라플라스 상자를 양도받기 위해 공업 콜로니 인더스트리얼 7으로 향하는 네오 지온의 잔당 소데쓰키. 그런데 이들 틈에 밀항자가 있다! 도대체 무슨 이유로 숨어든 걸까.

자신을 '오드리'라 소개하는 정체 모를 소녀를 구한 바나지. 꼭 만나야 할 사람이 있다는 소녀의 푸른 눈에 굳은 결의가 감도는데. 바나지는 홀린 듯 소녀와 동행에 나선다.

소데쓰키와 론도 벨 사이에 격렬한 전쟁이 벌어진 콜로니. 어디론가 빠져나가던 가디아스는 결국 총에 맞는다. 운명의 장난일까, 가디아스를 발견한 건 다름 아닌 바나지!

소데쓰키의 모빌 슈트를 격퇴한 바나지와 유니콘 건담! 전투 후 기절한 바나지가 눈을 떠보니 지구 연방군 론도 벨의 전함에 와있는데. 바나지의 미래는 어떻게 될 것인가.

‘붉은 혜성의 재림’이라 불리는 소데쓰키의 영수 풀 프론탈! 넬 아가마의 교섭 조건에도 흔들리지 않고 라플라스 상자와 관련된 모든 것을 요구한다. 유니콘 건담까지도.

풀 프론탈과의 대결을 위해 다시 유니콘 건담으로 출격한 바나지. 결국 붙잡혀 네오 지온의 거점인 팔라우로 연행된다. 그곳에서 바나지가 마주한 이는 바로 풀 프론탈!

팔라우에 쏟아지는 지구 연방군의 맹공격! 유니콘 건담을 회수해 탈출에 성공한 바나지는 어쩔 수 없이 마리다와 맞붙는데. 오드리는 리디와 함께 결단을 실행에 옮긴다.

라플라스 프로그램이 알려준 첫 번째 좌표는 우주 세기 원년에 테러로 소실된 우주 정거장 라플라스의 유적! 이미 세 번의 전투를 치른 바나지는 더 이상 싸우고 싶지 않다.

라플라스 상자의 첫 번째 좌표에 도착한 바나지와 다구자. 어디선가 우주 원년을 여는 백여 년 전의 연설이 들리고, 두 사람 앞에 다시 붉은 혜성 풀 프론탈이 나타난다!

지구 연방의 수도를 공격하는 지온 잔당. 바나지의 운명은 한 치 앞을 알 수 없는데. 리디는 오드리에게 같이 있어 달라고 부탁하지만, 오드리는 다시 한번 결단을 내린다.

라플라스 상자의 두 번째 좌표, 도링턴 기지를 공격하기 위해 전 세계의 지온 잔당군이 집결한다! 그리고 피에 속박된 모든 이들이 운명처럼 이 작전에 참여하게 된다.

이젠 멈춰야 해요! 바나지는 로니를 설득하는 데 필사적으로 매달린다. 복수심에 불타 민간인까지 무차별적으로 살육하는 로니의 폭주. 바나지는 로니를 저지할 수 있을까.

론도 벨 부대의 기함 라 가이람에 포획된 바나지. 브라이트 함장은 바나지에게 새로운 작전을 명령하는데. 한편 마사는 미네바에게 바나지를 설득해달라고 요구한다.

마리다와 미네바를 구하기 위한 브라이트와 진네만의 공동 작전 개시! 이에 맞서 알베르토가 마리다에게 제지를 명령하면서 유니콘 건담과의 피할 수 없는 대결이 펼쳐진다.

우주 귀환 도중 가란시엘의 엔진 이상 발생! 위기의 순간, 바나지는 유니콘 건담의 또 다른 신비한 능력을 깨운다. 그리고 그곳에 나타난 건 제너럴 레빌 함대와 풀 프론탈!

상황을 타개할 목적으로 네오 지온과 공동 전선을 펼치는 넬 아가마 함대. 미네바는 풀 프론탈에게 본심이 무엇인지 묻는다. 그는 왜 라플라스 상자를 손에 넣으려는 걸까.

바나지, 미네바, 넬 아가마 함대는 라플라스 상자가 있는 인더스트리얼 7으로 향한다. 그런데 이들을 가로막는 자가 있었으니 바로 리디! 그렇다면 마리다가 출격하는 수밖에.

머신에 잠식당한 리디의 계속되는 폭주! 그 참혹한 결과를 뒤로하고 바나지와 미네바는 메가라니카로 향한다. 라플라스 상자를 위해 치른 수많은 희생을 가슴에 담은 채.

마침내 사이암 비스트를 만난 바나지와 미네바. 사이암은 백 년 동안의 저주이자 기도인 라플라스 상자의 정체를 밝힌다. 라플라스 상자의 진정한 계승자는 누구인가.

라플라스 상자의 정당한 계승자임을 자처하는 풀 프론탈. 하지만 사이암 비스트는 그를 거부한다. 이제 더는 피할 수 없는 최종 결전, 바나지와 유니콘 건담이 출동한다!

지킬 수 없다면 없앤다! 콜로니 레이저로 메가라니카를 파괴하는 데 동의한 로난 의장. 파괴를 막기 위해 바나지와 리디는 위험에 맞선다. 절망 속에서 희망은 피어날 것인가.