Ex-Geheimagent Tom Keen macht sich daran, ein ruhiges Familienleben mit seiner Frau Liz zu führen, als ihn ein Anruf des Anwalts seines verstorbenen Vaters erreicht. Er soll nach New York zur Besprechung seines Testaments fliegen.

Der amerikanische Journalist Kevin Jensen wird in einem fiktiven Land namens Kyrkistan von den Behörden festgenommen und beschuldigt, verdeckt ermittelnder CIA-Agent zu sein.

Scottie erfährt, dass Howard ohne ihr Wissen eine Mission geplant hatte, bei dem Informationen über ein russisches Geheimprojekt gesammelt werden sollen. In dem russischen Projekt sollen Agenten ausgebildet werden, die als amerikanische Bürger getarnt, Anschläge verüben sollen.

Halcyon wird beauftragt, fünf entflohene Terroristen zu ergreifen. Doch als das Team den Anführer der Terroristen ergreifen will, stellen sie fest, dass Mayhew nur versucht zu beweisen, dass man ihn zu Unrecht verdächtigt. Unterdessen glaubt Scottie, die Wahrheit über ihren toten Sohn herausgefunden zu haben, doch gerät sie in ein Netz aus Lügen.

Nach einem Giftgasanschlag auf Flüchtlinge in Deutschland erhält Halcyon den Auftrag, nach den Leuten zu suchen, die das Gas beschafft haben.

Nachdem die wohlhabende Familie Lang von Diego Rocha entführt wird, erhält Scottie den Auftrag, die Familie zu befreien. Doch Rocha fordert im Austausch für die Familie die Freilassung seines ehemaligen Komplizen Carlos Cantara. Der hat längst die Seiten gewechselt und arbeitet als Informant für das FBI.

Scottie erfährt, dass Tom ihr totgeglaubter Sohn Christopher ist und versucht, ihn auf ihre Seite zu ziehen. Doch als dieser vorgibt, nichts über das Geheimprojekt "Whitehall" zu wissen, lässt sie ihn foltern. Tom kann entkommen und findet mit Hilfe von Howard Hinweise zum geheimen Standort von "Whitehall".

Als Howard, Tom und Scottie erfahren, was sich hinter dem Projekt "Whitehall" verbirgt, entfacht dies einen heftigen Kampf um die Kontrolle über den Supercomputer. Während Scottie und ihre Komplizen versuchen, sich den Weg zu "Whitehall" durchzuschießen, arbeiten Tom und Howard mit dem FBI zusammen, um Scottie aufzuhalten.