L'académie des Sky Wizards est un établissement formant de puissants magiciens. Kanata Age en est un étudiant surdoué, mais il est affublé d'une réputation de traître, à cause d'évènements troubles survenus par le passé. Pour se rendre à un rendez-vous important, il décide de passer par un raccourci mais cette décision va lui causer quelques soucis avec la gente féminine. Après toutes ces péripéties, le pire est-il vraiment derrière lui ?

Kanata Age a accepté de devenir l'instructeur de Rico, Misora et Lecty, les 3 membres de l'escouade E601. Malgré les réticences des jeunes filles d'être confiées à celui qu'elles considèrent comme un pervers, elles acceptent que ce dernier leur dispensent des cours. Contrairement à ce que leurs notes laissent à penser, chacune va révéler des talents cachées lors d'un cours pratique...

Misora déserte les cours depuis que Kanata lui a annoncé qu'elle devait renoncer à être épéiste. Le jeune instructeur décide d'aller lui rendre visite pour la remotiver. Il va alors en apprendre plus sur le passé de son élève et sur les raisons qui la poussent à devenir épéiste...

L'escouade E601 va bientôt livrer un match de classement, mais Misora et Lecty sentent qu'elles ne sont pas prêtes. Sans parler de Rico, dont l'ego lui interdit de se livrer à quelque entraînement que ce soit. Pourtant, Age a foi en ses 3 élèves, et ses conseils pourraient bien changer la donne auprès des jeunes filles...

Alors que l’escouade de Kanata s’apprête à jouer un match, Mistgun est attaquée par des nuées d’Armorinsectes. Kanata et ses élèves sont chargés de l’évacuation des habitants. Toutefois, une nuée réussit à s'introduire dans la ville. La mission de l'escouade 601 va alors évoluer : elle va devoir aller au front pour contenir la menace...

Malgré son exploit lors de l'attaque de Mistgun, l’escouade E601 dont Kanata est l'instructeur est en mauvaise posture. La chef de section des Sky Wizards a en effet décidé de la dissoudre suite au manque d'amélioration de ses résultats. Le tournoi de Mistgun où s’affronteront tous les Sky Wizards semblent être la seule issue...

L’escouade E601 continue ses entraînements sous l’égide de Kanata afin de gagner le tournoi de Mistgun. Devenue elle aussi instructeur, Yûri est bien déterminée à les vaincre avec son escouade. Mais en marge du tournoi, une série d'agressions liée aux Sky Wizards frappe la cité...

L’escouade E601 suit un entraînement spécial pour se préparer au tournoi, ce qui ne semble pas être du goût de Misora, Rico et Lecty. En parallèle, le mystérieux agresseur continue de sévir à Mistgun et semble déjà prévoir ses prochains méfaits…

Kanata a ordonné aux filles de son escouade de cohabiter ensemble avant le tournoi. C'est alors qu'il ramène Yûri blessée chez elles. Quelle sera la réaction de ses élèves face à l’instructrice de l’escouade rivale ?

Le tournoi de Mistgun débute enfin et à la surprise générale, l’escouade E601, à la réputation peu flatteuse, semble plutôt bien se défendre. La grande finale va réserver aux spectateurs son lot de surprises...

L’escouade E601 a remporté la finale. Mais Kanata et ses élèves n’ont pas le temps de savourer leur victoire. Real a déclenché l’alerte et a vidé l’arène. Il poursuit sans relâche Yûri, sa bien-aimée. Mais le garçon ne semble plus être le même. Surpuissant, il détruit tout ce qui se présente. Seule l'escouade E601 semble avoir une chance de stopper sa folie...