하루토라는 유명한 음양사 아베노 세이메이의 후손이다. 하루토라의 친구 호쿠토는 입만 열면 하루토라에게 음양사가 되라고 설득하지만 하루토라는 자신이 재능이 없다는 걸 깨닫고 일찌감치 음양사의 꿈을 포기한 상태. 게다가 하루토라는 츠치미카도 가문 중에서도 본가가 아닌 분가 사람으로 이미 차기 당주 자리는 본가의 나츠메로 낙점돼 있다. 그러던 어느 여름 날, 하루토라는 도쿄에 있는 음양 학원에서 수련 중이던 나츠메와 재회하게 된다.

태산부군제란 영혼을 전생(轉生)시키는 주술이다. 다이렌지 스즈카는 태산부군제를 통해 죽은 오빠를 되살리려 한다. 나츠메는 츠치미카도 본가 뒷산에 있는 태산부군제 제단을 지키려고 하지만 스즈카의 계략에 의해 영력을 빼앗기고 만다. 나츠메의 영력 회복을 위해 나츠메를 데리고 본가로 가던 하루토라는 주술전에 휘말리게 되는데…

하루토라는 나츠메와 함께 스즈카가 태산부군제를 거행하는 걸 막기 위해 안간힘을 쓰지만 스즈카의 영력을 막지 못해 결계 안에 갇히게 된다. 스즈카는 오빠를 부활시키려 하지만 완벽한 성공을 거두지 못하고, 일그러진 모습으로 부활한 스즈카의 오빠는 스즈카의 목을 조르기 시작한다. 이 모습을 보고 분노한 하루토라는 갑자기 어마어마한 위력을 발휘하는데…

하루토라와 토지는 드디어 음양사를 목표로 하는 엘리트들이 모이는 곳, 음양 학원에 입학하게 된다. 그런데 같은 반 학생인 쿠라하시 쿄코가 하루토라를 보고 츠치미카도 가문을 등에 업고 들어온 게 아니냐며 비난하자, 나츠메가 이들을 두둔한다. 수업을 마친 후 하루토라가 수업 내용을 잘 따라가지 못해 걱정하고 있을 때 집을 떠날 당시 아버지가 준 식신, 곤이 눈앞에 나타난다.

"쿄코와 식신 대결을 벌인 후, 음양 학원 학생들은 하루토라한테 관심을 보이고 하루토라는 그들과 조금씩 친해진다. 쿄코 역시 하루토라를 찾아와 사과의 말을 건네는데 그 모습을 지켜보는 나츠메의 마음은 탐탁지 않다.

그런데 그때 나츠메가 야코 신자에게 납치당하고 마는데… 오오토모에게 석장을 건네 받은 하루토라는 토지, 교코, 텐마와 함께 나츠메를 구하러 간다. "

하루토라는 음양 학원과 기숙사만 오가는 단조로운 생활에 지겨움을 느끼고 일요일에 기분 전환도 할 겸 시내에 나가기로 한다. 하루토라가 같이 가자는 말에 나츠메는 속으로 데이트라고 여기며 한껏 가슴 부풀어 한다.

일요일에 외출한 두 사람은 길을 헤매다가 러브호텔이 즐비한 길에 들어서고, 그때 기숙사 사감들의 목소리가 들려오자 오해를 사지 않기 위해 러브호텔로 뛰어든다.

하루토라가 음양 학원에 들어간 지 벌써 6개월이 지나고 음양 학원은 시험기간에 돌입한다. 하루토라를 낙제시키지 않겠다고 의지를 불태우는 나츠메 덕에 하루토라는 제대로 밥도 못 먹고 쉬지도 못하고 잠도 못 잔다. 1학년에게 주어진 실기 시험은 학급 전원이 유사 영재를 수불하는 것. 그런데 시험 도중에 실제로 영재가 발생한다.

토지의 정체는 반쯤 오니가 된 상태, 즉 나마나리라는 것이 밝혀진다. 토지는 의식을 잃은 채 병원으로 실려가고, 2년 전에 일어난 영재를 되풀이하지 않기 위해 불마국은 총력을 기울인다. 한편 의식을 되찾은 토지는 잠깐 눈을 뗀 사이에 병원에서 사라지고 그 소식을 들은 하루토라는 토지를 찾아 거리를 헤맨다.

나츠메는 코구레와 함께 누에를 뒤쫓다가 하루토라와 마주친다. 하지만 누에는 만만치 않은 상대다. 한편 의식을 찾은 토지에게 원장은 오니를 억누르려고만 하지 말고 오히려 오니를 길들여서 이용하라고 충고한다. 토지는 나츠메 아버지가 보내준 츠치미카도 가문의 식신 유키카제를 타고 하루토라와 나츠메가 있는 곳으로 달려간다.

영재가 있은 지 한 달이 지나고 음양 학원에서는 새로운 신입생을 맞이하는 입학식이 치러진다. 그런데 신입생 대표로 인사말을 하게 된 사람은 바로 신동이라 불리는 다이렌지 스즈카였다. 십이신장인 스즈카는 학원생들의 동경의 대상. 그런데 스즈카가 학원생들이 모두 모인 자리에서 하루토라를 아는 척하며 자신의 첫 키스 상대였다는 폭탄 발언을 한다.

스즈카에게 덜미를 잡힌 나츠메와 하루토라는 매일 같이 스즈카에게 시달린다. 일요일에 기숙사를 찾은 스즈카는 나츠메의 방을 구경하려 하는데 나츠메는 죽을힘을 다해 옷장을 못 열게 한다. 다음 날 갑자기 은형술을 못하게 된 콘은 하루토라 곁을 지키지 못하게 되자 안절부절못한다. 결국 하루토라를 몰래 지켜보려고 옷을 뒤집어쓰고 학원 식당에 숨어든 콘은 적으로 오해 받고 도망치는 신세가 되는데…

음양 학원 학생들은 후지산으로 합숙을 떠나고, 다이렌지 스즈카를 벗어난다는 해방감에 하루토라와 나츠메는 한껏 들떠 있다. 그런데 도착한 합숙 장소에는 다이렌지 스즈카가 기다리고 있다. 진찰을 마치고 합숙에 늦게 합류한 토지는 스즈카를 조용히 불러낸다. 그리고 나츠메를 노리는 야코 신자는 자신과 하루토라의 적이기도 하다며 쿄코, 텐마와 함께 협력 체제를 만들자고 제안하는데…

하루토라는 하쿠토가 나츠메일지도 모른단 생각에 혼란에 빠진다. 나츠메 역시 자신이 호쿠토라는 사실을 밝혀야 한다고 생각하지만 말이 쉽게 나오지 않는다. 그렇게 두 사람은 점점 어색해져 간다. 한편 아시아 도만이 야코의 카라스바를 가져가겠다고 선포하면서 음양청은 발칵 뒤집힌다.

예고한 대로 아시야 도만이 카라스바를 가지러 음양 학원에 찾아온다. 학생들은 주련장으로 대피하고 하루토라, 나츠메, 토지, 스즈카, 쿄카, 텐마는 쿠라하시 원장을 따라 옥상으로 올라간다. 그곳에는 츠치미카도의 천단 태산부군제 제단이 세워져 있다. 결계를 쳐보지만 아시야 도만은 결계를 무너뜨리고 그들을 공격하고 나츠메의 호쿠토마저 도만에게 포박된다. 이때 오오토모 진이 음양사 복장으로 나타나는데...

쌍각회 소탕 작전이 벌어지고 음양청 내부의 야코 신자들이 계속해서 체포당한다. 궁지에 몰린 야코 신자들은 집결해 야코의 각성을 기다리며 농성을 벌인다. 이들의 주축 인물인 마키하라는 주구를 이용해 영재를 일으키고 그 혼란을 틈타 탈출을 꾀하려 하지만 히라타가 나타나 마키하라를 제거한다. 이런 히라타의 행동을 예의 주시하고 있던 인물이 있었는데 그는 바로 주술 범죄 수사부 부장 신선 아마미였다.

메구로 지국의 에토가 나츠메에게 야코 신자의 심정을 헤아려 달라고 말하며 어떤 물건에 주력을 불어넣어달라고 부탁한다. 거절당한 에토가 돌아설 때 갑자기 셰이버가 에토를 칼로 무참히 베어버린다. 그러자 에토가 건넸던 물건에서 독기가 나오며 영재가 발생한다. 이에 미친 듯이 돌변한 셰이버는 난동을 피우고 나츠메가 여자라는 게 밝혀지게 되는데…

복구 때문에 잠시 문을 닫았던 음양 학원이 다시 시작됐다. 학원 내에는 이미 나츠메가 여자라는 소문이 퍼진 상태. 하지만 반 친구들은 나츠메를 따뜻하게 맞아준다. 그런데 나츠메는 쿄코와 사이가 멀어진 것이 마음 쓰인다. 한편 츠치미카도 가에 화재가 났다는 뉴스가 보도된다. 화재 현장에 희생자는 없었지만 나츠메의 아버지 츠치미카도 야스즈미의 행방을 알 수가 없다.

소마 타키코가 학원을 찾아온다. 학원을 견학하러 왔다는 타키코는 학원생들과 함께 학원을 둘러보며 즐거워한다. 타키코는 주술을 혼자 공부하고 외롭게 지내왔기 때문에 말로 하는 건 서툴지만 주술로는 마음을 전할 수 있다며 나츠메한테 대련을 신청한다. 하지만 모의전으로 시작한 주술전은 생각보다 훨씬 더 치열해지는데…

나츠메는 길에서 야코의 식신이었던 카쿠교우키로 의심되는 한 남자에게 아직은 카라스바를 입히지 말라며 무슨 일이 생기면 사오토메 스즈를 찾으란 얘기를 듣는다. 그리고 나츠메는 하루토라에게 호코토에 관한 사실을 털어놓기로 결심하고 설레는 마음으로 불꽃놀이 장소로 향한다. 한편 타키코는 츠치미카도 야스즈미가 하루토라 대신 나츠메를 희생양으로 삼아 모두를 속이려 했단 사실에 분노하며 하루토라를 각성시키려고 하는데…

하루토라의 폭주를 막기 위해 자신의 몸을 던진 나츠메는 결국 목숨을 잃고 하루토라는 나츠메의 시신을 끌어안고 오열한다. 하루토라는 나츠메를 되살릴 수 있는 방법, 태산부군제를 떠올린다. 그때 야샤마루로 환생한 다이렌지 시도가 나타나 자신이 나츠메를 되살릴 수 있다고 말한다. 그리고 곧이어 영재 때문에 출동한 음양청 불마국 부대에 하루토라가 체포돼 간다.

하루토라가 음양청에 갇혀 있는데, 한 식신이 나타나 진짜 적은 쿠라하시 장관이란 사실을 알려준다.

그리고 곧이어 하루토라는 장관실에 들어가 쿠라하시 장관과 야샤마루를 만나게 된다. 한편 오오토모 진은 아시야 도만과 함께 음양청으로 쳐들어간다. 그리고 텐마가 연락이 닿지 않자 토지, 스즈카, 쿄카 세 사람도 하루토라를 구하기 위해 음양청으로 향한다.

하루토라를 구하기 위해 여러 사람이 음양청으로 쳐들어간다. 오오토모 진과 아시야 도만은 카가미, 미야치에 맞서 싸우고 있고, 토지, 쿄카, 스즈카는 때를 엿보고 있다. 그리고 또 한 사람 겁을 먹고 도망친 줄 알았던 텐마는 사오토메 스즈의 지시를 받고 음양청에서 카라스바를 가지고 나오는데 성공한다. 그리고 토지, 쿄코, 스즈카는 힘을 합쳐 하루토라를 구해낸다.

나츠메를 되살리러 가는 하루토라를 젠지로가 막는다. 그러자 오오토모와 토지, 스즈카가 젠지로의 식신을 막으며 하루토라가 도망칠 수 있게 도와준다. 그런데 이때 카가미가 나타나 하루토라 앞을 가로막는다. 카가미의 목적은 오오토모를 불러내기 위해 하루토라를 미끼로 삼으려는 것. 콘은 하루토라를 보내주려 젠지로를 막다가 다치게 되고 그 모습을 본 하루토라는 가던 길을 멈추고 콘을 지키러 돌아온다. 그 순간 하루토라와 콘은 전생의 기억을 떠올린다.