茱莉成为临时拍档，两人同住一间寝室。透流和茱莉这对男女拍档引起了同学们的猜疑，而茱莉的大胆发言让橘巴和穗高雅误以为透流是色狼。在战斗训练课上，终于弄清楚事实的橘向透流道歉，却引起了更大的误会。几天后就是决定正式拍档的日子，透流还会选择茱莉么？

透流和茱莉正式结成了绊双刃Duo，近期学校即将举行使用焰牙的模拟战“新刃战”，而除了自己以外，所有人都是敌人。透流与茱莉在新刃战开始前展开了训练，面对还无法习惯使用盾的透流，茱莉提出了活用盾与体术的战术。训练结束的透流看到穗高雅因力量用尽而晕倒，他将雅送往保健室，并向她询问为何勉强自己的理由。各怀心思的众人迎来了新刃战的开幕，但在激烈战斗的前方等着他们的究竟是……

透流他们进行了升至“II”的“升华之仪”。透流在游泳课程中确实感受到了等级提升的力量，不过他也由此发现看起来无所不能的茱莉其实也有着不擅长的事情。下课后，走在校园中的透流发现了自从转学第一天以来完全不去上课的莉莉丝。透流就前几天在购物中心看到莉莉丝一事而向她询问，但莉莉丝却说“想让我回答你的问题的话，就从现在开始陪我一下”，并把透流带到了停放直升机的地方……。

莉莉丝仅凭一个人的力量在二年级和一年级的交流比赛“咬龙战”中胜出。之后，莉莉丝提出作为“咬龙战”的代替，将举行自己一个人以一年级全员为对手的战斗“生存斗争”。为了进行“生存斗争”，购物中心a la mode被全部包场。一年级学生们在莉莉丝的“焰牙”的枪击面前接连倒下了。之后，透流与莉莉丝展开对峙。透流说如果双方使出全力战斗，就一定能成为相互理解的伙伴，向莉莉丝发起挑战。透流他们在巴的作战策略之下连续使出合力攻击，但……。

透流等人前去南海的孤岛合宿。雅对于自己在之前的战斗中什么都没能做到而只是在拖后腿感到耿耿于怀，在痛感到自己力量不足的同时，也开始一点点地察觉到自己对透流的心意……。此时，透流他们突然从船上被抛到了海上。他们被命令游泳到岛上并到达各自的合宿地点，但前往合宿地点的道路十分凶险，有各种各样的试练在等着他们。透流与茱莉这对“绊双刃”和莉莉丝会合，三人一同前往合宿地点，但在途中，茱莉遭遇了意想不到的突发状况。之后，就在合宿地点近在眼前之时，他们在森林中遭到持有“焰牙”的神秘集团袭击……。

透流等人终于迎来了合宿的最后一天。由于最后一天是自由行动，大家都忘记了合宿的严苛而尽情享受。而经由合宿清楚察觉到自己对透流心意的雅，总是找不到与透流相处的机会，伊万里察觉到雅的心意，决定助她一臂之力。透流等人到海边游玩，在回到合宿地点的途中，雅不小心扭伤了脚，终于变成和透流两人独处的状况。

昊陵学园合宿的岛上突然遭到神灭部队的夜袭，学生受伤无数，茱莉等人与之对抗。神灭部队的目标是地下实验室，理事长朔夜派璃兔出马。解放了真正实力的璃兔使用蛇腹剑，斩杀无数名装钢技师。此时被透流拒绝心意的雅不知去向，神秘男带领部队攻入校长室，企图抓走身为超越者的莉莉丝。

在“神灭部队”袭击后，透流等人前去寻找失踪的雅，但找遍了整座岛都找不到，完全无计可施了。临海学校也结束了，透流等人没能找到雅就返回了本校……。回到本校的透流等人和往常一样努力训练，但透流总显得心不在焉，而巴似乎也在勉强着自己。此时，朔夜告诉他们已经得到了升至“IV”的“升华之仪”的权利。此外，透流他们还得知了“七芒夜会”在昊陵学园举办，“装钢技师”也即将来访之事……。

在“装钢技师”设下的“杀破游戏”当中，之前失踪的雅出现在透流等人面前。但，雅却和K一样装上了“装钢”……。雅展现出在本来的“II”之上的力量。K告诉感到吃惊的透流等人，雅是“装钢技师”研究所到达的极致——“超越者”和“装钢”的融合体。雅想要让透流认同自己，为了展现自己的力量，向透流等人发动袭击。

透流等人在“杀破游戏”中获胜，并成功带回了雅，因事件得以解决而安心。但K再度阻挡在透流等人的面前。K发动了“最终外部兵装”，获得了比之前更强大的力量。在K强大的力量面前，虎和莉莉丝受伤倒地。剩下的透流和茱莉与K对峙，但却陷入苦战……。此时，透流为了保护茱莉而身负重伤。看到满身疮痍倒下的透流，茱莉将会……。